Genetic Group Animal Models in the Genomics Era

Denne masteroppgaven tar for seg bruk av dyremodeller med genetiske grupper i studier der vi ser på villdyr-populasjoner. Dyremodellen er en generalisert lineær blandet modell som lar oss undersøke genetiske parametere i en populasjon, for eksempel additiv genetisk varians. Ved hjelp av genetiske grupper kan dyremodellen brukes til å granske disse parametrene i delpopulasjoner som har ulik genetisk struktur. Tradisjonelt sett har dyremodellen basert seg på stamtavledata, men i nyere tid har bruk av genomdata blitt mer vanlig. Hovedfokuset i denne masteroppgaven er en utvidelse av en dyremodell med genombaserte genetiske grupper, som lar oss bruke modellen i ville populasjoner. Utvidelsen vår bygger på gametisk fasing, noe som lar oss inkludere heterozygote genetiske markører, og på en videreutvikling av det matematiske rammeverket, noe som lar oss bruke et villkårlig antall genetiske grupper. Vi setter den genombaserte modellen i kontrast med tradisjonelle stamtavlebaserte dyremodeller og genetiske grupper, som vi også beskriver i detalj. Som et eksempel anvender vi den utvidete genombaserte dyremodellen med genetiske grupper på data fra en metapopulasjon av gråspurver som befinner seg på en øygruppe i Nord-Norge. Til sammenligning anvender vi også en tilsvarende stamtalvebasert modell på det samme datasettet. Begge modellene bruker et bayesiansk rammeverk. A posteriorifordelingene til modellparametrene fra den genombaserte modellen samsvarer i hovedsak med de tilsvarende fordelingene fra den stamtavlebaserte modellen. Vi ser noen mindre uenigheter mellom de to modellene, men disse er typiske når man sammenligner stamtavlebaserte og genombaserte dyremodeller