Les micro-organismes auront toujours une mutation d’avance sur les autres

TribuneNational audienceLa biosphère est d’abord un monde de plantes (82% de la biomasse totale) et de microbes (17%). Le reste, c’est un epsilon facultatif : les animaux (dont les mammifères) ne constituent que 4 pour mille de la biomasse terrestre et, parmi eux, l’homme 1 pour dix mille (1). La biosphère, c’est aussi un univers où la vitesse d’évolution n’est pas la même pour tous. Plus de trois millions d’années nous séparent des australopithèques, ce qui correspond à une succession d’environ 160 000 générations. Pour une bactérie, 160 000 générations se suivent en seulement dix ans. L’effectif d’une seule population bactérienne est de nombreux milliards de fois supérieur à celui de la population humaine actuelle. La conséquence est que, par leur nombre et leur vitesse de génération, les possibilités évolutives des micro-organismes, qui comme les autres dépendent de leurs mutations entre deux générations, sont infiniment plus grandes que celles des organismes dits supérieurs. L’émergence des variants successifs du virus responsable du Covid-19, la sélection progressive des plus contagieux en moins d’un an et leurs effets très concrets sont suivis au jour le jour par les médias. Ces variants nous montrent que, dans le monde microbien, l’évolution darwinienne est observable même sur le temps très court, dès lors que le réservoir d’incubation est important. Les micro-organismes auront toujours une mutation d’avance sur les autres.Jamais seul : c’est le titre d’un ouvrage fascinant de Marc-André Selosse, du Muséum national d’histoire naturelle (2). Il montre par des exemples foisonnants en quoi les mutualismes de tous ordres entre les organismes non microbiens et les microbes ont organisé le vivant de la cellule à la biosphère, civilisations incluses. En fait, dans la grande diversité du monde microbien, les microbes pathogènes pour l’homme sont très rares. Tous les microbes, par contre, participent au fonctionnement des écosystèmes (minéralisation de la matière organique, fixation de l’azote, fermentations, etc.) et très nombreux sont nos symbiotes (ceux de notre microbiote intestinal et cutané, ceux qui fabriquent nos aliments : fromages, vins, bière, pain, etc.). La diversité du monde microbien, comme la diversité du vivant en général, est une des composantes indispensables de la résistance et de la résilience des organismes et des écosystèmes aux variations environnementales.Alors, qu’est ce qui dérape ?Richesse d’espèces signifie aussi moindre abondance de chaque espèce, car les ressources d’un écosystème sont finies et limitées. La réduction du nombre d’espèces, et plus généralement de la biodiversité à tous ses niveaux (génétique, des espèces, des écosystèmes, etc.), ce qu’il est convenu d’appeler la sixième extinction (3 et 4) laisse place vide et entraîne de ce fait inévitablement l’augmentation du nombre d’individus d’espèces opportunistes. Cette abondance, génétiquement plus homogène, augmente alors les possibilités de circulation des microbes pathogènes particuliers à ce type d’espèces et, multipliant les rencontres, le captage accidentel de microbes mutants d’autres espèces. De ce fait, depuis le néolithique, réduits souvent à la monoculture d’une seule espèce génétiquement homogène, les agrosystèmes peinent à se préserver des pestes diverses qui obligent à de coûteuses interventions.Il en est de même pour l’humanité. La biomasse des mammifères présents sur terre est constituée à 36% par celle des humains et à 60% par celle de leurs animaux domestiques (ne reste plus que 4% de mammifères sauvages !). L’humanité et ses animaux domestiques comparativement peu diversifiés constituent donc malheureusement, de par leur masse, des capteurs, amplificateurs et incubateurs gigantesques de mutations de microbes opportunistes. Le processus épidémique démarre et est plus fréquent là où se réunissent au moins deux des trois compartiments suivants : des points chauds de biodiversité, des élevages où se concentrent de nombreux animaux domestiques, qui plus est, peu diversifiés, et des populations humaines numériquement importantes qui tirent leurs ressources de ces compartiments.En conséquence, le défi majeur de ce siècle est d’inventer une forme d’éco-société mondiale capable d’être le steward de socio-écosystèmes résistants et résilients, cultivant à toutes les échelles une biodiversité maximale. Partout. Ils hébergeront alors durablement une humanité responsable, alors consciente du mode de fonctionnement du vivant et des limites de la biosphère dont elle tire ses ressources et dont elle fait partie. Sinon… Les autres scénarios, dont la pandémie de Covid-19 ne nous donne qu’un avant-goût léger, sont trop évidemment sombres pour être utilement détaillés ici.(1) «The biomass distribution on Earth», Bar-On, Y. M., Phillips, R. & Milo, R., Pnas 115, 6506 – 6511, 2018.(2) Jamais seul : ces microbes qui construisent les plantes, les animaux et les civilisations, Marc-André Selosse, éd. Actes Sud, 2017.(3) «World Scientists’Warning to Humanity: A Second Notice», Ripple, W. J. et al., BioScience 67, 1026 – 1028, 2017.(4) Communiqué de presse IPBES : «Le dangereux déclin de la nature, un taux d’extinction des espèces “sans précédent“ et qui s’accélère», 2019