DETERMINATION OF ENTEROCOCCUS SPECIES AND ANTIBIOTIC RESISTANCE IN BUDGERIGARS

Amaç: Bu çalışmada sağlıklı muhabbet kuşlarının rektal örneklerinde enterokokların varlığı, yaygınlığı ve tür dağılımı ile bu türlerin antibiyotiklere duyarlılıkların incelenerek bölgemizdeki direnç profilinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırmada muhabbet kuşlarından toplananmış olan 100 adet kloakal svab örneği kullanılmıştır. Alınan svab örnekleri soğuk zincir altında Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı rutin teşhis laboratuvarına getirildi. Örneklerden önce önzenginleştirme işlemine tabi tutuldular. Daha sonra klasik yöntemler ile elde edilen enterokok şüpheli izolatların identifikasyonları, tür dağılımları ve antibiyotik dirençlilikleri otomatize identifikasyon sistemi yardımı ile saptandı. Bulgular: Çalışma sonuçlarında %29 [22 (%75.86) E. faecalis, 2 (%6.90) E. faecium, 2 (%6.90) E. hirae, 2 (%6.90) E. casseliflavus/gallinarum ve 1 S. uberis (%3.44)] oranında enterokok varlığı tespit edilmiştir. İzolatlar; amoksisilin klavunat (%96.4), ampisilin (%100), siproflaksasin (%54.2), levoflaksasin (%60.9), gentamisin (syn) (%82.1), streptomisin (syn) (%28.6), tigesiklin (%80 ), vankomisin (%89.3), teikoplanin (%96.4), linezolide (%96.4) ve nitrofurontion’a (%100) oranlarında duyarlı, sefositin, amikasin, gentamisin, tobramisin, klindamisin, eritromisin, TMP-SXT, fusidik asid ve quinopuristin-dalfopuristine karşı ise %100 direnç göstermişlerdir. Sonuç: Araştırmada zoonoz özelliği açısından oldukça önemli olan entrokok türlerinin sağlıklı muhabbet kuşlarındaki varlığı ortaya konmuştur. Ayrıca çalışmalarda rastlanan farklı antibiyotik dirençlilik tipleri de bu tip enfeksiyonlarda antibiyotik duyarlılık testlerinin mutlaka yapılması gerekliliğini de ortaya koymaktadır. Bununla birlikte muhabbet kuşlarında olabilecek nozokomiyal ve/veya gastrointestinal enfeksiyonlarda tedavide hangi antibiyotiklerin kullanılmasının etkili olacağını ortaya koymuştur.Bu tez Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından VTF-19023 proje numarası ile desteklenmiştir.İÇİNDEKİLER KABUL VE ONAY …………...………………………..………………….………… i TEŞEKKÜR …………………………………………………………….…………… ii İÇİNDEKİLER ..…………………………………………….………...……….….…. iii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ …..…………………….…………….…. vi ŞEKİLLER DİZİNİ ….………….…………………………...……………….……… vii RESİMLER DİZİNİ ….………….…………………………...……………………… viii TABLOLAR DİZİNİ ….………….…………………………...…………………….. ix ÖZET ………………………………………………………………………………… x ABSTRACT ………………………………………………………………….………. xi 1. GİRİŞ …………………….…………………...………………………….…….….. 1 2. GENEL BİLGİLER ……………………..…………………………………....…… 2 2.1. Tarihçe…......................………………………………………………………..… 2 2.2. Morfoloji ve Üreme Özellikleri.……….….……………………………………... 3 2.3. Sınıflandırma…………………...……….………………………………….……. 5 2.4. Enterokok Grupları.……........................….………….....…………………….…. 5 2.5. Bazı Enterokok Türlerinin Özellikleri …………………..