The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T-cells

Comprehensive analysis of T cell immunodominance and immunoprevalence of SARS-CoV-2 epitopes in COVID-19 cases

Tarke, Alison
Sidney, John
Kidd, Conner K
Dan, Jennifer M
Ramirez, Sydney I
Yu, Esther Dawen
Mateus, Jose
da Silva Antunes, Ricardo
Moore, Erin
Rubiro, Paul
Methot, Nils
Phillips, Elizabeth
Mallal, Simon
Frazier, April
Rawlings, Stephen A
Greenbaum, Jason A
Peters, Bjoern
Smith, Davey M
Crotty, Shane
Weiskopf, Daniela
Grifoni, Alba
Sette, Alessandro

December 2020

T cells are involved in control of SARS-CoV-2 infection. To establish the patterns of immunodominanc...

Comprehensive analysis of T cell immunodominance and immunoprevalence of SARS-CoV-2 epitopes in COVID-19 cases.

Tarke, Alison
Sidney, John
Kidd, Conner K
Dan, Jennifer M
Ramirez, Sydney I
Yu, Esther Dawen
Mateus, Jose
da Silva Antunes, Ricardo
Moore, Erin
Rubiro, Paul
Methot, Nils
Phillips, Elizabeth
Mallal, Simon
Frazier, April
Rawlings, Stephen A
Greenbaum, Jason A
Peters, Bjoern
Smith, Davey M
Crotty, Shane
Weiskopf, Daniela
Grifoni, Alba
Sette, Alessandro

February 2021

T cells are involved in control of SARS-CoV-2 infection. To establish the patterns of immunodominanc...

Supplementary data --The mutational landscape of SARS-CoV-2 variants diversifies T cell targets in an HLA supertype-dependent manner

Hamelin, David

September 2021

Supplementary data for the Cell Systems manuscript 'The mutational landscape of SARS-CoV-2 variants ...

