Proposer un workflow généraliste pour identifier les interactions protéine-protéine entre deux tissus. Exemple des PPIs entre le sécrétome et le surfaceome pour comprendre le dialogue entre tissus chez les mammifères et en particulier chez le bovin

DoctoralThe prediction of the protein-protein interactions is studied in different domains. In particular, the interactions between surfaceome and secretome may strongly improved the understanding of inter-tissue crosstalk. This intership aims to develop a Snakemake-based workflow named Talkmine for the identification of the molecular dialogue between two biological tissues resulting from protein-protein interactions. The first objective was to identify and test some opensource tools known to predict proteins that belong to secretome or surfaceome. Publically available tools were classified according to three classes, i.e. peptide signal, subcellular location or topology prediction. Secondly, we developed the workflow. In brief, user gives a gene or protein identifiers list. g:Convert tool converts identifiers to a same format and then, Entrez-Direct tool generates a multi-fasta file. The protein sequences are then launched to the predictive tools. Finally, proteins tagged to secretome and surfaceome classes that are sent to PSICQUIC tool, which determines the protein-protein interactions. The user has access to the list of these interactions as well as to the intermediate results.The workflow Talkmine was initiated to be applied to Bos taurus to determine the interactions between muscle and fat tissue, and it could also be applied to other species and research purposes.La prédiction des interactions protéine-protéine est étudiée dans différents domaines. Notamment, la connaissance des interactions entre le surfaceome et le sécrétome contribuerait à une meilleure compréhension du dialogue inter-tissus. Ce stage a pour objectif de développer un workflow en Snakemake, appelé Talkmine, pour identifier le dialogue moléculaire entre deux tissus biologiques résultant d’interactions protéine-protéine. Le premier objectif a été d’identifier puis de tester des outils opensources pour prédire l’appartenance des protéines au sécrétome ou au surfaceome. Ils ont été classés selon trois catégories, la prédiction du peptide signal, de la localisation subcellulaire ou de la topologie.Dans un deuxième temps, le workflow a été développé. L’utilisateur donne en entrée une liste d’identifiants de gènes ou de protéines. L’outil g:Convert convertit les identifiants au format ENSP puis l’outil Entrez-Direct récupère les séquences dans un fichier multi-fasta. Les séquences protéiques sont injectées dans les outils de prédiction. Enfin, les protéines associées aux classes Sécrétome et Surfaceome sont envoyées dans l’outil PSICQUIC, pour identifierles interactions protéine-protéine. L’utilisateur a accès à la liste des interactions ainsi qu’aux résultats intermédiaires.Le workflow Talkmine a été développé pour être appliqué à Bos taurus, afin de déterminer les interactions entre le muscle et le tissu adipeux, et il est applicable à d’autres espèces et domaines de recherch