Évolution de la résistance aux herbicides chez l’Ambroisie (Ambrosia artemisiifolia) : recherche des déterminismes génétiques et application au diagnostic moléculaire

National audienceL’ambroisie à feuilles d’armoise impacte à la fois la production agricole (plante adventice) etla santé publique (pollen allergisant et allergénique). Les inhibiteurs de l’acétolactate synthase(ALS), une famille d’herbicides, représentent aujourd’hui le levier le plus efficace pour lacontrôler. Cependant, des résistances à ces herbicides ont été identifiées chez l’ambroisie,entrainant des échecs de traitements. Les données disponibles montrent la présence derésistance liée à la cible (RLC, mutations structurales de l’ALS), mais l’essentiel de larésistance est lié à des mécanismes non liés à la cible (RNLC, modifications de la régulation oudes effecteurs du métabolisme secondaire). L’objectif de cette thèse est d’identifier lesdéterminismes génétiques de la RNLC afin de permettre son diagnostic par séquençage hautdébit. L’identification des gènes impliqués dans la RNLC a été conduite par une approchetranscriptomique (RNASeq), sous l’hypothèse d’une différence d’expression de ces gènes entreplantes résistantes et sensibles. Une centaine de gènes candidats ont ainsi été identifiés. Lavalidation des différences d’expression sur un échantillonnage conséquent de plantes a étéévaluée par qPCR Fluidigm et a permis de valider une dizaine de gènes. Ces derniersappartiennent à des familles de gènes cohérentes avec que le fait que la NTSR fasse appel à desvoies de détoxification des herbicides (cytochromes 450, estérases). Les mutations quiprovoquent des différences dans l'expression de ces gènes restent à identifier afin de pouvoirmettre en place des tests de diagnostic de séquençage à haut débit pour surveiller la résistanceaux herbicides chez l’ambroisie