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells

de Silva T. I.
Liu G.
Lindsey B. B.
Dong D.
Moore S. C.
Hsu N. S.
Shah D.
Wellington D.
Mentzer A. J.
Angyal A.
Brown R.
Parker M. D.
Ying Z.
Yao X.
Turtle L.
Dunachie S.
Aanensen D. M.
Abudahab K.
Adams H.
Adams A.
Afifi S.
Aggarwal D.
Ahmad S. S. Y.
Aigrain L.
Alcolea-Medina A.
Alikhan N. -F.
Allara E.
Amato R.
Annett T.
Aplin S.
Ariani C. V.
Asad H.
Ash A.
Ashfield P.
Ashford F.
Atkinson L.
Attwood S. W.
Auckland C.
Aydin A.
Baker D. J.
Baker P.
Balcazar C. E.
Ball J.
Barrett J. C.
Barrow M.
Barton E.
Bashton M.
Bassett A. R.
Batra R.
Baxter C.
Bayzid N.
Beaver C.
Beckett A. H.
Beckwith S. M.
Bedford L.
Beer R.
Beggs A.
Bellis K. L.
Berry L.
Bertolusso B.
Best A.
Betteridge E.
Bibby D.
Bicknell K.
Binns D.
Birchley A.
Bird P. W.
Bishop C.
Blacow R.
Blakey V.
Blane B.
Bolt F.
Bonfield J.
Bonner S.
Bonsall D.
Boswell T.
Bosworth A.
Bourgeois Y.
Boyd O.
Bradley D. T.
Breen C.
Bresner C.
Breuer J.
Bridgett S.
Bronner I. F.
Brooks E.
Broos A.
Brown J. R.
Bucca G.
Buchan S. L.
Buck D.
Bull M.
Burns P. J.
Burton-Fanning S.
Byaruhanga T.
Byott M.
Campbell S.
Carabelli A. M.
Cargill J. S.
Carlile M.
Carvalho S. F.
Casey A.
Castigador A.
Catalan J.
Chalker V.
Chaloner N. J.
Chand M.
Chappell J. G.
Charalampous T.
Chatterton W.
Chaudhry Y.
Churcher C. M.
Clark G.
Clarke P.
Cogger B. J.
Cole K.
Collins J.
Colquhoun R.
Connor T. R.
Cook K. F.
Coombes J.
Corden S.
Cormie C.
Cortes N.
Cotic M.
Cotton S.
Cottrell S.
Coupland L.
Cox M.
Cox A.
Craine N.
Crawford L.
Cross A.
Crown M. R.
Crudgington D.
Cumley N.
Curran T.
Curran M. D.
da Silva Filipe A.
Dabrera G.
Darby A. C.
Davidson R. K.
Davies A.
Davies R. M.
Davis T.
de Angelis D.
De Lacy E.
de Oliveira Martins L.
Debebe J.
Denton-Smith R.
Dervisevic S.
Dewar R.
Dey J.
Dias J.
Dobie D.
Dorman M. J.
Downing F.
Driscoll M.
du Plessis L.
Duckworth N.
Durham J.
Eastick K.
Easton L. J.
Eccles R.
Edgeworth J.
Edwards S.
El Bouzidi K.
Eldirdiri S.
Ellaby N.
Elliott S.
Eltringham G.
Ensell L.
Erkiert M. J.
Zamudio M. E.
Essex S.
Evans J. M.
Evans C.
Everson W.
Fairley D. J.
Fallon K.
Fanaie A.
Farr B. W.
Fearn C.
Feltwell T.
Ferguson L.
Fina L.
Flaviani F.
Fleming V. M.
Forrest S.
Foster-Nyarko E.
Foulkes B. H.
Foulser L.
Fragakis M.
Frampton D.
Francois S.
Fraser C.
Freeman T. M.
Fryer H.
Fuchs M.
Fuller W.
Gajee K.
Galai K.
Gallagher A.
Gallagher E.
Gallagher M. D.
Gallis M.
Gaskin A.
Gatica-Wilcox B.
Geidelberg L.
Gemmell M.
Georgana I.
George R. P.
Gifford L.
Gilbert L.
Girgis S. T.
Glaysher S.
Goldstein E. J.
Golubchik T.
Gomes A. N.
Goncalves S.
Goodfellow I. G.
Goodwin S.
Goudarzi S.
Gourtovaia M.
Graham C.
Graham L.
Grant P. R.
Green L. R.
Green A.
Greenaway J.
Gregory R.
Guest M.
Gunson R. N.
Gupta R. K.
Gutierrez B.
Haldenby S. T.
Hamilton W. L.
Hansford S. E.
Haque T.
Harris K. A.
Harrison I.
Harrison E. M.
Hart J.
Hartley J. A.
Harvey W. T.
Harvey M.
Hassan-Ibrahim M. O.
Heaney J.
Helmer T.
Henderson J. H.
Hesketh A. R.
Hey J.
Heyburn D.
Higginson E. E.
Hill V.
Hill J. D.
Hilson R. A.
Hilvers E.
Holden M. T. G.
Hollis A.
Holmes C. W.
Holmes N.
Holmes A. H.
Hopes R.
Hornsby H. R.
Hosmillo M.
Houlihan C.
Howson-Wells H. C.
Hubb J.
Huckson H.
Hughes W.
Hughes J.
Hughes M.
Hutchings S.
Idle G.
Illingworth C. J.
Impey R.
Irish-Tavares D.
Iturriza-Gomara M.
Izuagbe R.
Jackson C.
Jackson B.
Jackson L. M.
Jackson K. A.
Jackson D. K.
Jahun A. S.
James V.
James K.
Jeanes C.
Jeffries A. R.
Jeremiah S.
Jermy A.
John M.
Johnson R.
Johnson K.
Johnston I.
Jones O.
Jones S.
Jones H.
Jones C. R.
Jones N.
Joseph A.
Judges S.
Kay G. L.
Kay S.
Keatley J. -P.
Keeley A. J.
Kenyon A.
Kermack L. M.
Khakh M.
Kidd S. P.
Kimuli M.
Kirk S.
Kitchen C.
Kitchman K.
Knight B. A.
Koshy C.
Kraemer M. U. G.
Kumziene-Summerhayes S.
Kwiatkowski D.
Lackenby A.
Laing K. G.
Lampejo T.
Langford C. F.
Lavin D.
Lawton A. I.
Lee J.
Lee D.
Lensing S. V.
Leonard S.
Levett L. J.
Le-Viet T.
Lewis J.
Lewis K.
Liddle J.
Liggett S.
Lillie P. J.
Lister M. M.
Livett R.
Lo S.
Loman N. J.
Loose M. W.
Louka S. F.
Loveson K. F.
Lowdon S.
Lowe H.
Lowe H. L.
Lucaci A. O.
Ludden C.
Lynch J.
Lyons R. A.
Lythgoe K.
Machin N. W.
MacIntyre-Cockett G.
Mack A.
Macklin B.
Maclean A.
Macnaughton E.
Madona P.
Maes M.
Maftei L.
Mahanama A. I. K.
Mahungu T. W.
Mair D.
Maksimovic J.
Malone C. S.
Maloney D.
Manesis N.
Manley R.
Mantzouratou A.
Marchbank A.
Mariappan A.
Martincorena I.
Martinez Nunez R. T.
Mather A. E.
Maxwell P.
Mayhew M.
Mbisa T.
McCann C. M.
McCarthy S. A.
McCluggage K.
McClure P. C.
McCrone J. T.
McHugh M. P.
McKenna J. P.
McKerr C.
McManus G. M.
McMurray C. L.
McMurray C.
McNally A.
Meadows L.
Medd N.
Megram O.
Menegazzo M.
Merrick I.
Michell S. L.
Michelsen M. L.
Mirfenderesky M.
Mirza J.
Miskelly J.
Moles-Garcia E.
Moll R. J.
Molnar Z.
Monahan I. M.
Mondani M.
Mookerjee S.
Moore C.
Moore J.
Moore N.
Moore C.
Morcrette H.
Morgan S.
Morgan M.
Mori M.
Morriss A.
Moses S.
Mower C.
Muir P.
Mukaddas A.
Munemo F.
Munn R.
Murray A.
Murray L. J.
Murray D. R.
Mutingwende M.
Myers R.
Nastouli E.
Nebbia G.
Nelson A.
Nelson C.
Nicholls S.
Nichols J.
Nicodemi R.
Nomikou K.
O'Grady J.
O'Brien S.
Odedra M.
Ohemeng-Kumi N.
Oliver K.
Orton R. J.
Osman H.
xeine O'Toole
Pacchiarini N.
Padgett D.
Page A. J.
Park E. J.
Park N. R.
Parmar S.
Partridge D. G.
Pascall D.
Patel A.
Patel B.
Paterson S.
Payne B. A. I.
Peacock S. J.
Pearson C.
Pelosi E.
Percival B.
Perkins J.
Perry M.
Pinckert M. L.
Platt S.
Podplomyk O.
Pohare M.
Pond M.
Pope C. F.
Poplawski R.
Powell J.
Poyner J.
Prestwood L.
Price A.
Price J. R.
Prieto J. A.
Pritchard D. T.
Prosolek S. J.
Pugh G.
Pusok M.
Pybus O. G.
Pymont H. M.
Quail M. A.
Quick J.
Radulescu C.
Raghwani J.
Ragonnet-Cronin M.
Rainbow L.
Rajan D.
Rajatileka S.
Ramadan N. A.
Rambaut A.
Ramble J.
Randell P. A.
Randell P.
Ratcliffe L.
