Undersøkelse av genekspresjon i tymus korrelert med risikovarianter assosiert med autoimmune sykdommer

Autoimmune sykdommer (AIS) er en gruppe sykdommer hvor immunsystemet feilaktig går til angrep på eget vev. Immunsystemet er ideelt utdannet i tymus til ikke å angripe eget vev. AIS rammer omtrent 5 % av befolkningen, sykdommene er et resultat av en virkning mellom flere risikofaktorer fra arv og miljø. Dette prosjektet går ut på å karakterisere genekspresjonen i tymus, og undersøke hvordan genetiske varianter som disponerer for AIS påvirker denne genekspresjonen. De autoimmune sykdommene som ble fokusert på i dette prosjektet var type 1 diabetes, reumatoid artritt, systemisk lupus erythematosus, multippel sklerose, ankyloserende spondylitt (AS), cøliaki, inflammatorisk tarmsykdom, crohns sykdom, ulcerøs kolitt og psoriasis. I studiet gjennomført i dette prosjektet ble 42 tymusprøver brukt. Alle kjente AIS risiko SNPs ble selektert (N=256) og genotypet med Immunochip, en array designet spesielt for å genotype AIS risiko genregioner. Helgenom genekspresjon ble undersøkt ved Illumina human WG-6v3. Genotypedata for AIS risikoSNPene ble korrelert mot transkripsjonsnivå av Microarray prober innenfor et område på +/- 1 Mb. 10 risiko SNPer utenfor kromosom 6 (HLA komplekset) viste signifikante assosiasjoner (p<5x10-5) til forskjell i ekspresjonsnivå mellom ulike genotyper. Alle transkriptene lå mindre enn 100 Kb unna SNPen. ERAP1/ERAP2-genregionen viste konsistente funn ved at flere SNPer i regionen var korrelert med flere prober i disse genene. For å undersøke ERAP1/ERAP2-genekspresjonen ble det utført TaqMan genekspresjonsanalyser, som videre ble korrelert mot genotypene. Korrelasjonen ble beregnet med Mann-Whitney U-test og Kruskal Wallis test. Risiko SNPene i ERAP1/ERAP2-regionen er rapport å være assosiert med AS (ERAP1 SNPene rs30187 og rs27434) og Ps (ERAP1 SNPen rs27524). Korrelasjon mellom genekspresjon og genotype viste at ERAP1 og ERAP2 genene er signifikant assosiert med risiko SNPene rs30187 (p<0,0001), rs27524 (p<0,0001), rs27434 (p=0,0010) og rs2248374 (p