A study of parallel processing for molecular dynamics.

Apresentamos um problema de dinâmica molecular e quatro algoritmos seqüenciais para a implementação do mesmo. Em seguida esses algoritmos são estudados quanto ao tempo de execução e possibilidades de paralelização. É escolhido então dentre os quatro o algoritmo que apresenta melhores características para a paralelização. Introduzimos a seguir uma proposta de implementação do mesmo em um rede de transputers, com a. definição das interligações entre os processadores e da. programação dos mesmos. A seguir é realizado um estudo da eficiência da estrutura proposta quanto a. tempo de execução e características de expansibilidade do número de processadores. Os resultados mostram que conseguem-se velocidades de execução próximas às de supercomputadores para redes com baixos números de elementos.In the present work, we describe four sequential algorithms for simulating molecular dynamics. The parallelism and execution times of these algorithms are assessed. Using the best suited algorithm for parallelism exploitation a transputer based architecture is suggested including needed link and software. The evaluation of the eficiency regarding execution time and number of processors is analyzed. The results show that speeds dose to those of supercomputers can be achieved with a low number of processors