Raviprakash V.
Raza M.
Redshaw N. M.
Rey S.
Reynolds N.
Richter A.
Robertson D. L.
Robinson E.
Robson S. C.
Rogan F.
Rooke S.
Rowe W.
Roy S.
Rudder S.
Ruis C.
Rushton S.
Ryan F.
Saeed K.
Samaraweera B.
Sambles C. M.
Sanderson R.
Sanderson T.
Sang F.
Sass T.
Scher E.
Scott G.
Scott C.
Sehmi J.
Shaaban S.
Shah D.
Shaw J.
Shelest E.
Shepherd J. G.
Sheridan L. A.
Sheriff N.
Shirley L.
Sillitoe J.
Silviera S.
Simpson D. A.
Singh A.
Singleton D.
Skvortsov T.
Sloan T. J.
Sluga G.
Smith K.
Smith K. S.
Smith P.
Smith D. L.
Smith L.
Smith C. P.
Smith N.
Smollett K. L.
Snell L. B.
Somassa T.
Southgate J.
Spellman K.
Spencer Chapman M. H.
Spurgin L. G.
Spyer M. J.
Stanley R.
Stanley W.
Stanton T. D.
Starinskij I.
Stockton J.
Stonehouse S.
Storey N.
Studholme D. J.
Sudhanva M.
Swindells E.
Taha Y.
Tan N. K.
Tang J. W.
Tang M.
Taylor B. E. W.
Taylor J. F.
Taylor S.
Temperton B.
Templeton K. E.
Thomas C.
Thomson L.
Thomson E. C.
Thornton A.
Thurston S. A. J.
Todd J. A.
Tomb R.
Tong L.
Tonkin-Hill G.
Torok M. E.
Tovar-Corona J. M.
Trebes A.
Trotter A. J.
Tsatsani I.
Turnbull R.
Twohig K. A.
Umpleby H.
Underwood A. P.
Vamos E. E.
Vasylyeva T. I.
Vattipally S.
Vernet G.
Vipond B. B.
Volz E. M.
Walsh S.
Wang D.
Warne B.
Warwick-Dugdale J.
Wastnedge E.
Watkins J.
Watson L. K.
Waugh S.
Webster H. J.
Weldon D.
Westwick E.
Whalley T.
Wheeler H.
Whitehead M.
Whiteley M.
Whitwham A.
Wierzbicki C.
Willford N. J.
Williams L. -A.
Williams R.
Williams C.
Williams C.
Williams C. A.
Williams R. J.
Williams T.
Williams C.
Williamson K. A.
Wilson-Davies E.
Witele E.
Withell K. T.
Witney A. A.
Wolverson P.
Wong N.
Workman T.
Wright V.
Wright D. W.
Wyatt T.
Wyllie S.
Xu-McCrae L.
Yavus M.
Yaze G.
Yeats C. A.
Yebra G.
Yew W. C.
Young G. R.
Young J.
Zarebski A. E.
Zhang P.
Maini M. K.
Ogg G.
Knight J. C.
Baillie J. K.
Semple M. G.
Openshaw P. J. M.
Carson G.
Alex B.
Andrikopoulos P.
Bach B.
Barclay W. S.
Bogaert D.
Chechi K.
Cooke G. S.
Docherty A. B.
Correia G. D. S.
Dumas M. -E.
Dunning J.
Fletcher T.
Green C. A.
Greenhalf W.
Griffin J. L.
Gupta R. K.
Harrison E. M.
Hiscox J. A.
Wai Ho A. Y.
Horby P. W.
Ijaz S.
Khoo S.
Klenerman P.
Law A.
Lewis M. R.
Liggi S.
Lim W. S.
Maslen L.
Merson L.
Meynert A. M.
Noursadeghi M.
Olanipekun M.
Osagie A.
Palmarini M.
Palmieri C.
Paxton W. A.
Pollakis G.
Price N.
Russell C. D.
Sancho-Shimizu V.
Sands C. J.
Scott J. T.
Sigfrid L.
Solomon T.
Sriskandan S.
Stuart D.
Summers C.
Swann O. V.
Takats Z.
Takis P.
Tedder R. S.
Thompson A. A. R.
Thwaites R. S.
Zambon M.
Hardwick H.
Donohue C.
Griffiths F.
Oosthuyzen W.
Donegan C.
Spencer R. G.
Dalton J.
Girvan M.
Saviciute E.
Roberts S.
Harrison J.
Marsh L.
Connor M.
Halpin S.
Jackson C.
Gamble C.
Plotkin D.
Lee J.
Leeming G.
Wham M.
Clohisey S.
Hendry R.
Scott-Brown J.
Shaw V.
McDonald S. E.
Keating S.
Ahmed K. A.
Armstrong J. A.
Ashworth M.
Asiimwe I. G.
Bakshi S.
Barlow S. L.
Booth L.
Brennan B.
Bullock K.
Catterall B. W. A.
Clark J. J.
Clarke E. A.
Cole S.
Cooper L.
Cox H.
Davis C.
Dincarslan O.
Dunn C.
Dyer P.
Elliott A.
Evans A.
Finch L.
Fisher L. W. S.
Foster T.
Garcia-Dorival I.
Gunning P.
Hartley C.
Jensen R. L.
Jones C. B.
Jones T. R.
Khandaker S.
King K.
Kiy R. T.
Koukorava C.
Lake A.
Lant S.
Latawiec D.
Lavelle-Langham L.
Lefteri D.
Lett L.
Livoti L. A.
Mancini M.
McDonald S.
McEvoy L.
McLauchlan J.
Metelmann S.
Miah N. S.
Middleton J.
Mitchell J.
Murphy E. G.
Penrice-Randal R.
Pilgrim J.
Prince T.
Reynolds W.
Ridley P. M.
Sales D.
Shaw V. E.
Shears R. K.
Small B.
Subramaniam K. S.
Szemiel A.
Taggart A.
Tanianis-Hughes J.
Thomas J.
Trochu E.
van Tonder L.
Wilcock E.
Zhang J. E.
Flaherty L.
Maziere N.
Cass E.
Carracedo A. D.
Carlucci N.
Holmes A.
Massey H.
Murphy L.
Wrobel N.
McCafferty S.
Morrice K.
MacLean A.
Adeniji K.
Agranoff D.
Agwuh K.
Ail D.
Aldera E. L.
Alegria A.
Allen S.
Angus B.
Ashish A.
Atkinson D.
Bari S.
Barlow G.
Barnass S.
Barrett N.
Bassford C.
Basude S.
Baxter D.
Beadsworth M.
Bernatoniene J.
Berridge J.
Berry C.
Best N.
Bothma P.
Chadwick D.
Brittain-Long R.
Bulteel N.
Burden T.
Burtenshaw A.
Caruth V.
Chambler D.
Chee N.
Child J.
Chukkambotla S.
Clark T.
Collini P.
Cosgrove C.
Cupitt J.
Cutino-Moguel M. -T.
Dark P.
Dawson C.
Donnison P.
Douthwaite S.
Drummond A.
DuRand I.
Dushianthan A.
Dyer T.
Eziefula C.
Fegan C.
Finn A.
Fullerton D.
Garg S.
Garg A.
Gkrania-Klotsas E.
Godden J.
Goldsmith A.
Hardy E.
Hartshorn S.
Harvey D.
Havalda P.
Hawcutt D. B.
Hobrok M.
Hodgson L.
Hormis A.
Jacobs M.
Jain S.
Jennings P.
Kaliappan A.
Kasipandian V.
Kegg S.
Kelsey M.
Kendall J.
Kerrison C.
Kerslake I.
Koch O.
Koduri G.
Koshy G.
Laha S.
Laird S.
Larkin S.
Leiner T.
Lillie P.
Limb J.
Linnett V.
Little J.
Lyttle M.
MacMahon M.
Mankregod R.
Masson H.
Matovu E.
McCullough K.
McEwen R.
Meda M.
Mills G.
Minton J.
Mohandas K.
Mok Q.
Moon J.
Moore E.
Morgan P.
Morris C.
Mortimore K.
Mpenge M.
Mulla R.
Murphy M.
Nagel M.
Nagarajan T.
Nelson M.
Norris L.
O'Shea M. K.
Otahal I.
Ostermann M.
Pais M.
Panchatsharam S.
Papakonstantinou D.
Paraiso H.
Patel B.
Pattison N.
Pepperell J.
Peters M.
Phull M.
Pintus S.
Pooni J. S.
Planche T.
Post F.
Price D.
Prout R.
Rae N.
Reschreiter H.
Reynolds T.
Richardson N.
Roberts M.
Roberts D.
Rose A.
Rousseau G.
Ruge B.
Ryan B.
Saluja T.
Schmid M. L.
Shah A.
Shanmuga P.
Sharma A.
Shawcross A.
Sizer J.
Shankar-Hari M.
Smith R.
Snelson C.
Spittle N.
Staines N.
Stambach T.
Stewart R.
Subudhi P.
Szakmany T.
Tatham K.
Thomas J.
Thompson C.
Thompson R.
Tridente A.
Tupper-Carey D.
Twagira M.
Vallotton N.
Vancheeswaran R.
Vincent-Smith L.
Visuvanathan S.
Vuylsteke A.
Waddy S.
Wake R.
Walden A.
Welters I.
Whitehouse T.
Whittaker P.
Whittington A.
Papineni P.
Wijesinghe M.
Williams M.
Wilson L.
Winchester S.
Wiselka M.
Wolverson A.
Wootton D. G.
Workman A.
Yates B.
Young P.
Peng Y.
Rowland-Jones S. L.
Dong T.

