Study of campylobacter jejeuni genomic diversity by microarray

Cette étude a conduit à l'identification des séquences nucléotidiques uniques de deux souches non séquencées de Campylobacter jejuni, bactérie à l'origine d'affections entériques chez l'homme par comparaison avec la souche séquencée NCTC 11168. Nous avons étudié les souches C. jejuni TGH 9011 et 81-176, toutes deux présentant des phénotypes de virulence plus accentués que la souche séquencée. Nous avons mis au point une puce à ADN de type " shotgun ", générée par dépôt de plasmides représentatifs d'une banque génomique totale de chacune de ces deux souches. L'étude a permis l'identification de 130 ORFs spécifiques par rapport à la souche-type pour TGH 9011 et 86 ORFs ainsi que la séquence du plasmide pTet pour 81-176. Les gènes identifiés chez ces souches sont impliqués principalement dans des mécanismes démontrés comme étant liés à la pathogenèse de C. jejuni. La puce à ADN de TGH 9011 a également été utilisée de façon préliminaire à l'identification des gènes régulés par la proteine Fur (Ferric Uptake Regulator). Ces travaux démontrent l'efficacité de l'utilisation de puce à ADN de type " shotgun " pour l'identification de la diversité génétique bactérienne.This study represents the identification of unique sequences of two non-sequenced, human-enteropathogenic Campylobacter jejuni strains, by comparison with the sequenced strain NCTC 11168. We choose to study TGH 9011 and 81-176 strains for their pathogenicity characters. We constructed a shotgun microarray made by the printing of plasmids issued from a whole representative genomic library of the two studied strains. After analysis, we were able to identify 130 ORFs specific to TGH 9011 compare to NCTC 11168 and 86 ORFs plus the sequence of the plasmid pTet of 81-176. Identified genes are mostly involved in demonstrated pathogenesis mechanisms of C. jejuni. The microarray of TGH 9011 has been also used for the study of genes regulated by the Ferric Uptake regulator. In summary, these studies demonstrate the power of the use of shotgun microarray for bacterial genomic comparisons