Fish communities in the Amazon basin : aquatic habitats, diversity gradients, drivers and processes involved, and conservation options

La biodiversité aquatique du bassin versant de l'Amazone, le plus grand système fluvial au monde et le plus diversifié en espèces, reste encore relativement mal répertoriée malgré toute l'attention que le bassin suscite au niveau de la communauté scientifique internationale. La répartition spatiale des espèces dans le bassin, et notamment celle des poissons d'eau douce, reste encore assez peu documentée, très parcellaire et dispersée entre les pays et institutions, associée à une taxonomie parfois confuse. Il en va de même pour la distribution des habitats aquatiques et des formes fluviales associées à l'échelle de l'ensemble du bassin, la dimension de celui-ci limitant l'acquisition de données de terrain. Améliorer la connaissance sur la répartition de la biodiversité et des habitats aquatiques dans le bassin versant de l'Amazone est pourtant une étape cruciale afin de pouvoir appréhender les facteurs et processus à l'origine de la diversification des espèces, identifier les zones à protéger prioritairement (hotspots de biodiversité) et mieux évaluer la vulnérabilité des espèces face aux changements globaux. Ce travail de thèse découle de l'ensemble de ces constats et vise à réduire les lacunes importantes de connaissances soulevées.The aquatic biodiversity of the Amazon basin, the largest and most species rich river basin on Earth, is still relatively poorly documented despite all the attention received from the international scientific community. Knowledge about the spatial distribution of species, and in particular of freshwater fishes, is very fragmented and dispersed between countries and institutions. The distribution of river forms has been also poorly explored at the scale of the entire basin, its continental dimension limiting the acquisition of field data. Improving the knowledge on the distribution of biodiversity and aquatic habitats in the basin is however a crucial step to better understand the factors and processes behind species diversification, identify priority areas for conservation (biodiversity hotspots) and assess the species vulnerability to global changes. This thesis work aims to reduce these significant knowledge gaps