January 2021

We identify amino acid variants within dominant SARS-CoV-2 T cell epitopes by interrogating global s...

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells

de Silva, Thushan I
Liu, Guihai
Lindsey, Benjamin B
Dong, Danning
Moore, Shona C
Hsu, Nienyun Sharon
Shah, Dhruv
Wellington, Dannielle
Mentzer, Alexander J
Angyal, Adrienn
Brown, Rebecca
Parker, Matthew D
Ying, Zixi
Yao, Xuan
Turtle, Lance
Dunachie, Susanna
Maini, Mala K
Ogg, Graham
Knight, Julian C
Peng, Yanchun
Rowland-Jones, Sarah L
Dong, Tao
Saeed, Kordo
COVID-19 Genomics UK (COG-UK) consortium

November 2021

We identify amino acid variants within dominant SARS-CoV-2 T cell epitopes by interrogating global s...

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells

de Silva, Thushan I
Liu, Guihai
Lindsey, Benjamin B
Dong, Danning
Moore, Shona C
Hsu, Nienyun Sharon
Shah, Dhruv
Wellington, Dannielle
Mentzer, Alexander J
Angyal, Adrienn
Brown, Rebecca
Parker, Matthew D
Ying, Zixi
Yao, Xuan
Turtle, Lance
Dunachie, Susanna
Aanensen, David M
Abudahab, Khalil
Adams, Helen
Adams, Alexander
Afifi, Safiah
Aggarwal, Dinesh
Ahmad, Shazaad SY
Aigrain, Louise
Alcolea-Medina, Adela
Alikhan, Nabil-Fareed
Allara, Elias
Amato, Roberto
Annett, Tara
Aplin, Stephen
Ariani, Cristina V
Asad, Hibo
Ash, Amy
Ashfield, Paula
Ashford, Fiona
Atkinson, Laura
Attwood, Stephen W
Auckland, Cressida
Aydin, Alp
Baker, David J
Baker, Paul
Balcazar, Carlos E
Ball, Jonathan
Barrett, Jeffrey C
Barrow, Magdalena
Barton, Edward
Bashton, Matthew
Bassett, Andrew R
Batra, Rahul
Baxter, Chris
Bayzid, Nadua
Beaver, Charlotte
Beckett, Angela H
Beckwith, Shaun M
Bedford, Luke
Beer, Robert
Beggs, Andrew
Bellis, Katherine L
Berry, Louise
Bertolusso, Beatrice
Best, Angus
Betteridge, Emma
Bibby, David
Bicknell, Kelly
Binns, Debbie
Birchley, Alec
Bird, Paul W
Bishop, Chloe
Blacow, Rachel
Blakey, Victoria
Blane, Beth
Bolt, Frances
Bonfield, James
Bonner, Stephen
Bonsall, David
Boswell, Tim
Bosworth, Andrew
Bourgeois, Yann
Boyd, Olivia
Bradley, Declan T
Breen, Cassie
Bresner, Catherine
Breuer, Judith
Bridgett, Stephen
Bronner, Iraad F
Brooks, Ellena
Broos, Alice
Brown, Julianne R
Bucca, Giselda
Buchan, Sarah L
Buck, David
Bull, Matthew
Burns, Phillipa J
Burton-Fanning, Shirelle
Byaruhanga, Timothy
Byott, Matthew
Campbell, Sharon
Carabelli, Alessandro M
Cargill, James S
Carlile, Matthew

November 2021

We identify amino acid variants within dominant SARS-CoV-2 T cell epitopes by interrogating glo...

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells.

De Silva, TI
Liu, G
Lindsey, BB
Dong, D
Moore, SC
Hsu, NS
Shah, D
Wellington, D
Mentzer, AJ
Angyal, A
Brown, R
Parker, MD
Ying, Z
Yao, X
Turtle, L
Dunachie, S
COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium
Maini, MK
Ogg, G
Knight, JC
ISARIC4C Investigators
Peng, Y
Rowland-Jones, SL
Dong, T

October 2021

We identify amino acid variants within dominant SARS-CoV-2 T cell epitopes by interrogating global s...

Mutations in SARS-CoV-2 spike protein impair epitope-specific CD4+ T cell recognition

Tye, Emily X.C,
Jinks, Elizabeth
Haigh, Tracey A
Kaul, Baksho
Patel, Prashant
Parry, Helen M
Newby, Maddy L
Crispin, Max
Kaur, Nayandeep
Moss, Paul
Drennan, Samantha J
Taylor, Graham S
Long, Heather M

December 2022

CD4+ T cells are essential for protection against viruses, including SARS-CoV-2. The sensitivity of ...

Identification of Potential SARS-CoV-2 CD8+ T Cell Escape Mutants

Syed Faraz Ahmed
Muhammad Saqib Sohail
Ahmed Abdul Quadeer
Matthew R. McKay

March 2022

Memory SARS-CoV-2-specific CD8+ T cell responses induced upon infection or COVID-19 vaccination have...

Profiling CD8+ T cell epitopes of COVID-19 convalescents reveals reduced cellular immune responses to SARS-CoV-2 variants

Hang Zhang
Shasha Deng
Liting Ren
Peiyi Zheng
Xiaowen Hu
Tengchuan Jin
Xu Tan

September 2021

Summary: Cellular immunity is important in determining the disease severity of COVID-19 patients. Ho...

SARS-CoV-2 mutations in MHC-I-restricted epitopes evade CD8+ T cell responses

Agerer Benedikt

March 2021

CD8 T cell immunity to SARS-CoV-2 has been implicated in COVID-19 severity and virus control. Here,...

CD8 T cell epitope generation toward the continually mutating SARS-CoV-2 spike protein in genetically diverse human population: Implications for disease control and prevention.

Elisa Guo
Hailong Guo

January 2020

The ongoing pandemic of SARS-CoV-2 has brought tremendous crisis on global health care systems and i...

Identification and characterization of a SARS-CoV-2 specific CD8+ T cell response with immunodominant features

Gangaev, Anastasia
Ketelaars, Steven L C
Isaeva, Olga I
Patiwael, Sanne
Dopler, Anna
Hoefakker, Kelly
De Biasi, Sara
Gibellini, Lara
Mussini, Cristina
Guaraldi, Giovanni
Girardis, Massimo
Ormeno, Cami M P Talavera
Hekking, Paul J M
Lardy, Neubury M
Toebes, Mireille
Balderas, Robert
Schumacher, Ton N
Ovaa, Huib
Cossarizza, Andrea
Kvistborg, Pia

January 2021

The COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2 is a continuous challenge worldwide, and there is an urge...

Impact of SARS-CoV-2 variants on the total CD4+ and CD8+ T cell reactivity in infected or vaccinated individuals.

Tarke, Alison
Sidney, John
Methot, Nils
Yu, Esther Dawen
Zhang, Yun
Dan, Jennifer M
Goodwin, Benjamin
Rubiro, Paul
Sutherland, Aaron
Wang, Eric
Frazier, April
Ramirez, Sydney I
Rawlings, Stephen A
Smith, Davey M
da Silva Antunes, Ricardo
Peters, Bjoern
Scheuermann, Richard H
Weiskopf, Daniela
Crotty, Shane
Grifoni, Alba
Sette, Alessandro

July 2021

The emergence of SARS-CoV-2 variants with evidence of antibody escape highlight the importance of ad...

Comprehensive analysis of T cell immunodominance and immunoprevalence of SARS-CoV-2 epitopes in COVID-19 cases

Tarke, Alison
Sidney, John
Kidd, Conner K
Dan, Jennifer M
Ramirez, Sydney I
Yu, Esther Dawen
Mateus, Jose
da Silva Antunes, Ricardo
Moore, Erin
Rubiro, Paul
Methot, Nils
Phillips, Elizabeth
Mallal, Simon
Frazier, April
Rawlings, Stephen A
Greenbaum, Jason A
Peters, Bjoern
Smith, Davey M
Crotty, Shane
Weiskopf, Daniela
Grifoni, Alba
Sette, Alessandro

December 2020

T cells are involved in control of SARS-CoV-2 infection. To establish the patterns of immunodominanc...

Comprehensive analysis of T cell immunodominance and immunoprevalence of SARS-CoV-2 epitopes in COVID-19 cases.

