Bottlenose dolphin (Tursiops truncatus) conservation strategy in French Mediterranean Sea

La sous-population méditerranéenne de Grand dauphin (Tursiops truncatus) est classée comme vulnérable par l'Union internationale pour la conservation de la nature. Cette espèce est strictement protégée en France et la désignation de zones spéciales de conservation (ZSC) est requise par la directive européenne Habitats Faune Flore (DHFF, 92/43/CEE). Cependant, peu d'informations sont disponibles sur la population dans les eaux méditerranéennes françaises. L’objectif de cette thèse est d’apporter des éléments pour l’élaboration d’une stratégie de conservation du Grand dauphin en Méditerranée française, en améliorant la connaissance de la population présente et en évaluant le potentiel du réseau d’aires marines protégées (AMPs) pour sa conservation. Afin d’étudier la distribution, l’abondance et la structure de la population, nous avons analysé des données de photo-identification collectées tout au long de l'année sur l'ensemble du plateau continental méditerranéen français entre 2013 et 2015 dans le cadre du projet GDEGeM. Nous avons observé 151 groupes de grands dauphins, ce qui a permis la photo-identification de 766 dauphins. La distribution des taux de rencontre a montré la présence de grands dauphins sur l'ensemble du plateau continental tout au long de l'année. Nous avons estimé pour la première fois, à l'aide de méthodes de capture-recapture, la taille de la population de grands dauphins fréquentant le plateau continental de Provence et du Golfe du Lion à 2 636 individus (IC 95% : 2 051-3 514). Nos résultats ont été utilisés pour appuyer la désignation d'un nouveau Site d’Importance Communautaire (SIC) dédié à l’espèce dans le golfe du Lion et fournissent une base de référence pour la surveillance du Grand dauphin dans les eaux méditerranéennes françaises dans le contexte de la Directive Cadre Stratégie pour le milieu marin (DCSMM, 2008/56/CE) et de la DHFF. L’étude de la structure sociale de la population fréquentant le plateau continental méditerranéen français à l'aide d’analyses de réseaux a mis en évidence 4 clusters sociaux le long des côtes continentales. L’évaluation des domaines vitaux a montré que 3 clusters utilisaient préférentiellement le Golfe du Lion, alors que le 4ème cluster utilisait préférentiellement les côtes de Provence. Aucune association n'a été observée entre les dauphins observés en Corse et les dauphins observés dans le Golfe du Lion et en Provence, suggérant une communauté sociale indépendante dans cette zone. Ces résultats appellent à considérer 3 unités régionales pour le suivi et la conservation du grand dauphin dans les eaux méditerranéennes françaises. Une trentaine d’aires marines protégées est répartie tout le long du littoral du Golfe du Lion, de Provence et de Corse. Afin d’évaluer le potentiel de ce réseau pour la conservation de la population de Grand dauphin, nous avons évalué la couverture du réseau d’aires marines protégées (AMPs) dans les 3 régions en comparant les taux de rencontre et les abondances relatives de grands dauphins à l’intérieur et à l’extérieur des AMPs. Les résultats montrent qu’en Corse et dans le Golfe du Lion, le réseau devrait être complété, alors qu’en Provence, il apparait adéquat. Nous avons également évalué la prise en compte du Grand dauphin dans les AMPs à travers un questionnaire soumis aux gestionnaires. Les réponses ont montré que, bien que le Grand dauphin soit présent dans toutes les AMPs ayant répondu (90 %), pratiquement aucune n’effectue de suivi, ni de mesures de conservation en place pour l’espèce. Les réponses ont également permis de mettre en évidence des besoins des gestionnaires en termes de connaissance, de moyens d’action et de collaborations. Les résultats de cette thèse constituent une base solide et fournissent des recommandations pour permettre l’élaboration et la mise en œuvre d’une stratégie de conservation de la population de Grand dauphin à l’échelle de la façade de Méditerranée française en valorisant le réseau d’AMPs.The Mediterranean sub-population of bottlenose dolphin (Tursiops truncatus) is classified as vulnerable by the International Union for Conservation of Nature. This species is strictly protected in France and the designation of Special Areas of Conservation (SAC) is required by the European Habitats Directive (HD, 92/43/EEC). However, little information is available on the population in French Mediterranean waters.The objective of this thesis is to provide elements for the elaboration of a conservation strategy for the bottlenose dolphin in the French Mediterranean Sea, by improving the knowledge of the population and by evaluating the potential of the network of marine protected areas (MPA) for its conservation.To study the distribution, abundance and structure of the population, we analyzed photo-identification data collected throughout the year on the entire French Mediterranean shelf between 2013 and 2015 as part of the GDEGeM project.We observed 151 bottlenose dolphin groups, resulting in the photo-identification of 766 dolphins. The distribution of encounter rates showed the presence of bottlenose dolphins throughout the continental shelf throughout the year. We estimated for the first time, using capture-recapture methods, the population size of bottlenose dolphins frequenting the continental shelf of Provence and the Gulf of Lion at 2,636 individuals (95% CI: 2,051-3,514). Our results were used to support the designation of a new Site of Community Importance (SCI) dedicated to the species in the Gulf of Lion and provide a baseline for the monitoring of bottlenose dolphins in French Mediterranean waters in the context of the Marine Strategy Framework Directive (MSFD, 2008/56/EC) and the HD.The study of the social structure of the population frequenting the French Mediterranean continental shelf using network analyses revealed 4 social clusters along the continental coasts. The evaluation of home ranges showed that 3 clusters preferentially use the Gulf of Lion, while the 4th cluster preferentially uses the coasts of Provence. No association was observed between dolphins observed in Corsica and dolphins observed in the Gulf of Lion and in Provence, suggesting an independent social community in this area. These results call for considering 3 regional units for the monitoring and conservation of bottlenose dolphins in French Mediterranean waters.About thirty marine protected areas are distributed along the coast of the Gulf of Lion, Provence and Corsica. In order to evaluate the potential of this network for the conservation of the bottlenose dolphin population, we evaluated the coverage of the network of marine protected areas (MPAs) in the 3 regions by comparing encounter rates and relative abundances of bottlenose dolphins inside and outside the MPAs. The results show that in Corsica and in the Gulf of Lion, the network should be completed, while in Provence, it appears adequate. We also evaluated the consideration of the bottlenose dolphin in the MPAs through a questionnaire submitted to the managers. The answers showed that, although the bottlenose dolphin is present in all the MPAs that responded (90%), almost none of them carry out any monitoring or conservation measures for the species. The responses also highlighted the needs of the managers in terms of knowledge, means of action and collaborations.The results of this thesis constitute a solid basis and provide recommendations to allow the elaboration and the implementation of a conservation strategy for the bottlenose dolphin population at the scale of the French Mediterranean coast by enhancing the MPA network