Undersøkelse av mor-barn assosiasjon av tarmbakterier ved bruk av redusert metagenomisk sekvensering (RMS)

En stor utfordring med undersøkelse av mor-barn assosierte tarmbakterier er at det kreves analysemetoder av høy oppløselighet som er i stand til å spore bakterier på arts- og stammenivå, og som samtidig er billige og effektive. Ved 16S rRNA gensekvensering studeres konserverte områder av bakteriene som er tilstede i prøven, noe som vanskeliggjør sporing av bakterier på arts- og stammenivå. Helgenom-shotgun sekvensering, derimot, benytter en mye større andel av genomet og er derfor altfor kompleks og dyr. En nyutviklet høyoppløselig analysemetode, Redusert Metagenomisk Sekvensering (RMS), som har kapasitet til sporing av bakterier på arts- og stammenivå, ble derfor benyttet i denne studien. Hovedmålet med denne studien var dermed å undersøke mor-barn assosiasjon av tarmbakterier, samt tarmbakterier assosiert med alder, ved bruk av RMS for sporing av bakteriearter. Materialet som har blitt undersøkt er genomisk DNA fra avføringsprøver fra 100 mor-barn par knyttet til PreventADALL-studien. Avføringsprøvene ble samlet fra mor i 18 ukers svangerskap og deres barn i ulike alderskategorier (nyfødt/mekonium, tre måneder, seks måneder og tolv måneder). For å evaluere kvaliteten til RMS-metoden i detektering av kjente bakteriearter, ble det gjennomført ytterligere analyser av genomisk DNA fra Mock-samfunn. RMS-biblioteket ble fremstilt til sekvensering på Illumina MiSeq for å sikre tilstrekkelig kvalitet av RMS-biblioteket før ytterligere dypere sekvensering på Illumina HiSeq 3000. Totalt ble 543 prøver analysert. Resultatene viste at Proteobacteria og Actinobacteria dominerer tarmmikrobiota signifikant i ung alder (p<0,05), til forskjell fra Firmicutes som signifikant dominerer i høy alder (p