Identification, validation and functional annotation of SSR markers in dwaft cashew tree genotypes (Anacardium occidentale var. nanum) using RNA-Seq data

SOARES, V.V.M Identificação, validação e anotação funcional de marcadores microssatélites em genótipos de cajueiro anão-precoce (Anacardium occidentale var. nanum) utilizando dados de rna-seq. 2015. 97 f. Dissertação (MESTRADO EM BIOTECNOLOGIA) - Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará, Sobral, 2015.The cashew tree is a native plant from Brazil with high market value. This contributes to the generation of thousands direct and indirect jobs, especially in the Northeast region, during dry season. Breeding programs have been selecting cashew cultivars that best adapt to semi-arid environment in order to fit it in the increasingly competitive market. The search for microsatellite markers can assist breeding programs regarding to access to genetic diversity of the species. This study aims to identify SSR markers in the cashew tree based on seeds and leaves transcriptome, as well as assess its validation by PCR technique in different commercial genotypes. Using bioinformatics tools, SSRs motifs from types di- tri- tetra- penta- and hexanucleotides were found. Trinucleotide-type motif was the most representative in transcripts both from dwarf cashew CCP 76 and common cashew, ranging from 60 to 65%, respectively. Transcripts from common cashew and dwarf cashew CCP 76 share a total of 298 SSR markers. 29 of these were selected for amplification by PCR, in which 9 showed polymorphism in genotypes tested. The sequences located near to the SSR markers encode proteins, which mostly belong to gene families. It can be concluded that regions containing SSRs markers were found in the transcribed region of nine cashew genotypes, and can be a useful tool in genetic analysis and open up prospects for endogenous role of SSRs in protein functionO cajueiro (Anacardium occidentale L.) é uma planta nativa do Brasil com grande valor comercial. Isso contribui com a geração de milhares de empregos diretos e indiretos, especialmente na Região Nordeste, em época de estiagem. Programas de melhoramento genético vem selecionando cultivares de cajueiro melhores adaptados ao ambiente semiárido a fim de colocá-lo em um mercado cada vez mais competitivo. A busca por marcadores microssatélites pode auxiliar os programas de melhoramento no que diz respeito ao acesso à diversidade genética da espécie. O presente trabalho tem como objetivo a identificação de marcadores SSR em cajueiro com base no transcriptoma de sementes e folhas, bem como sua validação por PCR em diferentes genótipos comerciais. Utilizando ferramentas de bioinformática foram encontrados motivos SSRs do tipo di- tri- tetra- penta- e hexanucleotídeos, onde o motivo do tipo trinucleotídeo foi o mais representativo nos transcritos do cajueiro anão CCP 76 e comum variando de 60 a 65%, respectivamente. Os transcritos de cajueiro comum e anão CCP 76 compartilham um total de 298 marcadores SSR, destes, 29 foram escolhidos para amplificação por PCR, os quais 9 mostraram polimorfismo nos genótipos testados. As sequências situadas próximas aos marcadores SSR codificam proteínas, que em sua maioria pertencem a famílias gênicas. Pode-se concluir que foram encontrados regiões contendo marcadores SSRs na região transcrita de nove genótipos de cajueiro, podendo ser uma ferramenta útil nas análises genéticas e abrindo perspectivas para o papel endógeno dos SSRs na função proteica