Studi Penambatan Molekuler dan Prediksi ADMET Senyawa Bioaktif Beberapa Jamu Indonesia terhadap SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro)

The novel coronavirus SARS-CoV-2 continues causing viral respiratory illness, known as Coronavirus Disease-2019 (COVID-19). COVID-19 is considered as the biggest global pandemic disease in 2020 and its antiviral therapies are still lacking worldwide. Current studies are still trying to find potential therapies of the disease, including from natural compounds. Therefore, it is important to acknowledge what the most effective herbs’ compounds can be used against the virus. Jamu is traditional medicine from herbs in Indonesia that possesses some medicinal properties. This research was done to find and explore the potential of Indonesian jamus as novel COVID-19 treatment. 283 bioactive compounds from Indonesian jamus were screened with ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity) predictions and Lipinski’s Rule of Five parameters using ProTox-II and SwissADME. The 12 screened compounds then continued to be tested through molecular docking against SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) using AutoDock Vina. The result of our study showed that Curcuminol D has the lowest binding free energy of -6.9 kcal/mol and Ki (inhibition constant) of 2.99 µM compared to the other screened compounds. However, none of the screened compounds has lower binding free energy than the positive controls’, which valued -8.2 kcal/mol (Lopinavir) and -7.8 kcal/mol (Ritonavir). Despite their unfulfilled parameters, the other 271 compounds might have higher potential than the standard drugs. Therefore, the finding in the present study can be used as a starting point in the drug discovery process from natural compounds for treating COVID-19.Coronavirus jenis baru SARS-CoV-2 terus meyebabkan penyakit pernapasan, yang dikenal dengan Coronavirus Disease-2019 (COVID-19). COVID-19 dianggap sebagai penyakit pademi global terbesar pada tahun 2020 dan terapi antiviral COVID-19 masih kurang di seluruh dunia. Penelitian saat ini masih berusaha untuk menemukan terapi potensial untuk penyakit tersebut, termasuk dari senyawa alami. Oleh karena itu, penting untuk mengetahui senyawa herbal apa yang paling efektif untuk melawan virus tersebut. Jamu merupakan obat tradisional yang berasal dari tumbuhan herbal di Indonesia dan memiliki beberapa khasiat obat. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk menemukan potensi jamu Indonesia dalam terapi COVID-19. Sebanyak 283 senyawa bioaktif dari jamu Indonesia disaring melalui penapisan berdasarkan parameter Lipinski’s Rule of Five dan prediksi ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Eksreksi, dan Toksisitas) menggunakan ProTox-II dan SwissADME. Sebanyak 12 senyawa hasil penapisan kemudian dilanjutkan untuk diuji melalui penambatan molekuler terhadap SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) menggunakan AutoDock Vina. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa Kurkuminol D memiliki energi bebas ikatan (ΔG); sebesar -6,9 kkal/mol; dan konstanta inhibisi (Ki); sebesar 2,99 µM; terendah dibandingkan senyawa hasil penapisan lainnya. Namun, tidak ada senyawa hasil penapisan yang memiliki ΔG lebih rendah daripada ΔG kedua kontrol positif, yaitu sebesar –8,2 kkal/mol (Lopinavir) dan –7,8 kkal/mol (Ritonavir). Walaupun 271 senyawa lain tidak memenuhi syarat dalam penapisan, senyawa tersebut mungkin saja memiliki potensial yang lebih tinggi daripada obat standar. Oleh karena itu, penelitian ini dapat menjadi titik awal dalam proses pengembangan obat terapi COVID-19 dari senyawa alami