Detection of diseases in colonial hens in southern Brazil, over a period of 20 years (2000 to 2019)

Brazilian aviculture is classified as industrial and alternative, according to the production system used. Industrial aviculture consists of an intensive production system, while alternative or colonial poultry farming is based on semi-intensive (industrial free-range chicken) or extensive (backyard chicken) systems. In alternative breeding, poultry are considered more adapted to the free-breeding mode, using little or no installation and low sanitary control, making these animals and the environment in which potential reservoirs and sources of infection live for various pathogens. Thus, the objective of this thesis was to determine the main diseases that occur in poultry reared in alternative systems in southern Brazil. Therefore, four scientific papers were included in this thesis. In the first article, a survey was carried out in the archives of the Laboratório Regional de Diagnóstico of the Faculdade de Veterinária of the Universidade Federal de Pelotas (LRD/FV/UFPel), and the necropsy protocols of domestic chickens (Gallus gallus domesticus) of alternative creations were selected, forwarded from january 2000 to december 2019. Of the 565 materials corresponding to body and organs of domestic chickens, 229 birds came from alternative breeding. Of these, 203/229 (88.64%) cases had a conclusive diagnosis and in 26/229 (11,36%) the diagnosis was inconclusive. This study demonstrated that infectious diseases accounted for 88, 18% (179/203) of diagnoses in colonial hens in LRD/FV/UFPel in the last 20 years. Bacterial causes were the most frequent, with 79 cases (38,92%), followed parasitic diseases with 59 (29.06%) cases, and viral diseases with 29 (14.29%) diagnoses. Among the bacterial diseases, salmonellosis was the most common diagnosis (26/79), with 22/26 cases of fowl typhoid (Salmonella Gallinarum) and 4/26 cases of pullorum disease (S. Pullorum). In the second article, a survey of Salmonella spp. in colonial hens in the municipalities of Pelotas and Piratini, in the state of Rio Grande do Sul. For this study, microbiological and molecular analyzes were performed, of necropsy samples sent to LRD/FV/UFPel and of swabs collected in alternative poultry farms. Of the 12 analyzed necropsy samples and 136 pools collected from colonial hens, 12 positive samples for Salmonella spp. were confirmed by the PCR, 11 of which were confirmed from organ isolates and one from cloacal swabs. In the microbiological analysis of these samples, 10 corresponded to S. Gallinarum and two to S. Pullorum. In the third article an outbreak of aspergillosis in birds of colonial breeding in the southern region of Rio Grande do Sul was described, highlighting the epidemiological and pathological aspects. Finally, in the fourth article, two outbreaks of histomoniasis were reported as a cause of death in birds from colonial farms in the municipalities ofPelotas and Santa Vitória do Palmar, in the state of Rio Grande do Sul. Among all the pathologies discussed in this thesis, the alternative breeding system and inadequate sanitary management, both for poultry and the environment, were considered the main factors related to the occurrence of these diseases.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESA avicultura brasileira é classificada em industrial e alternativa, de acordo com o sistema de produção utilizado. A avicultura industrial consiste em um sistema intensivo de produção, enquanto a avicultura alternativa ou colonial é baseada em sistemas de criação semi-intensivos (galinha caipira industrial) ou extensivos (galinha de fundo de quintal). Nas criações alternativas as aves são consideradas mais adaptadas ao modo de criação livre, utilizando pouca ou nenhuma instalação e baixo controle sanitário, tornando esses animais e o ambiente no qual vivem potenciais reservatórios e fontes de infecção para diversos patógenos. Assim, o objetivo desta tese foi determinar as principais doenças que ocorrem em galinhas domésticas criadas em sistemas alternativos no sul do Brasil. Foram, portanto, incluídos quatro trabalhos científicos nesta tese. No primeiro artigo foi realizado um levantamento nos arquivos do Laboratório Regional de Diagnóstico da Faculdade de Veterinária da Universidade Federal de Pelotas (LRD/FV/UFPel), sendo selecionados os protocolos de necropsia de galinhas domésticas (Gallus gallus domesticus) de criações alternativas, encaminhadas de janeiro de 2000 a dezembro de 2019. Dos 565 materiais correspondentes a cadáveres e órgãos de galinhas domésticas, 229 aves foram oriundas de criações alternativas. Destas, 203/229 (88,64%) casos tinham diagnóstico conclusivo e em 26/229 (11,36%) o diagnóstico foi inconclusivo. Este estudo demonstrou que as doenças infecciosas corresponderam a 88,18% (179/203) dos diagnósticos em galinhas de criação colonial no LRD/FV/UFPel nos últimos 20 anos. As causas bacterianas foram as mais frequentes, com 79 casos (38,92%), seguidas das doenças parasitárias com 59 (29,06%) casos e, doenças virais com 29 (14,29%) diagnósticos. Dentre as doenças bacterianas a salmonelose aviária foi o diagnóstico de maior ocorrência (26/79), com 22/26 casos de tifo aviário (Salmonella Gallinarum) e 4/26 de pulorose (S. Pullorum). No segundo artigo foi realizada uma pesquisa de Salmonella spp. em galinhas de criação colonial nos municípios de Pelotas e Piratini, no estado do Rio Grande do Sul. Foram realizadas análises microbiológicas e moleculares, de amostras de necropsia encaminhadas ao LRD/FV/UFPel e suabes cloacais coletados em criações avícolas alternativas. Das 12 amostras analisadas de necropsia e dos 136 pools coletados de galinhas coloniais, foram confirmadas pela técnica de PCR, 12 amostras positivas para Salmonella spp., sendo 11 confirmadas dos isolados de órgãos e uma dos suabes cloacais. Na análise microbiológica dessas amostras, 10 corresponderam a S. Gallinarum e duas a S. Pullorum. No terceiro artigo descreveuse um surto de aspergilose em aves de criação colonial na região sul do Rio Grandedo Sul, destacando os aspectos epidemiológicos e patológicos dessa patologia. E por fim, no quarto artigo relatou-se a ocorrência de dois surtos de histomoníase como causa de morte em aves oriundas de criações coloniais dos municípios de Pelotas e Santa Vitória do Palmar, no estado do Rio Grande do Sul. Dentre todas as patologias discutidas nesta tese o sistema de criação alternativo e o manejo sanitário inadequado, tanto das aves quanto do ambiente, foram considerados os principais fatores relacionados à ocorrência dessas enfermidades