Tarke, Alison
Sidney, John
Kidd, Conner K
Dan, Jennifer M
Ramirez, Sydney I
Yu, Esther Dawen
Mateus, Jose
da Silva Antunes, Ricardo
Moore, Erin
Rubiro, Paul
Methot, Nils
Phillips, Elizabeth
Mallal, Simon
Frazier, April
Rawlings, Stephen A
Greenbaum, Jason A
Peters, Bjoern
Smith, Davey M
Crotty, Shane
Weiskopf, Daniela
Grifoni, Alba
Sette, Alessandro

February 2021

T cells are involved in control of SARS-CoV-2 infection. To establish the patterns of immunodominanc...

Supplementary data --The mutational landscape of SARS-CoV-2 variants diversifies T cell targets in an HLA supertype-dependent manner

Hamelin, David

September 2021

Supplementary data for the Cell Systems manuscript 'The mutational landscape of SARS-CoV-2 variants ...

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells

de Silva T. I.
Liu G.
Lindsey B. B.
Dong D.
Moore S. C.
Hsu N. S.
Shah D.
Wellington D.
Mentzer A. J.
Angyal A.
Brown R.
Parker M. D.
Ying Z.
Yao X.
Turtle L.
Dunachie S.
Aanensen D. M.
Abudahab K.
Adams H.
Adams A.
Afifi S.
Aggarwal D.
Ahmad S. S. Y.
Aigrain L.
Alcolea-Medina A.
Alikhan N. -F.
Allara E.
Amato R.
Annett T.
Aplin S.
Ariani C. V.
Asad H.
Ash A.
Ashfield P.
Ashford F.
Atkinson L.
Attwood S. W.
Auckland C.
Aydin A.
Baker D. J.
Baker P.
Balcazar C. E.
Ball J.
Barrett J. C.
Barrow M.
Barton E.
Bashton M.
Bassett A. R.
Batra R.
Baxter C.
Bayzid N.
Beaver C.
Beckett A. H.
Beckwith S. M.
Bedford L.
Beer R.
Beggs A.
Bellis K. L.
Berry L.
Bertolusso B.
Best A.
Betteridge E.
Bibby D.
Bicknell K.
Binns D.
Birchley A.
Bird P. W.
Bishop C.
Blacow R.
Blakey V.
Blane B.
Bolt F.
Bonfield J.
Bonner S.
Bonsall D.
Boswell T.
Bosworth A.
Bourgeois Y.
Boyd O.
Bradley D. T.
Breen C.
Bresner C.
Breuer J.
Bridgett S.
Bronner I. F.
Brooks E.
Broos A.
Brown J. R.
Bucca G.
Buchan S. L.
Buck D.
Bull M.
Burns P. J.
Burton-Fanning S.
Byaruhanga T.
Byott M.
Campbell S.
Carabelli A. M.
Cargill J. S.
Carlile M.
Carvalho S. F.
Casey A.
Castigador A.
Catalan J.
Chalker V.
Chaloner N. J.
Chand M.
Chappell J. G.
Charalampous T.
Chatterton W.
Chaudhry Y.
Churcher C. M.
Clark G.
Clarke P.
Cogger B. J.
Cole K.
Collins J.
Colquhoun R.
Connor T. R.
Cook K. F.
Coombes J.
Corden S.
Cormie C.
Cortes N.
Cotic M.
Cotton S.
Cottrell S.
Coupland L.
Cox M.
Cox A.
Craine N.
Crawford L.
Cross A.
Crown M. R.
Crudgington D.
Cumley N.
Curran T.
Curran M. D.
da Silva Filipe A.
Dabrera G.
Darby A. C.
Davidson R. K.
Davies A.
Davies R. M.
Davis T.
de Angelis D.
De Lacy E.
de Oliveira Martins L.
Debebe J.
Denton-Smith R.
Dervisevic S.
Dewar R.
Dey J.
Dias J.
Dobie D.
Dorman M. J.
Downing F.
Driscoll M.
du Plessis L.
Duckworth N.
Durham J.
Eastick K.
Easton L. J.
Eccles R.
Edgeworth J.
Edwards S.
El Bouzidi K.
Eldirdiri S.
Ellaby N.
Elliott S.
Eltringham G.
Ensell L.
Erkiert M. J.
Zamudio M. E.
Essex S.
Evans J. M.
Evans C.
Everson W.
Fairley D. J.
Fallon K.
Fanaie A.
Farr B. W.
Fearn C.
Feltwell T.
Ferguson L.
Fina L.
Flaviani F.
Fleming V. M.
Forrest S.
Foster-Nyarko E.
Foulkes B. H.
Foulser L.
Fragakis M.
Frampton D.
Francois S.
Fraser C.
Freeman T. M.
Fryer H.
Fuchs M.
Fuller W.
Gajee K.
Galai K.
Gallagher A.
Gallagher E.
Gallagher M. D.
Gallis M.
Gaskin A.
Gatica-Wilcox B.
Geidelberg L.
Gemmell M.
Georgana I.
George R. P.
Gifford L.
Gilbert L.
Girgis S. T.
Glaysher S.
Goldstein E. J.
Golubchik T.
Gomes A. N.
Goncalves S.
Goodfellow I. G.
Goodwin S.
Goudarzi S.
Gourtovaia M.
Graham C.
Graham L.
Grant P. R.
Green L. R.
Green A.
Greenaway J.
Gregory R.
Guest M.
Gunson R. N.
Gupta R. K.
Gutierrez B.
Haldenby S. T.
Hamilton W. L.
Hansford S. E.
Haque T.
Harris K. A.
Harrison I.
Harrison E. M.
Hart J.
Hartley J. A.
Harvey W. T.
Harvey M.
Hassan-Ibrahim M. O.
Heaney J.
Helmer T.
Henderson J. H.
Hesketh A. R.
Hey J.
Heyburn D.
Higginson E. E.
Hill V.
Hill J. D.
Hilson R. A.
Hilvers E.
Holden M. T. G.
Hollis A.
Holmes C. W.
Holmes N.
Holmes A. H.
Hopes R.
Hornsby H. R.
Hosmillo M.
Houlihan C.
Howson-Wells H. C.
Hubb J.
Huckson H.
Hughes W.
Hughes J.
Hughes M.
Hutchings S.
Idle G.
Illingworth C. J.
Impey R.
Irish-Tavares D.
Iturriza-Gomara M.
Izuagbe R.
Jackson C.
Jackson B.
Jackson L. M.
