A DEFINIÇÃO DE UMA ONTOLOGIA PARA INTEGRAR DADOS DE INTERATOMA E TRANSCRIPTOMA DE CÂNCER

Made available in DSpace on 2018-06-27T18:56:06Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Heleno Carmo Borges Cabral.pdf: 5857862 bytes, checksum: d2951b87950c843d49760204923bdc2a (MD5) Heleno Carmo Borges Cabral.pdf.txt: 118091 bytes, checksum: e4e222642f43d380a5e6bf3a2acd2aac (MD5) Heleno Carmo Borges Cabral.pdf.jpg: 3434 bytes, checksum: 3c397ca213b4291d6533cce010f30ed4 (MD5) Previous issue date: 2010-06-23Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorOntocancro is an ontology stored in a knowledge database designed to be a source of information to integrate transcriptomics and interatomics data involved in gene pathways of genome maintenance/stability mechanisms (GMM). Genome maintenance mechanisms are shown to be critical for cell homeostasis since their malfunctioning can predispose to cancer. Repair, apoptosis and chromosome stability pathways comprise the cornerstone of GMM. The information about these pathways are disseminated in various databases as NCI-Nature, BioCarta, KEGG, Reactome, Prosite, GO and others. Ontocancro was created with the intention of integratin the information of genes involved in GMM from several curated databases. This data integration is difficult for biological data lack a unified vocabulary and need constant update what is provided by Ontocancro. Additionally, it allows the integration of transcriptome data provided by some Affymetrix microarrays platforms with interactome data from the STRING database, which has information about protein interactions. So, this work shows the integration of data from biological information systems using the ontology paradigm, in order to integrate transcriptomics and interatomics data involved in gene pathways of genome stability.A Ontocancro é uma ontologia armazenada em um banco de dados de conhecimento projetada para ser a fonte de informação referente a integração de dados de interatoma e transcriptoma envolvidos em vias metabólicas de mecanismo de manutenção do genoma humano (GMM). Esse mecanismo de manutenção são críticos para homeostase celular desde o seu mau funcionamento, o que pode causar câncer. O reparo, a apoptose e as vias de estabilidade cromossômicas compreendem o cerne do GMM. A informação sobre essas vias metabólicas são disseminadas em vários bancos de dados, como o NCI-Nature, o BioCarta, o KEGG, o Reactome, o Prosite e o GO, entre outros. A ontologia Ontocancro foi criada com a intenção de integrar a informação sobre os genes envolvidos em GMM a partir de diversos bancos de dados curados. Essa integração de dados é complexa pela falta de um vocabulário sobre os dados biológicos e a necessidade constante de atualização destes dados. Para sanar essas duas dificuldades, a Ontocancro foi criada. Adicionalmente, ela permite a integração de dados oriundos de transcriptoma obtidos a partir da plataforma Affymetrix com os dados de interatoma obtidos a partir do banco de dados chamado STRING, o qual possui informação sobre as interações entre as proteínas. Portanto, este trabalho apresenta a integração de dados obtidos de sistemas de informação biológicos usando o paradigma ontológico, de forma a integrar os dados envolvidos em interatoma e transcriptoma em vias metabólicas de estabilidade do genoma