Cartographie génétique des composés phénoliques de la pomme

In relation to their antioxidant potential, phenolic compounds are usually associated with a protective effect on the human health of a diet rich in fruits and vegetables. They are also widely associated to the organoleptic quality of ciders since they affect bitterness, astringency, color and aroma. Two studies have recently been published on QTL detection for the phenolic content of dessert apple. No study has yet been published for cider apple, even though they are usually more concentrated in phenolic compounds The objective of this work was to identify genomic regions involved in the phenolic content for a cider apple progeny. In a first time, two quantification methods were developed and compared in UHPLC-UV and UHPLC-MS/MS for major phenolic compounds in juices. Even overestimation of some compounds with one detector were observed, these two methods were highly correlated. Phenolic compounds of whole fruits were also quantified at the INRA station of Rennes. A high variability was observed in both fruits and juices of this progeny, representative of major cider apple varieties grown in Europe. 48 QTL were detected on nine linkage groups (LG). Nine clusters seem particularly stable according to the year or material study. Enzymes of the polyphenol pathway and transcription factors were targeted as candidate gene and identified in silico under major QTL. This work offers new targets for the marker-assisted selection like the QTL for chlorogenic acid on LG17 to improve cider apple varieties.En lien avec leur potentiel antioxydant, les composés phénoliques sont généralement associés à l'effet protecteur sur la santé d'une alimentation riche en fruits et légumes. Ils sont également fortement associés à la qualité organoleptique des cidres puisqu'ils affectent directement leur astringence, leur amertume, leur couleur et leurs arômes. Deux études ont récemment été publiées sur la détection de QTL des composés phénoliques des pommes de table. Aucune étude n'a encore été publiée pour les pommes à cidre, réputées pour leur forte teneur en composés phénoliques. L'objectif de cette thèse est d'identifier les régions génétiques impliquées dans la teneur en composés phénoliques d'une descendance de pommiers à cidre. Dans un premier temps, deux méthodes de quantification ont été développées et comparées en UHPLC-UV et UHPLC-MS/MS pour les principaux composés phénoliques du jus de pomme. Bien qu'il y ait des surestimations avec l'un des détecteurs pour certains composés, ces deux méthodes corrèlent très fortement. Des dosages ont également été réalisés sur fruit entier à l'INRA de Rennes. Une grande variabilité a été observée pour les fruits et les jus de cette descendance, représentative des principales variétés de pommes à cidre cultivées en Europe. 48 QTL ont été détectés sur neuf groupes de liaison (LG). Neuf clusters semblent particulièrement stables, indépendamment de l'année ou du matériel (fruit ou jus) étudié. Les enzymes de la biosynthèse des composés phénoliques et facteurs de transcription ont été ciblés pour l'identification des gènes candidats, réalisée au niveau des principaux QTL. Ces travaux proposent de nouvelles cibles pour la sélection assistée par marqueurs comme le QTL pour l'acide chlorogénique du LG17 pour l'amélioration des variétés de pommes à cidr