Etude de l’immunité anti-tumorale et des altérations génomiques et protéiques sur une cohorte de tumeurs de vessie avec implication pronostique et théranostique

Bladder cancer is the sixth higher cause of cancer death in France. The lack of individual prognostic factors encourages the search for new theranostic markers also allowing to identify therapeutic targets. The genome-wide analyzes, like those of The Cancer Genome Atlas (TCGA), allow to identify new genomic alterations that could be potential biomarkers. The emergence of immune-targeting immunotherapy (ICI) PD-1/PD-L1/CTLA4 has led to pan-cancer therapeutic trials sometimes oriented by the expression of PD-1/PD-L1 and CTLA4 and their ligands. Regarding bladder cancer, immunotherapy is an old-fashioned approach with intra-vesical BCGtherapy for non-muscle-invasive bladder cancer (NMIBC). ICI give very good results in bladder cancer but there is no clear identification of predictive markers of response, whether in the expression of PD-L1, mutational load assessment or molecular classifications. Our work is set in this situational analysis. We wanted to study the involvement of the immune environment and its link with oncogenic alterations and to correlate those results with the prognosis and the response to the treatment by BCGtherapy. [...] Regarding DNA mutations, 3 tumor samples (2.9%) were mutated for HRAS, 28 (27.2%) for FGFR3 and 18 (14.2%) for PIK3CA.Regarding the expression of tumor genes and immunity, for NMIBC, a multivariate analysis enabled to identify RXRA, FGFR3, the FOXP3/CD8 ratio and OX40L as independent prognostic factors significantly correlated with recurrence-free survival (p=0.0022, p=0.0069, p=0.016 and p=0.0039 respectively) and RXRA as an independent prognostic factor associated with progression-free survival to muscle infiltration (p=0.0068). An expression signature composed of RXRA, FGFR3 and CCNE1 has been identified as an independent prognostic factor in terms of both recurrence-free and progression-free survival to muscle infiltration (p=0.04 and p=0.047 respectively). Only alone the expression of FGFR3 was correlated with response to BCG treatment (p=0.037). For MIBC, a multivariate analysis enabled to identify overexpression of ERCC2 as an independent prognostic factor significantly correlated with recurrence-free survival (p=0.0011) and EGFR and E2F3 as independent prognostic factors significantly correlated with overall survival (p=0.035 and p=0.014 respectively). An expression signature composed of OX40L, CD8 and TIGIT was identified as an independent prognostic factor in terms of both recurrence-free and overall survival (p=0.0007 and p=0.007 respectively). There was a significant association between gene expression (mRNA) and protein (immunohistochemistry) for FGFR3, PD-1, PD-L1, CD8 and FOXP3 (p<0.001, p<0.001, p<0.001 and p= 0.00000016 and p=0.00000093 respectively). Our study enabled to identify different prognostic factors in NMIBC and MIBC. In NMIBC, these are genes linked to the tumor cell, in MIBC these are genes related to the immune environment. This confirms the need for different therapeutic management based on tumor biology.Le cancer de vessie représente la 6ème cause de mortalité par cancer en France. Le manque de facteurs pronostiques individuels incite à chercher de nouveaux marqueurs théranostiques permettant également d’identifier des cibles thérapeutiques. Les analyses pangénomiques, comme celles du TCGA (The Cancer Genome Atlas), ont permis d’identifier de nouvelles altérations génomiques qui seraient de potentiels biomarqueurs. L’émergence d’immunothérapie ciblant le verrou immunitaire (ICI) PD-1/PD-L1/CTLA4 a conduit des essais thérapeutiques pan-cancers parfois orientés par l’expression de PD-1/PD-L1 et de CTLA4 et de leurs ligands. Dans le cancer de vessie, l’immunothérapie est une approche ancienne avec la BCG-thérapie intra-vésicale pour les tumeurs de vessie non infiltrant le muscle (TVNIM). Les ICI ont montré de très bons résultats dans le cancer de vessie mais il n’est pas clairement identifié de marqueurs prédictifs de la réponse, que ce soit l’expression de PD-L1, l’évaluation de la charge mutationnelle ou les classifications moléculaires. Nos travaux s’inscrivent dans cet état des lieux. Nous souhaitions étudier l’implication de l’environnement immunitaire et son lien avec les altérations oncogéniques et corréler ces résultats au pronostic et à la réponse au traitement par BCG-thérapie. Concernant les mutations ADN, 3 (2,9%) échantillons tumoraux étaient mutés pour HRAS, 28 (27.2%) pour FGFR3 et 18 (14,2%) pour PIK3CA. [...]Concernant l’expression des gènes tumoraux et de l’immunité, pour les TVNIM, une analyse multivariée a permis d’identifier RXRA, FGFR3, le ratio FOXP3/CD8 et OX40L comme facteurs pronostiques indépendants significativement corrélés à la survie sans récidive (p=0,0022, p=0,0069, p=0,016 et p=0,0039 respectivement) et RXRA comme facteur pronostique indépendant associé à la survie sans progression vers l’infiltration du muscle (p=0,0068). Une signature d’expression des gènes RXRA, FGFR3 et CCNE1 a été identifié comme facteur pronostique indépendant aussi bien en termes de survie sans récidive qu’en termes de survie sans progression vers l’infiltration du muscle (p=0,04 et p=0,047 respectivement). Seule l’expression de FGFR3 était corrélée à la réponse au traitement par BCG (p=0,037). Pour les TVIM, une analyse multivariée a permis d’identifier la surexpression d’ERCC2 comme étant un facteur pronostique indépendant significativement corrélé à la survie sans récidive (p=0,0011) et EGFR et E2F3 comme étant des facteurs pronostiques indépendants significativement corrélés à la survie globale (p=0,035 et p=0,014 respectivement). Une signature d’expression des gènes OX40L, CD8 et TIGIT a été identifié comme facteur pronostique indépendant aussi bien en termes de survie sans récidive qu’en termes de survie globale (p=0,0007 et p=0,007 respectivement). Il y avait une association significative entre l’expression des gènes (ARNm) et protéique (immunohistochimie) pour FGFR3, PD-1, PD-L1, CD8 et FOXP3 (p<0,001, p<0,001, p