Uporaba mikrosatelitskih biljega za utvrđivanje genetske varijabilnosti kod dugotrajno selekcioniranih linija crvenih rodajland kokoši

Genetic improvement needs the existence and precise estimation of genetic variability, and microsatellites are a molecular marker of choice for its assessment. Rhode Island Red (RIR) is a brown-egger chicken breed. A RIR population, selected on the basis of 40-week part-period egg production for 30 generations, maintained as a closed flock to develop multi-colored strains for backyard farming, were studied to determine genetic variability and heterozygosity using microsatellite markers. Genomic DNA from 76 randomly selected birds was analyzed at 10 microsatellite loci, alleles were separated on 3.4% MetaPhor Agarose, sized using Quantity-One software and analyzed by POPGENE v1.32. Nine loci demonstrated polymorphism resolving 30 alleles, the average number of alleles/ locus being 3.00 ± 1.41. Allele numbers varied from two to six and size ranged from 102 to 320bp. The average polymorphic information content and Nei’s heterozygosity were 0.3134 ± 0.064 and 0.4119 ± 0.2575, respectively, suggesting these loci to be moderately polymorphic and informative. The observed (Na) and effective number (Ne) of alleles and Shannon’s index averaged 3.0000 ± 1.4142, 2.0324 ± 0.9416 and 0.7342 ± 0.4649, respectively. Ne was less than Na at most loci, indicating the prevalence of heterozygosity at these loci. Mean expected heterozygosity was higher than mean observed heterozygosity at most loci, indicating that the population was not in Hardy-Weinberg equilibrium but was under the influence of some forces such as selection, etc. The same was also demonstrated by Chi-square and G-square tests. It may be inferred that long-term selection for 40-week part-period egg production has resulted in Hardy-Weinberg disequilibrium at the studied microsatellite loci, thereby suggesting a probable association between these microsatellite loci and layer economic traits in RIR chicken, and this might be useful in marker assisted selection for egg production in future.Genetsko poboljšanje traži postojanu i preciznu procjenu genetske varijabilnosti. S tom svrhom moguće je koristiti mikrosatelite kao molekularne biljege. Crveni rodajland je pasmina kokoši koja nese smeđa jaja, a ovo je istraživanje provedeno u populaciji koja je kroz 30 generacija selekcionirana na osnovi 40-tjedne proizvodnje jaja. Populacija je održavana kao zatvoreno jato namijenjeno za razvoj višebojnih linija koje bi se držale u dvorišnom tipu uzgoja. Cilj istraživanja bio je utvrditi genetsku varijabilnost i heterozigotnost primjenom mikrosatelitskih biljega. Genomska DNA od 76 slučajno odabranih kokoši analizirana je na 10 mikrosatelitskih lokusa. Aleli su razlučeni na 3,4 % MetaPhor agarozi, a njihova veličina i analiza određeni su pomoću Quantity-One i POPGENE v1.32 računalnih programa. Devet lokusa bilo je polimorfno pokazujući 30 alela, pri čemu je prosječni broj alela/lokusu iznosio 3,00 ± 1,41. Broj alela kretao se od 2 do 6, a veličina u rasponu 102 do 320 bp. Prosječna informativnost polimorfizma i Neieva heterozigotnost iznosili su 0,3134 ± 0,064 te 0,4119 ± 0,2575, što pokazuje da su promatrani lokusi umjereno polimorfni i informativni. Opaženi (Na) i efektivni broj (Ne) alela te Shannonov indeks imali su prosječne vrijednosti 3,0000 ± 1,4142, zatim 2,0324 ± 0,9416 i 0,7342 ± 0,4649. Ne je bio manji od Na na većini lokusa upujući na prevalenciju heterozigotnosti na tim lokusima. Na većini lokusa srednja očekivana heterozigotnost bila je veća u odnosu na srednju opaženu heterozigotnost, što je pokazalo da populacija nije bila u Hardy-Weinbergovoj ravnoteži već je bila pod utjecajem nekih sila kao npr. selekcije ili drugo. Isto je potvrđeno Hi-kvadrat i G-kvadrat testovima. Može se zaključiti da je dugotrajna selekcija s obzirom na 40-tjednu proizvodnju jaja rezultirala Hardy-Weinbergovom neravnotežom na istraženim mikrosatelitskim lokusima što upućuje na moguću povezanost između tih mikrosatelitskih lokusa i gospodarski važnih obilježja nesivosti kod kokoši crvenog rodajlanda. Navedeno bi moglo biti korisno u budućoj selekciji potpomognutoj s biljezima za proizvodnju jaja