Konfirmasi Toleransi Galur-galur Padi terhadap Cekaman Kekeringan secara Molekuler

Phenotypic selection, especially for abiotic stresses, is often challenging. Molecular selection activities are needed to identify at the molecular level that a tolerant trait is genotypically proven. This study aimed at confirming the drought tolerance of rice lines using SSR markers RM164, RM228, RM248, dan RM328. The study was conducted at the LIPI Biotechnology Laboratory at Cibinong, Bogor, Indonesia from November to December 2017, using the polymerase chain reaction (PCR) technique. The results showed that the RM228 marker was associated with the character of leaf rolling scores, panicle length, number of tillers, number of filled grains per panicle, and productivity. This marker is therefore potential to be used for drought tolerance selection. Seven of the ten lines that indicated as tolerant at generative phase drought stress based on artificial screening, were confirmed molecularly, which were in the same group with the tolerant check ‘Limboto’. The seven lines were B13983E-KA-12-2, B13507E-MR-19, B14366E-KY-50, BP20452e-PWK-0-SKI-1-1, BP20452e-PWK-0-SKI-2-4, BP20452e-PWK-0-SKI-3-3, and BP29790d-PWK-3-SKI-1-5. Keywords: drought tolerant, marker, polymerase chain reactionSeleksi secara fenotipik, terutama terhadap cekaman abiotik, seringkali sulit dilakukan. Kegiatan seleksi secara molekuler diperlukan untuk mengidentifikasi hingga taraf molekuler bahwa suatu sifat toleran terbukti secara genotipik. Tujuan dari penelitian ini ialah untuk mengkonfirmasi sifat toleransi kekeringan galur-galur padi secara molekuler menggunakan marka SSR RM164, RM228, RM248, dan RM328. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi LIPI, Cibinong pada bulan November hingga Desember 2017, menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR). Hasil penelitian menunjukkan bahwa marka RM228 terkait dengan karakter skor menggulung, panjang malai, tinggi tanaman dan umur berbunga, sedangkan RM328 terkait dengan panjang malai, jumlah anakan, jumlah gabah isi per malai, dan produktivitas. Marka tersebut diduga dapat digunakan untuk seleksi toleransi kekeringan. Tujuh dari sepuluh galur yang terindikasi toleran terhadap cekaman kekeringan fase generatif berdasarkan skrining secara artifisial terkonfirmasi secara molekuler berada dalam satu kelompok dengan varietas pembanding toleran ‘Limboto’. Ketujuh galur tersebut ialah B13983E-KA-12-2, B13507E-MR-19, B14366E-KY-50, BP20452e-PWK-0-SKI-1-1, BP20452e-PWK-0-SKI-2-4, BP20452e-PWK-0-SKI-3-3, dan BP29790d-PWK-3-SKI-1-5. Kata kunci: marka, toleransi kekeringan, polymerase chain reactio