Comparison of methods for DNA extraction cultivated and exposed for various physiological and natural conditions

DNA-isolasjon er i dag et viktig verktøy i laboratoriet fordi DNA er nødvendig for å få sentrale teknikker som for eksempel PCR eller sekvensering av DNA. Disse teknikkene er svært vanlige i mikrobiologi og i laboratoriearbeid med bakterier, men resultater av DNA ekstraksjon fra bakterier er ikke alltid slik som forskere ønsker de kunne være fordi mange typer av bakterier har ganske tykke cellevegger og er vanskelige å lysere. Bakterier som er tatt fra miljøprøver kan også skape problemer ved DNA-ekstraksjon. Hovedformål i dette prosjektet var å sammenlikne DNA-utbyttet etter å ha gjennomført ulike isolasjonsmetoder med bakterier dyrket med forskjellige betingelser. Det ble antatt at DNAmengde som kan isoleres fra bakterier eksponert for en rekke fysiologiske løsninger vil variere avhengig av hvilken løsning de ble utsatt for. Hvis den antagelsen er sann kan årsaken til dette være enten at mengden av DNA etter ekstraksjonsprotokollene være et utrykk for forandringer av den bakterielle cellevegg forårsaket av bakteriene selv eller det kan være en effekt av miljøpåvirkninger hvor bakteriene er passive. Problemet i denne studien er allikevel ikke hvorfor, men om i det hele tatt mengde av DNA som ekstraheres forandrer seg med hensyn til ulike betingelser bakteriene er utsatt for.Isolation of DNA is an important tool nowadays critical in such technics as for example PCR and sequencing of DNA. These techniques are very common in microbiology and in work with bacteria but results of DNA extraction from microorganisms are not always as scientist wish they should be because some bacteria types have different thick cell walls, bacteria from environmental samples may also cause problems. The main concern of this project was to compare yield of different DNA extraction methods performed on bacteria cultivated with different conditions. It was assumed that extracted amount of DNA from bacteria exposed to different chemical and biological solutions will vary according to these conditions. If such assumption was true, the reason of this could be different: the amount of DNA extracted express changes in bacteria induced by bacteria itself or can be only the effect of environmental influence. In the first case bacteria would be active subject responding differently to different conditions. In the second case the bacteria would be only passive object of environmental circumstances. The problem of this project is not why the differences can occur. The question here is: Are there any differences in DNA extraction at all between samples with different solutions.M-KJEM