Staphylococcus xylosus : cartographie du génome et diversité génétique

Staphylococcus xylosus is a ubiquitous bacterium, and a commensal of the human and animals' cutaneo-mucosa. It is one of the principal starters used in fermented meat industry. Its technological properties were well-known but few genetic data on this species were available. We established the first physical and genetic map of the S. xylosus C2a strain. This map allowed estimating the chromosome size (2.89 Mb) and gave first indication of the S. xylosus chromosome organization. Within this species we showed that there was a great diversity, at once phenotypic (sugar metabolism, giant colony formation) and genotypic (genomic profiles, size of the chromosome). Following subtractive hybridization, we studied the genetic content diversity of strains from various origins. The genome of the S. xylosus C2a strain was subtracted from those of a starter strain and two strains isolated from opportunist infections. A total of 78 kb of DNA sequences were identified, the majority corresponding to metabolic genes. The distribution of strain-specific fragments within the S. xylosus species revealed two clusters. One was composed of the potentially hazardous strains. These fragments could be used in epidemiologic studies. A majority of strainspecific fragments was colocalized on the oriC region of S. xylosus chromosomes. This region corresponded to an insertion loop which allowed the acquisition of important genetic material necessary for S. xylosus fitness to various ecological niches. Sequencing this area in various strains should provide a better understanding of the S. xylosus genome plasticity.Staphylococcus xylosus est une bactérie ubiquitaire, commensale de la peau et des muqueuses de l'homme et des animaux. C'est un des principaux ferments utilisé en salaison. Ses propriétés technologiques étaient bien connues mais peu de données génétiques sur cette espèce étaient disponibles. Nous avons établi la première carte physique et génétique de la souche modèle S. xylosus C2a. Cette carte nous a permis d'avoir une estimation de la taille (2,89 Mb) et de l'organisation globale d'un chromosome de S. xylosus. Au sein de cette espèce, nous avons montré qu'il existait une grande diversité, tant au niveau des caractères phénotypiques (métabolisme des sucres, formation de colonies géantes) que génotypiques (profils génomiques, taille du chromosome). Nous avons étudié, par hybridation soustractive, la diversité du contenu génétique de souches de diverses origines. Le génome de la souche C2a a été soustrait à ceux d'un ferment et de deux souches isolées d'infections opportunistes. Au total, 78 kb de séquences d'ADN ont été identifiés, la majorité correspondant à des gènes du métabolisme. La distribution de ces fragments souchesspécifiques au sein de l'espèce S. xylosus révèle deux groupes dont un composé des souches présentant un risque potentiel. Ces fragments pourraient être utilisés dans des études épidémiologiques. La région de l'oriC est une zone d'insertion privilégiée de ces fragments sur les chromosomes de S. xylosus. Elle permet l'acquisition de matériel génétique important pour son adaptation à différentes niches écologiques. Le séquençage de cette zone chez différentes souches permettra d'évaluer la plasticité des génomes de S. xylosus