L’holobionte vigne, un levier biologique pour lutter contre les dépérissements ?

National audienceLe concept d’organisme pluricellulaire isolé montre actuellement ses limites. En effet, unorganisme interagit avec différentes communautés microbiennes (constituant son microbiote)qui modulent ses propriétés, telles que sa physiologie (ex. réponse à une attaque pathogène).L’association hôte-microorganismes définit un holobionte, dont le fonctionnement est influencépar la dynamique spatio-temporelle de leurs interactions. Ainsi, un dysfonctionnement del’holobionte vigne (par exemple lié à des pratiques culturales inadaptées ou aux changementsclimatiques) pourrait entraîner le développement de maladies ou de désordres physiologiques,sources de dépérissements, de la même manière que l’altération du microbiote observée danscertaines maladies humaines (ex. maladies coeliaques). L’analyse des communautés demicroorganismes associées à un végétal a été jusque récemment limitée, car la plupart desmicroorganismes n’est pas isolable et cultivable in vitro. De nouvelles techniques (nommées -omics) permettent dorénavant de définir les caractéristiques taxonomiques et fonctionnelles (ex.génome, métabolome et protéome) du microbiote total (bactéries/champignons cultivables ounon) associé à une plante. Dans le cadre du projet Holoviti, nous cherchons à caractériser lerôle des microbiotes dans l’homéostasie de la vigne en comparant l’holobionte de ceps sains etaffectés par un dépérissement (Esca, court-noué ou lié au 161-49C). L’un de nos objectifs estde définir des bio-indicateurs taxonomiques et fonctionnels (végétaux et microbiens) de l’étatsanitaire de l’hôte. À terme, la « manipulation » de la composante microbienne de l’holobiontepourrait permettre d’améliorer les services écosystémiques qu’il remplit, comme la résistanceà des agents pathogènes ou à des stress abiotiques