….…………................ 7 2.6. Epidemiyoloji ………………….…………………………………..…………... 8 2.7. Patogenez ……………………………………….……..………………………… 10 2.8. Virulans Faktörler ……………………………………..…………………...…… 11 2.8.1. Sitolizin ………………………….………………….……………………….... 11 2.8.2. Agregasyon Faktörü …………………..…...…………………….………….… 12 2.8.3. Enterokokal yüzey proteini (Esp Geni)……………....…..…………………..... 12 2.8.4. Jelatinaz …………………………..….........….…………………………...…... 13 2.8.5. Kollajen Bağlayıcı Adezin (MSCRAMM Ace)………..…………….………… 13 2.8.6. Ekstraselüler Süperoksit ………………………………………….………….... 13 2.8.7. Kapsüler Polisakkarit ve Hücre Duvarı Karbonhidratı ……………….……….. 14 2.8.8. Moleküler Tanı Yöntemleri …………………………………………………… 14 2.8.9. Enterokokların Antibiyotik Direnci..…………………………...…...…………. 14 2.8.9.1. Beta-Laktam Direnci …………...….………………………………………… 17 2.8.9.1.1. Ampisilin direnci ..………………………………………………………… 17 2.8.9.2. Aminoglikozit Direnci ………………………………………………….….... 18 2.8.9.2.1. Streptomisin ve Gentamisine Karşı Yüksek Düzeyde Direnç …………….. 19 2.8.9.3. Trimetoprim-Sülfametoksazol ve Klindamisin Direnci.…………..………… 19 2.8.9.4. Vankomisin Direnci ……………………………………………....………… 20 2.8.9.4.1. Vankomisine Düşük Seviyeli Direnç …………….……….…….………… 20 2.8.9.4.2. Vankomisine Yüksek Düzeyde Direnç ……………...…….…….………… 20 2.8.9.4.3. Vankomisine karşı yüksek düzeyde direnç mekanizması …………......…... 21 2.8.9.4.3.1. VanA fenotipi ………...……...….…………………………………..…... 22 2.8.9.4.3.2. VanB fenotipi …...……...….…………………………..…………....…... 23 2.8.9.4.3.3. VanC fenotipi.……...….……………………………….…………....…... 23 2.8.9.4.3.4. VanD fenotipi ….…………………………………………………....…... 24 2.8.9.5. Linezolid Direnci ……...….…………………………………..………....…... 24 2.8.9.6. Daptomisin Direnci …..….…………………...……...….……………....…... 25 2.9. Enterokok Enfeksiyonlarının Antibiyotik Tedavisi …………………………….. 26 3. GEREÇ VE YÖNTEM……………………………...……...….……………....…... 29 3.1. Gereç……………………………………….……...……...….……………....…... 29 3.1.1. Hayvan Materyali..……………………………...……...….……………....…... 29 3.1.2. Kullanılan Besi yerleri ve kimyasal maddeler …...……...….……………….... 29 3.1.3. Kullanılan Cihazlar...………………...……...……………..……………....…... 32 3.1.4. Otomatize identifikasyon ve antibiyotik duyarlılık sistemi...…………….……. 32 3.2. Yöntem……………………………………..……...……...….……………....…... 33 3.2.1. Örneklerin Alınması …...….……………………………………………....…... 33 3.2.2. İzolasyon Çalışmaları ….………………………………………….……....…... 33 3.2.2.1. Besi yerleri ……………...……...….……………………………….…....…... 33 3.2.2.2. Enterokokların İzolasyon ve İdentifikasyonu ……...……........................…... 33 3.2.3. Antibiyotik Dirençlilik Çalışmaları ……........................….……………....…... 35 4. BULGULAR………………………………………...……...….……………....…... 37 5. TARTIŞMA …………...……….…………………...……...….……………....…... 40 6. SONUÇ VE ÖNERİLER …………...……….…………………...…………....…... 45 KAYNAKLAR ………………………………………………………...…………….. 46 BİLİMSEL ETİK BEYANI ………………………………………………………….. 63 ÖZ GEÇMİŞ …………………………………………...…………………………….. 6