Crystallization, preliminary analysis of X-ray diffraction, determination of protein molecular weight and sequence by mass spectrometry of a lectin from Dioclea virgata.

MARINHO, E. S. Cristalização, análise preliminar de difração de raios X, determinação da massa molecular e seqüência protéica por espectrometria de massa de uma lectina de sementes de Dioclea virgata. 2010. 64 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2010.The lectin from Dioclea virgata (Dvir) was purified and subjected to crystallization experiments, determination of protein molecular weight and sequence by mass spectrometry. The crystals of the protein complexes were obtained by X-man and using the vapor diffusion method at a constant temperature of 293 K and grew in a condition containing 0.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 1.0 M lithium sulphate monohydrate. A complete data set was collected at 1.8 Å resolution using a synchrotron radiation source. Dvir The crystal belongs to a centered orthorhombic space group I222, with unit cell parameters a = 647.5 Å, b = 86.6 Å, c = 90.2 Å and angles α = 90.0 ° β = 90 ° γ = 90.0 °. The best solution for the detection of molecular replacement had a correlation coefficient of 77.1% and 44.6% of rfactor. The lectin has a molecular mass of 25 412 Da ± 2 (α chain) at pH 6.5 or higher, is in a tetrameric arrangement and presents as a dimer in the asymmetric unit suggests a crystal packing similar to other lectin subtribe Diocleinae, D. guianensis, D. rostrata, regarding the carbohydrate-binding site and contacts dimeric.A lectina de sementes de Dioclea virgata (Dvir) foi purificada e submetida a experimentos de cristalização, determinação da massa molecular e sequência protéica por espectrometria de massa Os cristais da proteína foram obtidos complexados com X-man e utilizando o método de difusão de vapor a uma temperatura constante de 293 K, e cresceu em uma condição contendo 0,5 M de sulfato de amônio, 0,1 M de citrato de sódio tribásico dihidratado pH 5,6 e 1,0 M de sulfato de lítio monohidratado. Um completo conjunto de dados foi coletado em 1,8 Å de resolução usando uma fonte de radiação síncrotron. O cristal de Dvir pertence a um grupo espacial I222 ortorrômbico centrado, com parâmetros de célula unitária a = 647.5 Å, b = 86.6 Å, c = 90.2 Å e os ângulos α = 90 0° β = 90° γ = 90.0°.A melhor solução para a pesquisa de substituição molecular teve um coeficiente de correlação de 77,1% e um Rfactor de 44,6%. A lectina possui massa molecular de 25412 Da ± 2 (cadeia α) em pH 6,5 ou superior, se encontra em um arranjo tetramérico e se apresenta como dímero na unidade assimétrica sugerindo um empacotamento cristalino similar a outra lectina da subtribo Diocleinae, D. guianensis, D. rostrata, a respeito do sítio de ligação a carboidrato e os contatos diméricos