Modelos matematicos para a previsão de recombinações sitio-especifico do DNA

Resumo: Esta dissertação trata da aplicação de métodos polinomiais e topológicos que alem de permitir uma classificaçao rigorosa das moléculas de DNA que formam Nos e Catenanes indicando a estrutura das moléculas relacionadas, sao capazes de distinguir entre um numero muito grande de Nós e Catenanes qual devera surgir comop roduto da recombinacao. A motivaçao principal para esta pesquisa foi o fato de que atraves da aplicacão desses metodos polinomiais e topológicos foram construídos alguns modelos matematicos capazes de prever os produtos da recombinação. Neste trabalho, tais modelos são construídos da seguinte maneira: No caso de recombinação que possui sítios com repetições diretas, emprega-se a tecnica polinomial baseada nas experiências com a enzima resolvase Tn3 para determinar os produtos deste tipo de recombinaçãoo; No caso de recombinação que possui sítios com repetições inversas, aplica-se a técnica polinomial baseada nas experiencias com a enzima integrase para determinar os produtos deste tipo de recombinacção.Abstract: This work deals with the application of polynomial and topological methods that in addition to allowing a rigorous classification of DNA molecules forming knots and catenanes, indicate the structure of the related molecules. The power of topological methods lies in the ability to distinguish alternative models by predicting which ones, among an often astronomic number of knots and catenanes, should arise as products of the recombination. The main motivation for this research was the fact that through the application of this polynomial and topological methods some mathematical models are built; these models are capable to predict the products of the recombination. In the case of recombination that has sites with direct repetitions, we use the polynomial method, which is based on laboratory experiments using resolvase Tn3 enzyme to determine the products of this type of recombination. In the case of recombination that has sites with inverted repetitions, we use the polynomial method, which is based on laboratory experiments using integrase enzyme to d etermine the products of this type of recombination