Keragaman Genetik dan Kekerabatan 33 Genotipe Kentang berdasarkan Penanda SSR (Simple Sequence Repeats)

Perakitan varietas baru menjadi salah satu solusi untuk meningkatkan produktivitas kentang. Analisis keragaman genetik menjadi modal dasar untuk merakit varietas unggul baru. Penanda molekuler contohnya SSR (Simple Sequence Repeats) dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik karena berlimpah pada genom, bersifat kodominan, dan lebih akurat dibandingkan penanda morfologi. Penelitian ini bertujuan untuk 1) mengetahui keragaman genetik antar 29 genotipe kentang yang telah dikenal di Indonesia dan 4 klon introduksi yang berasal dari Amerika Serikat berdasarkan penanda SSR; 2) mengetahui hubungan kekerabatan antar 29 genotipe kentang yang telah dikenal di Indonesia dan 4 klon introduksi yang berasal dari Amerika Serikat berdasarkan penanda SSR; dan 3) memvalidasi 12 penanda SSR hasil pengembangan PGPI (Pusat Genom Pertanian Indonesia) dalam mengestimasi keragaman genetik dan kekerabatan kentang. Penelitian dilaksanakan di Balai Penelitian Tanaman Sayur (Balitsa), Lembang, Kabupaten Bandung Barat dan Laboratorium Biologi Molekuler Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen), Bogor pada bulan September 2020 hingga November 2020. Daun tanaman kentang diambil dan dikoleksi untuk diisolasi DNAnya. DNA kentang diisolasi dengan metode Doyle dan Doyle (1990). DNA kentang diamplifikasi menggunakan 12 penanda SSR. Pita DNA diskoring secara biner. Data biner dari penanda SSR dianalisis nilai Polymorphism Information Content (PIC), jumlah alel, frekuensi alel, diversitas gen, dan heterozigositas dengan perangkat PowerMaker. Filogenetik dianalisis menggunakan perangkat NTSYS 2.1. Principal Coordinates Analysis (PCoA) dianalisis menggunakan perangkat XLSTAT Trial 2020. Analisis molekuler menggunakan penanda SSR menunjukkan bahwa sebanyak 136 alel jumlah alel dideteksi. Rata-rata jumlah alel per lokus 12,8 (berkisar 6-22 alel per lokus). Rata-rata frekuensi alel utama 0,28 (berkisar 0,16-0,52). Rata-rata diversitas gen 0,82 dengan rentang 0,69-0,92. Heterozigositas yang diobservasi berkisar 0,03-0,97 dengan rata-rata 0,43. Seluruh penanda SSR memiliki nilai PIC > 0,5 dengan rata-rata nilai PIC 0,80 (rentang 0,66-0,92) yang menunjukkan bahwa penanda tersebut sangat informatif untuk mengestimasi keragaman genetik dan kekerabatan genotipe kentang. Hasil analisis filogenetik menunjukan tiga klaster utama pada koefisien kesamaan genetik sebesar 0,76, sedangkan analisis PCoA menunjukkan bahwa klon introduksi asal Amerika Serikat memisah dari genotipe lainnya. Genotipe Cipanas dan Papita Agrihorti potensial untuk digunakan sebagai tetua persilangan dalam pemuliaan kentang di Indonesia