PCR-menetelmien verifiointi Salmonella spp:n ja Listeria monocytogeneksen analysoimiseen

Elintarvikepatogeenit ovat ruokamyrkytyksiä aiheuttavia mikrobeja. Niistä melko yleisiä ovat salmonellat ja listeriat. Suomessa seurataan salmonellan esiintymistä elintarviketeollisuudessa ja sille on määrätty tietyt näytteenottotiheydet teurastamoissa ja lihanleikkaamoissa. Näytteenottotiheydet perustuvat lainsäädäntöön. Listerian seurantanäytteet perustuvat elintarvikelaitosten omiin omavalvontasuunnitelmiin. Salmonellan ja Listeria monocytogeneksen esiintyminen elintarviketeollisuudessa on yleensä osoitus huonosta hygieniasta. Tämän opinnäytetyön tavoitteena oli verifioida GENE UP® Salmonella (SLM2) ja GENE UP® L. monocytogenes (LMO2) -PCR-menetelmät Salmonella spp:n ja Listeria monocytogeneksen, kvalitatiiviseen analysoimiseen Atria Suomi Oy:n Nurmon laboratoriossa. GENE-UP® -PCR-menetelmät ovat reaaliaikaiseen DNA:n monistamiseen ja tunnistamiseen perustuvia menetelmiä, jotka on validoitu referenssimenetelmiä (EN-ISO 6579 Salmonella spp. ja EN ISO 11290-1 L. monocytogenes) vasten eri elintarvikkeille ja tuotantoympäristönäytteille. Menetelmien verifiointiin valittiin sellaiset matriisit eli näytteet, joita rutiinistikin tutkitaan laboratoriossa salmonellan ja listerian varalta huomioiden verifioinnin vaatimukset matriisien suhteen. Verifiointiin käytettiin sekä luonnollisia että siirrostettuja näytteitä. Osana verifiointia analysoitiin runsaasti näytteitä rinnakkain laboratoriossa käytössä olevien menetelmien kanssa, jotta saatiin harjoitusta tarkkaan PCR-työskentelyyn. Verifiointi tehtiin menettelyohjeen NMKL 32 Verification of microbiological methods ja osittain standardin ISO/DIS 16140-3 Microbiology of the food chain – Method validation – Part 3: Protocol for the verification of reference and validated alternative implemented in a single laboratory mukaan. Verifioinnissa määritettiin PCR-menetelmille LOD50 -arvot eri matriiseille. LOD50 -arvo on luku, joka kuvaa menetelmän määritysrajaa. Verifioinnin toisena tarkoituksena oli saada PCR-menetelmille akkreditointi, koska laboratorio analysoi lakisääteisiä näytteitä. Suomessa laboratorioiden pätevyyden arvioi FINAS-akkreditointipalvelu. FINASin akkreditointipäätöksen jälkeen GENE-UP® -PCR-menetelmät Salmonella spp:n ja Listeria monocytogeneksen analysointiin otettiin käyttöön Atria Suomen Nurmon laboratoriossa syksyllä 2020