Development of microsatellite markers, genetic mapping and qualitative characteristcs mapping in common bean (Phaseolus vulgaris L.)

O melhoramento genetico do feijoeiro busca responder ou atender demandas especificas dos produtores. Um cultivar de feijoeiro deve atender as caracteristicas de produtividade, de resistencia as principais doencas da cultura, e de qualidade tecnologicas, tais como tempo de cozimento, qualidades nutricionais e tipo de caldo. A escolha de criterios racionais e eficientes para a identificacao de linhagens superiores a serem utilizadas em cruzamentos facilita o trabalho do melhorista. Alem disso, a escolha dos genitores com maior potencial genetico para recombinacao aumenta as chances de obtencao de cultivares mais produtivos e estaveis para o comercio, bem como facilita a selecao dos genotipos nos ensaios de competicao. O feijoeiro e uma das culturas de destaque no Brasil com potencial a ser explorado e requer esforcos para o manejo adequado. Neste sentido, o investimento em tecnicas moleculares pode ser associado ao auxilio no melhoramento classico, como para a realizacao de programas de selecao assistida por marcadores. Os microssatelites sao marcadores moleculares definidos por sequencias repetitivas abundantes nos genomas de eucariotos, transferiveis e informativas. Os microssatelites sao marcadores amplamente utilizados em estudos geneticos e no desenvolvimento de mapas geneticos. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatelites para feijoeiro para a construcao de um mapa genetico molecular. Foram desenvolvidos 488 novos microssatelites, sendo que 183 estao disponiveis em 3 publicacoes sobre caracterizacao destes locos e, 64 estao descritos no artigo referente ao mapa genetico. Os demais locosapresentaram-se monomorficos dentre os genotipos utilizados, mas tambem serao divulgados na forma de manuscrito. O mapa genetico foi estabelecido com base em uma populacao F10 segregante, composta de 380 linhagens endogamicas, derivadas do cruzamento entre IAC-UNA e CAL143. Foram analisados no total 871 microssatelites, entre eles 265 (30,4%) foram polimorficos e 247 (28,4%) apresentaram padrao adequado de leitura de genotipagem. Para a construcao do mapa, alem dos marcadores moleculares, foram utilizados tres marcadores fenotipicos: cor de flor, formato do apice da vagem e habito de crescimento. Foi possivel mapear 198 microssatelites e os 3 marcadores fenotipicos. Dentre os marcadores mapeados, 131 tinham a posicao ate entao desconhecida em grupos de ligacao. O mapa resultante cobre 1865.9 cM, com uma distancia media entre marcadores de 9.4 cM. A cobertura de mapa e considerada de saturacao moderada e pode servir de base para o mapeamento de outras caracteristicas fenotipicas e de QTLs.The common bean breeding programs are meant to attend specific demands of bean producers. A common bean genotype of commercial interest must present desirable productivity characteristics; resistance to the main diseases and technological quality, like cooking time, nutritional value and type of broth. The choice of efficient criteria for identification of superiors inbred lines to be used in crosses supports breeders work. Moreover, the use of genitors with higher genetic potential increases the chances to reach more stable and productive cultivars, as well as facilitates genotypes selection in competitive assays. The common bean is one of the most important crops in Brazil and it has potential to be explored, but, the current productivity is low and requires efforts to improve the field performance. In this way, the search for molecular techniques can be associated to assist the classic breeding, like to perform marker-assisted selection. Microsatellites are repetitive sequences present in eukaryotes genomes, transferable, and informative. The microsatellite markers are widely used in genetic studies, and one of the main uses is to construct genetic maps. The objective of the present work was to develop new microsatellite markers to common bean and to construct a genetic map. Up to new 488 microsatellites were developed, of which 183 are available in 3 articles about loci characterization and, 64 are described in genetic map article. The remaining loci were monomorphic for the genotypes used, and they will be described in an article too. The genetic map was based on a mapping population F10, formed by 380 recombinant inbred lines derived of IAC-UNAF and CAL143 crosses. We tested 871 microssatellites, of which 265 (30,4%) were polymorphic and 247 (28,4%) presented adequate genotyping standard. Beyond the molecular markers, weevaluated three phenotypic markers: flower color, pod tip shape, and growth habit. It was possible to map 198 microssatellites and the 3 phenotypic markers. Amongst the mapped microsatellite markers, 131 have never been located before in any known linkage group. The resulting map covers a total of 1865.9 cM in length and average distance between markers was 9.4 cM. The coverage of the generated map is considered to have a moderate saturation, which makes it useful for mapping other qualitative traits and QTLs