Jackson K. A.
Jackson D. K.
Jahun A. S.
James V.
James K.
Jeanes C.
Jeffries A. R.
Jeremiah S.
Jermy A.
John M.
Johnson R.
Johnson K.
Johnston I.
Jones O.
Jones S.
Jones H.
Jones C. R.
Jones N.
Joseph A.
Judges S.
Kay G. L.
Kay S.
Keatley J. -P.
Keeley A. J.
Kenyon A.
Kermack L. M.
Khakh M.
Kidd S. P.
Kimuli M.
Kirk S.
Kitchen C.
Kitchman K.
Knight B. A.
Koshy C.
Kraemer M. U. G.
Kumziene-Summerhayes S.
Kwiatkowski D.
Lackenby A.
Laing K. G.
Lampejo T.
Langford C. F.
Lavin D.
Lawton A. I.
Lee J.
Lee D.
Lensing S. V.
Leonard S.
Levett L. J.
Le-Viet T.
Lewis J.
Lewis K.
Liddle J.
Liggett S.
Lillie P. J.
Lister M. M.
Livett R.
Lo S.
Loman N. J.
Loose M. W.
Louka S. F.
Loveson K. F.
Lowdon S.
Lowe H.
Lowe H. L.
Lucaci A. O.
Ludden C.
Lynch J.
Lyons R. A.
Lythgoe K.
Machin N. W.
MacIntyre-Cockett G.
Mack A.
Macklin B.
Maclean A.
Macnaughton E.
Madona P.
Maes M.
Maftei L.
Mahanama A. I. K.
Mahungu T. W.
Mair D.
Maksimovic J.
Malone C. S.
Maloney D.
Manesis N.
Manley R.
Mantzouratou A.
Marchbank A.
Mariappan A.
Martincorena I.
Martinez Nunez R. T.
Mather A. E.
Maxwell P.
Mayhew M.
Mbisa T.
McCann C. M.
McCarthy S. A.
McCluggage K.
McClure P. C.
McCrone J. T.
McHugh M. P.
McKenna J. P.
McKerr C.
McManus G. M.
McMurray C. L.
McMurray C.
McNally A.
Meadows L.
Medd N.
Megram O.
Menegazzo M.
Merrick I.
Michell S. L.
Michelsen M. L.
Mirfenderesky M.
Mirza J.
Miskelly J.
Moles-Garcia E.
Moll R. J.
Molnar Z.
Monahan I. M.
Mondani M.
Mookerjee S.
Moore C.
Moore J.
Moore N.
Moore C.
Morcrette H.
Morgan S.
Morgan M.
Mori M.
Morriss A.
Moses S.
Mower C.
Muir P.
Mukaddas A.
Munemo F.
Munn R.
Murray A.
Murray L. J.
Murray D. R.
Mutingwende M.
Myers R.
Nastouli E.
Nebbia G.
Nelson A.
Nelson C.
Nicholls S.
Nichols J.
Nicodemi R.
Nomikou K.
O'Grady J.
O'Brien S.
Odedra M.
Ohemeng-Kumi N.
Oliver K.
Orton R. J.
Osman H.
xeine O'Toole
Pacchiarini N.
Padgett D.
Page A. J.
Park E. J.
Park N. R.
Parmar S.
Partridge D. G.
Pascall D.
Patel A.
Patel B.
Paterson S.
Payne B. A. I.
Peacock S. J.
Pearson C.
Pelosi E.
Percival B.
Perkins J.
Perry M.
Pinckert M. L.
Platt S.
Podplomyk O.
Pohare M.
Pond M.
Pope C. F.
Poplawski R.
Powell J.
Poyner J.
Prestwood L.
Price A.
Price J. R.
Prieto J. A.
Pritchard D. T.
Prosolek S. J.
Pugh G.
Pusok M.
Pybus O. G.
Pymont H. M.
Quail M. A.
Quick J.
Radulescu C.
Raghwani J.
Ragonnet-Cronin M.
Rainbow L.
Rajan D.
Rajatileka S.
Ramadan N. A.
Rambaut A.
Ramble J.
Randell P. A.
Randell P.
Ratcliffe L.
Raviprakash V.
Raza M.
Redshaw N. M.
Rey S.
Reynolds N.
Richter A.
Robertson D. L.
Robinson E.
Robson S. C.
Rogan F.
Rooke S.
Rowe W.
Roy S.
Rudder S.
Ruis C.
Rushton S.
Ryan F.
Saeed K.
Samaraweera B.
Sambles C. M.
Sanderson R.
Sanderson T.
Sang F.
Sass T.
Scher E.
Scott G.
Scott C.
Sehmi J.
Shaaban S.
Shah D.
Shaw J.
Shelest E.
Shepherd J. G.
Sheridan L. A.
Sheriff N.
Shirley L.
Sillitoe J.
Silviera S.
Simpson D. A.
Singh A.
Singleton D.
Skvortsov T.
Sloan T. J.
Sluga G.
Smith K.
Smith K. S.
Smith P.
Smith D. L.
Smith L.
Smith C. P.
Smith N.
Smollett K. L.
Snell L. B.
Somassa T.
Southgate J.
Spellman K.
Spencer Chapman M. H.
Spurgin L. G.
Spyer M. J.
Stanley R.
Stanley W.
Stanton T. D.
Starinskij I.
Stockton J.
Stonehouse S.
Storey N.
Studholme D. J.
Sudhanva M.
Swindells E.
Taha Y.
Tan N. K.
Tang J. W.
Tang M.
Taylor B. E. W.
Taylor J. F.
Taylor S.
Temperton B.
Templeton K. E.
Thomas C.
Thomson L.
Thomson E. C.
Thornton A.
Thurston S. A. J.
Todd J. A.
Tomb R.
Tong L.
Tonkin-Hill G.
Torok M. E.
Tovar-Corona J. M.
Trebes A.
Trotter A. J.
Tsatsani I.
Turnbull R.
Twohig K. A.
Umpleby H.
Underwood A. P.
Vamos E. E.
Vasylyeva T. I.
Vattipally S.
Vernet G.
Vipond B. B.
Volz E. M.
Walsh S.
Wang D.
Warne B.
Warwick-Dugdale J.
Wastnedge E.
Watkins J.
Watson L. K.
Waugh S.
Webster H. J.
Weldon D.
Westwick E.
Whalley T.
Wheeler H.
Whitehead M.
Whiteley M.
Whitwham A.
Wierzbicki C.
Willford N. J.
Williams L. -A.
Williams R.
Williams C.
Williams C.
Williams C. A.
Williams R. J.
Williams T.
Williams C.
Williamson K. A.
Wilson-Davies E.
Witele E.
Withell K. T.
Witney A. A.
Wolverson P.
Wong N.
Workman T.
Wright V.
Wright D. W.
Wyatt T.
Wyllie S.
Xu-McCrae L.
