G-proteine kenetli reseptörlerin etkileşim bölgelerinin işlemsel olarak 3D modellenmesi

G proteine kenetli reseptör proteinleri (GPKR) integral zar proteinleridir. Bu reseptörler birçok değişik uyarıya karşı hücre içindeki fizyolojik olayları tetikler ve kontrol ederler. İnsanlarda yüzlerce peptit hormon, duyu uyarıları, kokular, ışık, nörotransmitterler, kemokinler, ve benzeri uyarılar GPKRler tarafından tespit edilir ve ikincil mesajlar yolu ile hücre içi uyarılar kontrol edilir. Sayısız önemli biyolojik sistemde rol oynayan GPKRler günümüzde satılan ilaçların yaklaşık %40’inin hedefi durumundadır. GPKRlerin geleneksel olarak tek bir reseptör olarak çalıştıkları, ligand bağlanması sonucu bağlı oldukları heteromerik G proteini aktif hale getirerek ikincil mesajlar yolu ile hücre içi faliyetleri kontrol ettikleri varsayılmıştır. Ancak son zamanlarda yapılan çalışmalar bu reseptörlerin birbirleriyle eşleştikleri ve bu eşleşmenin gerek işlev, gerek hücre içindeki hareketler yönünden önemli olduğunu ortaya koymuştur.Amacımız birbirleri ile etkileşen GPKR proteinlerini işlemsel olarak tahmin edip biyolojik olarak doğrulamaktır. Bu amaç doğrultusunda, daha önce proje ekibi tarafından 3 boyutlu yapıları hesaplamalı yöntemler ile tahmin edilen 16000 üzerindeki GPKRün modelleri kullanılacak ve bu modeler üzerinden etkileşimde önemli olan bölgelerin 3 boyutlu özellikleri tespit edilecektir. Bu özellikler biyolojik yöntemler ile test edilecek ve biyolojik doğrulama sonucunda elde edilecek veriler işlemsel tahmin etme metotlarını iyileştirilmesi için kullanılacaktır