Characterization of herd immunity to the hepatitis E virus of the adult human population and detection of the virus in domestic pigs in Corsica

Le virus de l’hépatite E (VHE) est un virus à ARN simple brin positif d’environ 7,2kb et responsable de 20 millions d’infections et de 70 000 décès par an dans le monde. Dans les pays industrialisés comme la France, les génotypes en cause sont les génotypes 3 et 4, les cas humains sont sporadiques et majoritairement d’origine zoonotique. Le rôle des suidés dans ces transmissions est maintenant avéré dans la littérature, que ce soit par le contact avec les animaux, la consommation de produit carnés, ou à base de foie de porc. Une étude française de 2016 chez les donneurs de sang a montré une séroprévalence des IgG anti-VHE régionale de 60% sur l’île (mais avec un échantillon faible). De plus, des études sur les porcs domestiques en Corse ont également démontré un taux de porcs séropositifs plus élevé que sur le continent. Enfin, le figatellu, qui est largement consommé sur l’île a été de nombreuses fois mis en cause dans la littérature pour être à l’origine de cas humains et positif pour la détection de l’ARN viral.C’est dans ce contexte que les différents travaux de thèse ont été menés afin d’améliorer la compréhension de l’épidémiologie du VHE dans cette région supposée hyperendémique. Les objectifs de la thèse ont été de confirmer l’hyper endémicité de la Corse que ce soit pour la population humaine et animale avec un nombre d’échantillons solide, et de déterminer quels étaient les facteurs de risques associés à la détection des marqueurs d’infection. Pour cela nous avons mis en place et mené trois études principales : (i) une étude de séroprévalence chez les donneurs de sang et la quantification des anticorps IgG anti-VHE, (ii) une étude de séroprévalence au sein de trois populations adultes corses avec un questionnaire spécifique et (iii) une étude de l’infection des porcs domestiques corses au sein de la filière porcine traditionnelle.Nos résultats ont permis de calculer des taux de détection des marqueurs d’infection très élevés en population humaine et animale, confirmant ainsi l’hyperendémicité de la Corse. De plus, nous avons pu démontrer que l’exposition sur l’île semblait être homogène, que ce soit à travers les différentes zones géographiques de l’île, les différentes populations adultes étudiées et les différents élevages porcins. Nous avons déterminé de nouveaux facteurs de risque comme la consommation de fittonu et la pratique du dépeçage/éviscération, mais également confirmé des facteurs déjà décrits dans la littérature comme la consommation du figatellu et l’effet de l’âge sur la détection des anticorps IgG anti-VHE. Certains de nos résultats ont également montré des tendances sur l’éventuelle présence du virus au niveau environnemental (eau de source en montagne, baies sauvages, etc.). Au sein des élevages porcins, nous avons pu confirmer que la période critique pour l’infection des porcs se situait à l’âge de 3-4 mois et qu’aucun des porcs âgés de plus de 9 mois n’était positif à la détection de l’ARN viral. Nous avons également identifié les deux souches circulant en Corse, génotypes 3c et 3f. Ces résultats suggèrent que malgré une forte exposition des porcs au virus en Corse, l’âge d’abattage tardif propre à l’élevage traditionnel pourrait signifier que les produits issus de cette filière sont moins à risque que la filière industrielle. L’ensemble des résultats de cette thèse ont permis de mieux comprendre l’épidémiologie du VHE en Corse et de mettre en place des perspectives de recherche cohérentes pour l’avenir incluant fortement l’aspect environnemental.The Hepatitis E Virus (HEV) is an RNA single-stranded positive of 7,2kb and responsible for twenty millions of infections and 70,000 death every year in the world. In industrialized countries, like France, human cases are caused by genotype 3 and 4 (HEV-3 and HEV-4), are sporadic and mainly due to zoonotic origin. The role of Suidae in these transmissions is frequently reported in the literature, whether through contact with animals, consumption of meat products, or products with pork liver. A French study in 2016 among blood donors showed a regional anti-HEV IgG seroprevalence of 60% on the island (but with a little number of donors included). In addition, studies on domestic pigs in Corsica have also shown a higher seropositive rate than on the continental French. Finally, figatellu, which is widely consumed on the island has been repeatedly implicated to be at the origin of human cases and frequently reported positive for the detection of viral RNA.In this context, the objectives of the thesis were to confirm the hyper-endemicity of Corsica for the human and animal population with a solid number of samples and to determine what were the risk factors associated with the detection of the markers of infection. For this, we have conducted three main studies: (i) a seroprevalence study among blood donors population with anti-HEV IgG quantification, (ii) a seroprevalence study in three Corsican adult populations with a specific questionnaire and (iii) a study of infection of domestic Corsican pigs within the traditional pigs breeding.We have calculated very high detection rates of infection markers in human and animal populations, thus confirming the hyperendemicity of Corsica. In addition, we have shown that the exposure on the island seemed to be homogeneous, across the different geographical areas of the island, the different adult populations studied and the different pig farms. We have identified new risk factors such as fittonu consumption and skinning/butchering, but also confirmed factors already described in the literature such as figatellu consumption and the effect of increasing age on IgG anti-HEV detection. Our results also showed trends in the possible environmental secondary route of transmission (mountain spring water, wild berries, etc.).Among traditional pig farms, we confirmed that the critical period for HEV swine infection was at the age of 3-4 months and that no pigs older than 9 months were positive for the RNA HEV detection. We also identified the two genotypes circulating in Corsica, genotypes 3c and 3f. These results suggest that, despite the high exposure of pigs to the virus in Corsica, the late slaughtering typical of traditional breeding could mean that products from this sector are less at risk than the industrial sector. All the results of this thesis have improved the understanding of the HEV epidemiology in Corsica and to set up coherent research perspectives for the future, including the environmental aspect