Application of genomic tools for high performance for the evaluation of the effect of salinity in the early stages of development in sole (Solea senegalensis)

The application of NGS technologies has increased enormously the availability of genomic resources for species in aquaculture allowing the development of new biotechnological tools for implementation in aquaculture. This work shows an example of the application of some biotechnological tools such as RNA-seq, microarray and Openarray to the study of low salinity culture effects on early development of sole larvae. We identified 31.075 y 40.192 differentially expressed genes using RNA-seq between larvae incubated at 10 and 36 ppt at day 1 and 3 day after hatching. Expression data using microarray matched in a 68% with RNA-seq data and they were validated in a 98% with qPCR Openarray.  The induction of proinflammatory enzymes and genes of innate immune system suggests that low salinity provokes a severe inflammatory process in the larvae. This study has been co-funded by project AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) program INTERREG IVB SUDOE, and by project RTA2009-00066-00-00 from the Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenetLa aplicación de las tecnologías NGS ha permitido incrementar enormemente la disponibilidad de recursos genómicos para especies de interés acuícola habilitando el desarrollo de herramientas biotecnológicas aplicables a la acuicultura. En el presente trabajo se muestra un ejemplo de la aplicación de las herramientas RNA-seq, microarray y Openarray al estudio del efecto del cultivo a baja salinidad sobre fases tempranas de desarrollo en larvas de lenguado. Se identificaron 31.075 y 40.192 genes diferencialmente expresados mediante RNA-seq entre larvas cultivadas a 10 y 36 ppt a día 1 y 3 tras la eclosión respectivamente. Los datos de expresión mediante microarray coincidieron en un 68% con los de RNA-seq y ellos fueron validados en un 98% mediante qPCR Openarray. La activación de enzimas proinflamatorias y genes del sistema inmune innato sugiere que la baja salinidad provoca un proceso inflamatorio severo en las larvas. Este estudio ha sido cofinanciado por el proyecto AQUAGENET (SOE2/P1/ E287) programa INTERREG IVB SUDOE, y por el proyecto RTA2009-00066-00-00 para el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA, Spain), and FEDER (EU). www.juntadeandalucia.es/agriculturaypesca/ifapa/aquagenet