Etude de la variabilite moleculaire d’un begomovirus, ACMV, du manioc (Manihot esculenta crantz) au Togo

Plusieurs Begomovirus responsables de la maladie de la mosaïque du manioc (CMD (Cassava mosaic disease)) ont été rapportées en Afrique. Au Togo, les résultats d’une première étude épidémiologique menée sur la variabilité biologique et sérologique des Begomovirus du manioc ont indiquée que, ACMV (African cassava mosaic virus) est le Begomovirus prédominant avec 74% des échantillons analysés. Ce présent travail, qui, est une suite des premiers résultats qui ont révélé une variabilité biologique des isolats ACMV identifiés, a pour objectif de mettre en évidence la variabilité moléculaire des isolats de ACMV au Togo. Pour ce faire, des produits de PCR obtenus à partir d’amorces spécifiques en se basant sur les gènes de la CP, ont été soumis au séquençage direct. Les séquences obtenues ont été soumises à l’analyse phylogénétique utilisant l'option des clusters d'alignement multiple de séquences et la méthode de parcimonie cladistique. Les résultats obtenus de l’analyse phylogénétique, ont indiqué que les isolats de ACMV qui infectent le manioc au Togo, comparés aux isolats de GenBank, sont spécifiques au Togo, et qu’il y a beaucoup de groupes (clusters) et sous-groupes (sous clusters) qui restent à déterminer. Et d’autre part, ces groupes ne sont pas spécifiques à une zone agroecologique donnée. Ces résultats permettent de dire que la variabilité des isolats de ACMV jouerait un rôle important dans le nouveau développement de la maladie de CMD au Togo et c’est un paramètre à prendre en compte dans la recherche de cultivars résistants ou tolérants à cette maladie.Mots clés : Begomovirus, manioc, phylogénétique, Togo, variabilité moléculaire