Les espèces de Culicoides du sous-genre Avaritia (Diptera : Ceratopogonidae) dans le monde : révision systématique et taxonomique des espèces d'intérêt dans la transmission d'Orbivirus

Autrefois, la systématique se limitait à une approche classificatoire de la diversité, les rangs reflétant des rapprochements morphologiques. Actuellement, la systématique cherche à expliciter les raisons de cette diversité, c'est à dire l'évolution des espèces dans l'espace et dans le temps. Dans un contexte de maladie vectorielle émergente, les espèces du sous-genre Avaritia (Diptera : Ceratopogonidae, genre Culicoides), sont particulièrement impliquées dans la transmission de certains virus (Reoviridae : Orbivirus). Nous proposons ici une révision systématique et taxonomique des espèces du sous-genre Avaritia à l'échelle mondiale aboutissant à un schéma de classification basé sur l'évolution de l'histoire de vie de ces espèces, ainsi que le développement des outils morphologiques et moléculaires permettant leurs identifications. Une clé d'identification interactive des espèces de Culicoides de la région Ouest paléarctique (IIKC) richement illustrée, a été développée sur une centaine de taxons et validée par six utilisateurs. Un site internet dédié http://www.iikculicoides.net/ permet de naviguer dans la base de données illustrée, d'identifier en ligne, et de télécharger gratuitement l'application. La limitation de ce type d'outil inhérente à la morphologie même des espèces cryptiques, nous a conduit à développer et valider une PCR quantitative capable d'estimer simultanément avec précision l'abondance relative de deux espèces cryptiques, C. (Avaritia) obsoletus et C. (A.) scoticus, pouvant être présentes ensemble dans des lots de spécimens mélangés. L'approche mondiale et la base multi-marqueurs de la phylogénie moléculaire réalisée ont permis, (1) de démontrer la monophylie du sous-genre Avaritia, (2) de mettre en évidence la présence de quatre clades monophylétiques correspondants au groupes d'espèces : Obsoletus, Grahami, Boophagus et Imicola, (3) de réviser la taxonomie et les caractères discriminants des espèces au sein de ces groupes et, (4) de poser clairement une hypothèse évolutive quant à la position des espèces du groupe Orientalis dans ce schéma phylogénétique. Adaptés à une utilisation en routine à l'échelle d'un réseau de surveillance entomologique, les outils morphologiques et moléculaires développés permettent d'évaluer la dynamique spatio-temporelle des vecteurs. Cette thèse constitue une contribution à la révision systématique et taxonomique du genre Culicoides dans son ensemble, révision qui demeure nécessaire et incontournable pour la compréhension de la biologie des espèces et notamment des espèces vectrices de pathogènes. (Résumé d'auteur