Identifikasi Isolat Aktinomisetes Tanah Perakaran Mangrove Segara Anakan Cilacap berdasarkan atas Gen 16S rRNA

Aktinomisetes adalah bakteri Gram positif berfilamen, berbentuk batang, bersifat aerobik atau fakultatif anaerob dengan siklus hidup kompleks dan termasuk ke dalam filum Actinobacteria.Aktinomisetes dikenal karena kemampuannya dalam mensintesis senyawa metabolit sekunder yang dapat bermanfaat sebagai antibiotik, imunosupresan, herbisida, fungisida, insektisida dan antiparasit.Aktinomisetes terdistribusi secara luas pada ekosistem terestrial dan perairan, terutama di tanah.Aktinomisetes dari daerah perakaran mangrove Segara Anakan, Cilacap yaitu isolat B2SCN4, B2SCN11, SA25, E40FS, dan C45.3 diketahui mampu menghasilkan aktivitasantibakteri dan antijamur. Isolat aktinomisetes sudah diidentifikasi berdasarkan morfologinya, namun belum cukup parameter untuk menentukan spesiesnya, sehingga perlu dilakukan identifikasi berdasarkan analisis sekuen gen 16S rRNAnya. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan identifikasi isolat Aktinomisetes asal tanah perakaran mangrove Segara Anakan, Cilacap berdasarkan sekuen gen 16S rRNA. Penelitian ini dilaksanakan menggunakan metode survey dengan analisis deskriptif. Parameter yang diamati meliputi parameter utama dan parameter pendukung. Parameter utama dalam penelitian ini adalah nilai similaritasurutan nukleotida gen 16S rRNA. Parameter pendukung adalah ukuran pita sekuen gen 16S rRNA dan karakter makromorfologi serta mikromorfologi. Hasil yang diperoleh kemudian dianalisis secara deskriptif dengan program BLAST pada website NCBI. Hasil penelitian yang diperoleh menunjukkan bahwa isolat aktinomisetes B2SCN4 memiliki nilai similaritas 99% dengan Streptomyces sp. strain nenu DS 11, B2SCN11 memiliki nilai similaritas 92% dengan Streptomyces flavoridis strain WK1, SA25 memiliki nilai similaritas 82% dengan Microbacterium oxydans strain FLV-27, E40FS memiliki nilai similaritas 95% dengan Streptomyces olivaceus strain T051, dan C45.3 memiliki nilai similaritas 97% dengan Streptomyces sp. N56(2010)