Yavus M.
Yaze G.
Yeats C. A.
Yebra G.
Yew W. C.
Young G. R.
Young J.
Zarebski A. E.
Zhang P.
Maini M. K.
Ogg G.
Knight J. C.
Baillie J. K.
Semple M. G.
Openshaw P. J. M.
Carson G.
Alex B.
Andrikopoulos P.
Bach B.
Barclay W. S.
Bogaert D.
Chechi K.
Cooke G. S.
Docherty A. B.
Correia G. D. S.
Dumas M. -E.
Dunning J.
Fletcher T.
Green C. A.
Greenhalf W.
Griffin J. L.
Gupta R. K.
Harrison E. M.
Hiscox J. A.
Wai Ho A. Y.
Horby P. W.
Ijaz S.
Khoo S.
Klenerman P.
Law A.
Lewis M. R.
Liggi S.
Lim W. S.
Maslen L.
Merson L.
Meynert A. M.
Noursadeghi M.
Olanipekun M.
Osagie A.
Palmarini M.
Palmieri C.
Paxton W. A.
Pollakis G.
Price N.
Russell C. D.
Sancho-Shimizu V.
Sands C. J.
Scott J. T.
Sigfrid L.
Solomon T.
Sriskandan S.
Stuart D.
Summers C.
Swann O. V.
Takats Z.
Takis P.
Tedder R. S.
Thompson A. A. R.
Thwaites R. S.
Zambon M.
Hardwick H.
Donohue C.
Griffiths F.
Oosthuyzen W.
Donegan C.
Spencer R. G.
Dalton J.
Girvan M.
Saviciute E.
Roberts S.
Harrison J.
Marsh L.
Connor M.
Halpin S.
Jackson C.
Gamble C.
Plotkin D.
Lee J.
Leeming G.
Wham M.
Clohisey S.
Hendry R.
Scott-Brown J.
Shaw V.
McDonald S. E.
Keating S.
Ahmed K. A.
Armstrong J. A.
Ashworth M.
Asiimwe I. G.
Bakshi S.
Barlow S. L.
Booth L.
Brennan B.
Bullock K.
Catterall B. W. A.
Clark J. J.
Clarke E. A.
Cole S.
Cooper L.
Cox H.
Davis C.
Dincarslan O.
Dunn C.
Dyer P.
Elliott A.
Evans A.
Finch L.
Fisher L. W. S.
Foster T.
Garcia-Dorival I.
Gunning P.
Hartley C.
Jensen R. L.
Jones C. B.
Jones T. R.
Khandaker S.
King K.
Kiy R. T.
Koukorava C.
Lake A.
Lant S.
Latawiec D.
Lavelle-Langham L.
Lefteri D.
Lett L.
Livoti L. A.
Mancini M.
McDonald S.
McEvoy L.
McLauchlan J.
Metelmann S.
Miah N. S.
Middleton J.
Mitchell J.
Murphy E. G.
Penrice-Randal R.
Pilgrim J.
Prince T.
Reynolds W.
Ridley P. M.
Sales D.
Shaw V. E.
Shears R. K.
Small B.
Subramaniam K. S.
Szemiel A.
Taggart A.
Tanianis-Hughes J.
Thomas J.
Trochu E.
van Tonder L.
Wilcock E.
Zhang J. E.
Flaherty L.
Maziere N.
Cass E.
Carracedo A. D.
Carlucci N.
Holmes A.
Massey H.
Murphy L.
Wrobel N.
McCafferty S.
Morrice K.
MacLean A.
Adeniji K.
Agranoff D.
Agwuh K.
Ail D.
Aldera E. L.
Alegria A.
Allen S.
Angus B.
Ashish A.
Atkinson D.
Bari S.
Barlow G.
Barnass S.
Barrett N.
Bassford C.
Basude S.
Baxter D.
Beadsworth M.
Bernatoniene J.
Berridge J.
Berry C.
Best N.
Bothma P.
Chadwick D.
Brittain-Long R.
Bulteel N.
Burden T.
Burtenshaw A.
Caruth V.
Chambler D.
Chee N.
Child J.
Chukkambotla S.
Clark T.
Collini P.
Cosgrove C.
Cupitt J.
Cutino-Moguel M. -T.
Dark P.
Dawson C.
Donnison P.
Douthwaite S.
Drummond A.
DuRand I.
Dushianthan A.
Dyer T.
Eziefula C.
Fegan C.
Finn A.
Fullerton D.
Garg S.
Garg A.
Gkrania-Klotsas E.
Godden J.
Goldsmith A.
Hardy E.
Hartshorn S.
Harvey D.
Havalda P.
Hawcutt D. B.
Hobrok M.
Hodgson L.
Hormis A.
Jacobs M.
Jain S.
Jennings P.
Kaliappan A.
Kasipandian V.
Kegg S.
Kelsey M.
Kendall J.
Kerrison C.
Kerslake I.
Koch O.
Koduri G.
Koshy G.
Laha S.
Laird S.
Larkin S.
Leiner T.
Lillie P.
Limb J.
Linnett V.
Little J.
Lyttle M.
MacMahon M.
Mankregod R.
Masson H.
Matovu E.
McCullough K.
McEwen R.
Meda M.
Mills G.
Minton J.
Mohandas K.
Mok Q.
Moon J.
Moore E.
Morgan P.
Morris C.
Mortimore K.
Mpenge M.
Mulla R.
Murphy M.
Nagel M.
Nagarajan T.
Nelson M.
Norris L.
O'Shea M. K.
Otahal I.
Ostermann M.
Pais M.
Panchatsharam S.
Papakonstantinou D.
Paraiso H.
Patel B.
Pattison N.
Pepperell J.
Peters M.
Phull M.
Pintus S.
Pooni J. S.
Planche T.
Post F.
Price D.
Prout R.
Rae N.
Reschreiter H.
Reynolds T.
Richardson N.
Roberts M.
Roberts D.
Rose A.
Rousseau G.
Ruge B.
Ryan B.
Saluja T.
Schmid M. L.
Shah A.
Shanmuga P.
Sharma A.
Shawcross A.
Sizer J.
Shankar-Hari M.
Smith R.
Snelson C.
Spittle N.
Staines N.
Stambach T.
Stewart R.
Subudhi P.
Szakmany T.
Tatham K.
Thomas J.
Thompson C.
Thompson R.
Tridente A.
Tupper-Carey D.
Twagira M.
Vallotton N.
Vancheeswaran R.
Vincent-Smith L.
Visuvanathan S.
Vuylsteke A.
Waddy S.
Wake R.
Walden A.
Welters I.
Whitehouse T.
Whittaker P.
Whittington A.
Papineni P.
Wijesinghe M.
Williams M.
Wilson L.
Winchester S.
Wiselka M.
Wolverson A.
Wootton D. G.
Workman A.
Yates B.
Young P.
Peng Y.
Rowland-Jones S. L.
Dong T.

