Analyse d'oligonucléotides par bombardement d'électrons rapides

This work aims to study oligonucleotides and mononucleotides by new fragmentation techniques such as EDD (electron-detachment-dissociation) and EID (electron-induced-dissociation) involving electron bombardment. The samples are first ionized by an electrospray source (ESI), which allows a soft ionization. During my PhD, I have been interested in the study of smaller oligonucleotides (DNA and RNA single strands) and mononucleotides by EDD and EID. First the different parameters have been optimized in order to obtain by ESI multicharged species to study the EDD process of oligonucleotides with different charge states. These spectra are compared with SORI-CID spectra (Collision-Induced-Dissociation) and IRMPD (Infrared Multiphoton-Dissociation-) to highlight the specificities of the EDD and EID. Compared to SORI-CID, EDD and EID spectra show some fragment ions, which are not observed in the SORI-CID and IRMPD spectra because they do not lead to radical ions. Thanks to the radical fragment ions obtained by EDD and EID, we were able to access the sequencing oligonucleotides rich in thymine for which it is difficult to obtain information by conventional methods. Finally we used special techniques of ICR technology which will be presented in this manuscriptL'objectif de ma thèse est d'étudier des oligonucléotides et mononucléotides par de nouvelles techniques de fragmentation comme l'EDD (Electron-Detachment-Dissociation) et l'EID (Electron-Induced-Dissociation) qui font intervenir un bombardement d'électrons. Les échantillons sont d'abord ionisés par une source electrospray (ESI) qui permet une ionisation douce. Au cours de mon travail de thèse, je me suis intéressé à l'étude de petits oligonucléotides (ADN et ARN simples brins) et de mononucléotides par EDD et EID. Tout d'abord nous optimisons les différents paramètres qui ont permis d'obtenir en ESI les espèces multichargées pour étudier les processus EDD, EID d'oligonucléotides à des états de charge différents, afin d'obtenir le maximum d'ions fragments. Ces spectres seront comparés avec les spectres SORI-CID (Collision-Induced-Dissociation) et IRMPD (Infrared-Multiphoton-Dissociation) pour mettre en évidence les spécificités de l'EDD et EID par rapport au SORI-CID. Les spectres EDD et EID montrent quelques ions fragments qui ne sont pas observés dans les spectres SORI-CID et IRMPD parce que ces derniers ne conduisent pas aux ions radicalaires. Grâce aux ions fragments radicalaires obtenus en EDD et en EID, nous avons pu accéder au séquençage d'oligonucléotides riches en thymine pour lesquels il est difficile d'obtenir des informations par les méthodes conventionnelles. Enfin nous avons utilisé des techniques particulières de la technologie ICR et qui seront présentées dans ce manuscri