Análise de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) do gene HSP70 em populações de litopenaeus vannamei comercializadas no Brasil

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura, Florianópolis, 2014.O objetivo do trabalho foi estudar a diversidade genética do gene HSP70 através da análise de SNPs em três populações (LV A, LV B e LV C) de Litopenaeus vannamei comercializadas no Brasil e verificar se existe associação entre seus genótipos e a tolerância ao vírus da síndrome da mancha branca. (WSSV). Um desafio viral foi efetuado com a população LV B (nunca exposta à doença viral). O fragmento (posição 475 a 1594) do gene HSP70 foi amplificado em PCR com os iniciadores específicos. Neste estudo utilizou-se 5 SNPs (C661A, T712C, C782T, C892T e C1090T) presentes nas três populações. As heterozigozidades (Ho e He) foram menores nas populações LV A e LV B (sem controle de pedigree) comparadas com LV C (com melhoramento genético de resistência a vírus). O FIS indicou que as populações LV A e LV B possuem maiores coeficientes endogamia (4,5 e 5,0 x maiores, respectivamente) comparadas com a população LV C. Houve uma baixa divergência gênica (FST: 0,042; GST: 0,031) e diferenças entre as populações (pAbstract : This work was aimed at studying the genetic diversity of HSP70 gene by analyzing SNPs in three Litopenaeus vannamei populations (LV A, LV B and LV C) marketed in Brazil and investigating whether its genotypes are somehow associated to tolerance to the white spot syndrome virus (WSSV). A viral challenge was carried out with the LV B population (never subjected to the viral disease). A fragment (position 475 to 1594) of the HSP70 gene was PCR amplified with specific primers. In this study we used 5 SNPs (C661A, T712C, C782T, C892T and C1090T) present in three populations. Heterozygosities (Ho and He) were lower in the populations LV A and LV B (no pedigree control) when compared with LV C (with breeding for virus resistance). FIS has revealed that the populations LV A and LV B have higher inbreeding coefficients (4.5 and 5.0 x higher, respectively) when compared with LV C. There have been low genetic divergence (FST: 0.042; GST: 0.031) and differences between populations (p<0.05). Low genetic distance (NeiD) was observed amongst populations and there were phenotypic differences (p