Soil microbiote in three systems of citrus culture and pathogenicity of Fusarium spp.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESDifferent production systems utilize management techniques that seek to supply nutritional needs, together with the control of pests and diseases that are harmful to plants. However, some of these techniques can be harmful to microorganisms and, mainly, to those present in the soil microbiota, since some of them have pathogenic ad others antagonistic potential. It is very important to understand the ecology of microorganisms present in different farming systems, searching for a production system less prejudicial to the environment. The objectives of this paper were: to identify and quantify the fungal population in three citrus cultivation systems (organic, agroforestry and conventional managements); to evaluate the pathogenicity of Fusarium spp. isolates to Citrus deliciosa Tenore seedlings; and to evaluate the antagonistic potential of Trichoderma spp. isolates in relation to Fusarium spp. isolates. Soil samples were collected in Montenegro, RS, Brazil, in citrus orchards with different managements, at 0-5 cm depth in the summer and winter of 2015 and 2016. Fungal population (through serial dilutions) and physical and chemical characteristics of the soil were evaluated. Fungi of genus Fusarium and Trichoderma were isolated for further morphological characterization and molecular identification (based on TEF-1α region). In vitro tests (direct confrontation) were performed to evaluate the control efficiency of Fusarium spp. by Trichoderma spp. The chemical characteristics and the fungal populations showed significant correlations, which are favored by the management system. The Fusarium species identified were: F. solani, F. oxysporum, and F. oxysporum f. sp. vasinfectum and of Trichoderma were: T. asperellum, T. harzianum, and T. koningiopsis. The Trichoderma spp. isolates have good ability to inhibit the in vitro growth of Fusarium spp. In Citrus deliciosa Tenore seedlings, Fusarium spp. can be considered weak pathogens.Diferentes sistemas de produção utilizam técnicas de manejo que buscam suprir as necessidades nutricionais, conjuntamente com o controle de pragas e doenças que venham a ser prejudiciais às plantas. No entanto, algumas dessas técnicas podem ser prejudiciais aos micro-organismos e, principalmente, aos presentes na microbiota do solo, pois alguns apresentam potencial patogênico e outros antagônicos. É de suma importância o conhecimento da ecologia de micro-organismos presentes em diferentes sistemas de cultivo, buscando um sistema de produção menos prejudicial ao meio. Os objetivos deste trabalho foram: identificar e quantificar a população fúngica em três sistemas de cultivo de citros (manejo orgânico, manejo agroflorestal e manejo convencional); avaliar a patogenicidade de isolados de Fusarium spp. a mudas de Citrus deliciosa Tenore. Avaliar o potencial antagônico de isolados de Trichoderma spp. em relação a isolados de Fusarium spp.. Amostras de solo foram coletadas no município de Montenegro (RS) em pomares de citros com diferentes manejos. As coletas foram realizadas na profundidade de 0-5 cm no verão e inverno de 2015 e verão e inverno de 2016. Nas amostras coletadas foram realizadas avaliações da população fúngica (diluições seriais) e de características físicas e químicas do solo. Fungos dos gêneros Fusarium e Trichoderma, quando presentes nas diluições seriais, foram isolados para posterior caracterização morfológica e identificação molecular (baseada na região TEF-1α). Foram realizados teste in vitro (confrontação direta) para avaliar a eficiência de controle de Fusarium spp. versus Trichoderma spp. As características químicas e as populações fúngicas apresentaram correlações significativas, as quais são favorecidas pelo sistema de manejo. As espécies de Fusarium identificadas foram: F. solani, F. oxysporum e F. oxysporum f. sp. vasinfectum e de Trichoderma foram: T. asperellum, T. harzianum e T. koningiopsis. Os isolados de Trichoderma spp. apresentam boa capacidade de inibição do crescimento de Fusarium spp. Em mudas de Citrus deliciosa Tenore, fungos do gênero Fusarium spp. podem ser considerados patógenos fracos