From assembly unit to capsid : in silico application to norovirus and hepatitis B virus

Les virus comportent une coque permettant de protéger et de transporter l’information virale. Cette coque est composée de plusieurs copies de protéines capables de s’assembler d’elles-mêmes, autour ou indépendamment de l’information virale. Au cours de la vie d’un virus, les protéines impliquées dans l’assemblage sont dotées de multiples rôles. En plus du transport et de la protection, elles peuvent réguler ou détourner la machinerie cellulaire de l’hôte infecté. Elles peuvent aussi servir de leurre face aux défenses immunitaires de l’organisme. Dans cette thèse, à l’aide de méthodes calculatoires sur des superordinateurs, les mécanismes d’assemblage et d’interaction de ces protéines sont étudiés. Ces travaux permettent d’avoir une meilleure idée de l’assemblage de la coque vide du virus de la gastroentérite de l’Homme. En ce qui concerne le virus de l’hépatite B (VHB), ces études mettent en évidence la fixation d’ions zinc par la protéine de coque du VHB. Le zinc pourrait jouer un rôle essentiel dans l’interaction avec le matériel génétique. Ces travaux aident aussi à comprendre comment cette protéine transporte l’information virale vers le noyau des cellules du foie.Viruses are characterized by a shell that protects and transports viral information. This shell is composed of several copies of proteins capable of self-assembling, around or independently of the viral information. During the life of a virus, proteins involved in this assembly have multiple roles. In addition to transport and protection, they can regulate or hijack the cellular machinery of the infected host. They can also serve as decoys against the organism's immune defenses. In this thesis, using computational methods on supercomputers, the mechanisms of assembly and interaction of these proteins are studied. This work allows to have a better idea of the assembly of the empty shell of the human gastroenteritis virus. For hepatitis B virus (HBV), these studies show the binding of zinc ions by the HBV shell protein. Zinc may play an essential role in the interaction with genetic material. This work also helps to understand how this protein transports viral information to the nucleus of liver cells