Segmentation et classification des signaux non-stationnaires : application au traitement des sons cardiaque et à l'aide au diagnostic

This thesis in the field of biomedical signal processing, applied to the heart sounds, aims to develop an automated and intelligent module, allowing medical doctors to have an additional source of information than the traditional stethoscope. A first step in the analysis of heart sounds is the segmentation process. The heart sounds segmentation process segments the PCG (PhonoCardioGram) signal into four parts: S1 (first heart sound), systole, S2 (second heart sound) and diastole. It can be considered one of the most important phases in the auto-analysis of PCG signals. The proposed segmentation module in this thesis can be divided into three main blocks: localization of heart sounds, boundaries detection of the localized heart sounds and classification block to distinguish between S1and S2. Several methods of heart sound localization exist in the literature. A comparative study between the most relevant methods is performed and two new localization methods of heart sounds are proposed in this study. Both of them are based on the S-transform, the first method uses Radial Basis Functions (RBF) neural network to extract the envelope of the heart sound signal after a feature extraction process that operates on the S-matrix. The second method named SSE calculates the Shannon Energy of the local spectrum calculated by the S-transform for each sample of the heart sound signal. The second block contains a novel approach for the boundaries detection of S1 and S2 (onset & ending). The energy concentrations of the S-transform of localized sounds are optimized by using a window width optimization algorithm. Then the SSE envelope is recalculated and a local adaptive threshold is applied to refine the estimated boundaries. For the classification block, most of the existing methods in the literature use the systole and diastole duration (systole regularity) as a criterion to discriminate between S1 and S2. These methods do not perform well for all types of heart sounds, especially in the presence of high heart rate or in the presence of arrhythmic pathologies. To deal with this problem, two feature extraction methods based on Singular Value Decomposition (SVD) technique are examined. The first method uses the S-Transform and the second method uses the Intrinsic Mode Functions (IMF) calculated by the Empirical Mode Decomposition (EMD) technique. The features are applied to a KNN classifier to estimate the performance of each feature extraction method. Nonlinear features are also tested in order to classify the normal and pathological heart sounds in the presence of systolic murmurs. Processing and recognition signal processing tools based on morphological, time-frequency and nonlinear signal features, were explored in this thesis in order to propose an auto-diagnosis module, robust against noise and applicable in clinical conditions.Cette thèse dans le domaine du traitement des signaux non-stationnaires, appliqué aux bruits du cœur mesurés avec un stéthoscope numérique, vise à concevoir un outil automatisé et « intelligent », permettant aux médecins de disposer d’une source d’information supplémentaire à celle du stéthoscope traditionnel. Une première étape dans l’analyse des signaux du cœur, consiste à localiser le premier et le deuxième son cardiaque (S1 et S2) afin de le segmenter en quatre parties : S1, systole, S2 et diastole. Plusieurs méthodes de localisation des sons cardiaques existent déjà dans la littérature. Une étude comparative entre les méthodes les plus pertinentes est réalisée et deux nouvelles méthodes basées sur la transformation temps-fréquence de Stockwell sont proposées. La première méthode, nommée SRBF, utilise des descripteurs issus du domaine temps-fréquence comme vecteur d’entré au réseau de neurones RBF qui génère l’enveloppe d’amplitude du signal cardiaque, la deuxième méthode, nommée SSE, calcule l’énergie de Shannon du spectre local obtenu par la transformée en S. Ensuite, une phase de détection des extrémités (onset, ending) est nécessaire. Une méthode d’extraction des signaux S1 et S2, basée sur la transformée en S optimisée, est discutée et comparée avec les différentes approches qui existent dans la littérature. Concernant la classification des signaux cardiaques, les méthodes décrites dans la littérature pour classifier S1 et S2, se basent sur des critères temporels (durée de systole et diastole) qui ne seront plus valables dans plusieurs cas pathologiques comme par exemple la tachycardie sévère. Un nouveau descripteur issu du domaine temps-fréquence est évalué et validé pour discriminer S1 de S2. Ensuite, une nouvelle méthode de génération des attributs, basée sur la décomposition modale empirique (EMD) est proposée.Des descripteurs non-linéaires sont également testés, dans le but de classifier des sons cardiaques normaux et sons pathologiques en présence des souffles systoliques. Des outils de traitement et de reconnaissance des signaux non-stationnaires basés sur des caractéristiques morphologique, temps-fréquences et non linéaire du signal, ont été explorés au cours de ce projet de thèse afin de proposer un module d’aide au diagnostic, qui ne nécessite pas d’information à priori sur le sujet traité, robuste vis à vis du bruit et applicable dans des conditions cliniques