January 2021

We identify amino acid variants within dominant SARS-CoV-2 T cell epitopes by interrogating global s...

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells

de Silva, Thushan I
Liu, Guihai
Lindsey, Benjamin B
Dong, Danning
Moore, Shona C
Hsu, Nienyun Sharon
Shah, Dhruv
Wellington, Dannielle
Mentzer, Alexander J
Angyal, Adrienn
Brown, Rebecca
Parker, Matthew D
Ying, Zixi
Yao, Xuan
Turtle, Lance
Dunachie, Susanna
Maini, Mala K
Ogg, Graham
Knight, Julian C
Peng, Yanchun
Rowland-Jones, Sarah L
Dong, Tao
Saeed, Kordo
COVID-19 Genomics UK (COG-UK) consortium

November 2021

We identify amino acid variants within dominant SARS-CoV-2 T cell epitopes by interrogating global s...

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells

de Silva, Thushan I
Liu, Guihai
Lindsey, Benjamin B
Dong, Danning
Moore, Shona C
Hsu, Nienyun Sharon
Shah, Dhruv
Wellington, Dannielle
Mentzer, Alexander J
Angyal, Adrienn
Brown, Rebecca
Parker, Matthew D
Ying, Zixi
Yao, Xuan
Turtle, Lance
Dunachie, Susanna
Aanensen, David M
Abudahab, Khalil
Adams, Helen
Adams, Alexander
Afifi, Safiah
Aggarwal, Dinesh
Ahmad, Shazaad SY
Aigrain, Louise
Alcolea-Medina, Adela
Alikhan, Nabil-Fareed
Allara, Elias
Amato, Roberto
Annett, Tara
Aplin, Stephen
Ariani, Cristina V
Asad, Hibo
Ash, Amy
Ashfield, Paula
Ashford, Fiona
Atkinson, Laura
Attwood, Stephen W
Auckland, Cressida
Aydin, Alp
Baker, David J
Baker, Paul
Balcazar, Carlos E
Ball, Jonathan
Barrett, Jeffrey C
Barrow, Magdalena
Barton, Edward
Bashton, Matthew
Bassett, Andrew R
Batra, Rahul
Baxter, Chris
Bayzid, Nadua
Beaver, Charlotte
Beckett, Angela H
Beckwith, Shaun M
Bedford, Luke
Beer, Robert
Beggs, Andrew
Bellis, Katherine L
Berry, Louise
Bertolusso, Beatrice
Best, Angus
Betteridge, Emma
Bibby, David
Bicknell, Kelly
Binns, Debbie
Birchley, Alec
Bird, Paul W
Bishop, Chloe
Blacow, Rachel
Blakey, Victoria
Blane, Beth
Bolt, Frances
Bonfield, James
Bonner, Stephen
Bonsall, David
Boswell, Tim
Bosworth, Andrew
Bourgeois, Yann
Boyd, Olivia
Bradley, Declan T
Breen, Cassie
Bresner, Catherine
Breuer, Judith
Bridgett, Stephen
Bronner, Iraad F
Brooks, Ellena
Broos, Alice
Brown, Julianne R
Bucca, Giselda
Buchan, Sarah L
Buck, David
Bull, Matthew
Burns, Phillipa J
Burton-Fanning, Shirelle
Byaruhanga, Timothy
Byott, Matthew
Campbell, Sharon
Carabelli, Alessandro M
Cargill, James S
Carlile, Matthew

November 2021

We identify amino acid variants within dominant SARS-CoV-2 T cell epitopes by interrogating glo...

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells.

De Silva, TI
Liu, G
Lindsey, BB
Dong, D
Moore, SC
Hsu, NS
Shah, D
Wellington, D
Mentzer, AJ
Angyal, A
Brown, R
Parker, MD
Ying, Z
Yao, X
Turtle, L
Dunachie, S
COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium
Maini, MK
Ogg, G
Knight, JC
ISARIC4C Investigators
Peng, Y
Rowland-Jones, SL
Dong, T

October 2021

We identify amino acid variants within dominant SARS-CoV-2 T cell epitopes by interrogating global s...

Mutations in SARS-CoV-2 spike protein impair epitope-specific CD4+ T cell recognition

Tye, Emily X.C,
Jinks, Elizabeth
Haigh, Tracey A
Kaul, Baksho
Patel, Prashant
Parry, Helen M
Newby, Maddy L
Crispin, Max
Kaur, Nayandeep
Moss, Paul
Drennan, Samantha J
Taylor, Graham S
Long, Heather M

December 2022

CD4+ T cells are essential for protection against viruses, including SARS-CoV-2. The sensitivity of ...

Identification of Potential SARS-CoV-2 CD8+ T Cell Escape Mutants

Syed Faraz Ahmed
Muhammad Saqib Sohail
Ahmed Abdul Quadeer
Matthew R. McKay

March 2022

Memory SARS-CoV-2-specific CD8+ T cell responses induced upon infection or COVID-19 vaccination have...

Profiling CD8+ T cell epitopes of COVID-19 convalescents reveals reduced cellular immune responses to SARS-CoV-2 variants

Hang Zhang
Shasha Deng
Liting Ren
Peiyi Zheng
Xiaowen Hu
Tengchuan Jin
Xu Tan

September 2021

Summary: Cellular immunity is important in determining the disease severity of COVID-19 patients. Ho...

SARS-CoV-2 mutations in MHC-I-restricted epitopes evade CD8+ T cell responses

Agerer Benedikt

March 2021

CD8 T cell immunity to SARS-CoV-2 has been implicated in COVID-19 severity and virus control. Here,...

CD8 T cell epitope generation toward the continually mutating SARS-CoV-2 spike protein in genetically diverse human population: Implications for disease control and prevention.

Elisa Guo
Hailong Guo

January 2020

The ongoing pandemic of SARS-CoV-2 has brought tremendous crisis on global health care systems and i...

Identification and characterization of a SARS-CoV-2 specific CD8+ T cell response with immunodominant features

Gangaev, Anastasia
Ketelaars, Steven L C
Isaeva, Olga I
Patiwael, Sanne
Dopler, Anna
Hoefakker, Kelly
De Biasi, Sara
Gibellini, Lara
Mussini, Cristina
Guaraldi, Giovanni
Girardis, Massimo
Ormeno, Cami M P Talavera
Hekking, Paul J M
Lardy, Neubury M
Toebes, Mireille
Balderas, Robert
Schumacher, Ton N
Ovaa, Huib
Cossarizza, Andrea
Kvistborg, Pia

January 2021

The COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2 is a continuous challenge worldwide, and there is an urge...

Impact of SARS-CoV-2 variants on the total CD4+ and CD8+ T cell reactivity in infected or vaccinated individuals.

Tarke, Alison
Sidney, John
Methot, Nils
Yu, Esther Dawen
Zhang, Yun
Dan, Jennifer M
Goodwin, Benjamin
Rubiro, Paul
Sutherland, Aaron
Wang, Eric
Frazier, April
Ramirez, Sydney I
Rawlings, Stephen A
Smith, Davey M
da Silva Antunes, Ricardo
Peters, Bjoern
Scheuermann, Richard H
Weiskopf, Daniela
Crotty, Shane
Grifoni, Alba
Sette, Alessandro

July 2021

The emergence of SARS-CoV-2 variants with evidence of antibody escape highlight the importance of ad...

Comprehensive analysis of T cell immunodominance and immunoprevalence of SARS-CoV-2 epitopes in COVID-19 cases

Tarke, Alison
Sidney, John
Kidd, Conner K
Dan, Jennifer M
Ramirez, Sydney I
Yu, Esther Dawen
Mateus, Jose
da Silva Antunes, Ricardo
Moore, Erin
Rubiro, Paul
Methot, Nils
Phillips, Elizabeth
Mallal, Simon
Frazier, April
Rawlings, Stephen A
Greenbaum, Jason A
Peters, Bjoern
Smith, Davey M
Crotty, Shane
Weiskopf, Daniela
Grifoni, Alba
Sette, Alessandro

December 2020

T cells are involved in control of SARS-CoV-2 infection. To establish the patterns of immunodominanc...

Comprehensive analysis of T cell immunodominance and immunoprevalence of SARS-CoV-2 epitopes in COVID-19 cases.

Tarke, Alison
Sidney, John
Kidd, Conner K
Dan, Jennifer M
Ramirez, Sydney I
Yu, Esther Dawen
Mateus, Jose
da Silva Antunes, Ricardo
Moore, Erin
Rubiro, Paul
Methot, Nils
Phillips, Elizabeth
Mallal, Simon
Frazier, April
Rawlings, Stephen A
Greenbaum, Jason A
Peters, Bjoern
Smith, Davey M
Crotty, Shane
Weiskopf, Daniela
Grifoni, Alba
Sette, Alessandro

February 2021

T cells are involved in control of SARS-CoV-2 infection. To establish the patterns of immunodominanc...

Supplementary data --The mutational landscape of SARS-CoV-2 variants diversifies T cell targets in an HLA supertype-dependent manner

Hamelin, David

September 2021

Supplementary data for the Cell Systems manuscript 'The mutational landscape of SARS-CoV-2 variants ...

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T-cells

Abstract

Extracted data

The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T-cells

Abstract

Extracted data

Related items

Related items