Mapping of functional RFLP derived markers in sugarcane (Saccharum sp.)

A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) está entre as espécies de maior importância econômica no mundo, constituindo uma das principais fontes de produção de açúcar e álcool. Apesar de o Brasil ocupar posição de destaque, como o maior produtor mundial, os níveis de produtividade são considerados baixos. A obtenção de novas variedades de cana-de-açúcar, mais produtivas e resistentes a pragas e doenças, é um processo que consome vários anos até o lançamento para o plantio comercial. O desenvolvimento de mapas de ligação pode contribuir significativamente para os programas de melhoramento, principalmente na localização de genes associados a características agronômicas de interesse. Os bancos de dados de seqüências expressas (ESTs-database) oferecem uma oportunidade para a construção de mapas funcionais, os quais servem de base para a estratégia de genes candidatos (Candidate-gene approach). O projeto de seqüenciamento de ESTs (SUCEST) do programa Genoma da FAPESP já identificou cerca de 40 mil clusters que representam os genes de cana-de-açúcar. Deste modo, o mapeamento de ESTs pode ser conduzido pela análise do polimorfismo no comprimento de restrição (RFLPs) utilizando os ESTs como sondas de hibridização. Tendo em vista os avanços que serão alcançados no melhoramento genético da cana-de-açúcar com a exploração das informações contidas nos bancos de dados de ESTs, este projeto teve como objetivo mapear ESTs relacionados a genes de interesse em cana-de-açúcar, utilizando-os como sondas em ensaios de RFLP em uma progênie derivada do cruzamento entre duas variedades précomerciais de cana-de-açúcar. Assim é importante ressaltar que o presente projeto complementa um programa de mapeamento genético molecular de duas variedades pré-comerciais de cana-de-açúcar, e outro, de mapeamento de QTL?s associados a características de interesse agronômico, utilizando como marcadores as seqüências produzidas pelo projeto SUCESTSugarcane (Saccharum spp.) is the species that has the greatest economic importance in the world, as it is one of the main sources of sugar and alcohol production. Although Brazil is the biggest producer of this crop - participating with 25% of world production, the productivity levels are considered low. The acquisition of new sugarcane varieties, which are more productive and resistant to plagues and illnesses, is a lengthy process that takes years until the launching of the commercial crops. Linking map development can contribute significantly towards improvement programs, mainly in the localization of genes associated to the agronomical traits of interest. The expressed sequence tag (ESTs) database offers a chance for the construction of functional maps, which serve as a base for the Candidate-gene approach. The EST sequence project (SUCEST) of the FAPESP Genome program has already identified about forty thousand clusters that represent sugarcane genes. In this way, EST mapping can be led by the restriction fragment length polimorfism (RFLPs) analysis using the ESTs as hibridization probes. In view of the advances that will be reached in sugarcane genetic improvement with the exploration of the information contained in the EST database, the aim of this project is to map ESTs related to sugarcane interest genes using them as probes in the RFLP assays in a lineage derived from the crossing between two sugarcane commercial crosses. The present project complements a molecular genetic mapping program; and another QTL mapping, associates the agronomics traits, using the sequences produced for the SUCEST project as marker