Analysis of diversity, abundance and functional structure of microbial community of three mangroves of São Paulo State, Brazil.

Os manguezais são ecossistemas complexos tipicamente encontrados na interface entre a terra e o mar. Apesar de sua grande importância ecológica estes ambientes estão em risco, devido à proximidade de áreas com elevada exposição a poluentes, como hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) liberados em derramantos de petróleo. Em nosso trabalho nós exploramos a diversidade e abundância taxonômica e funcional de bactérias em três manguezais localizados sob diferentes estágios de preservação no Estado de São Paulo. Os resultados mostraram que a concentração total de HPAs nos sedimentos foram diferentes entre todos os pontos de amostragem, com o sedimento de manguezal apresentando as concentrações mais elevadas. Genes <font face=\"Symbol\">a-ARHDs foram encontrados em todos os locais de amostragem, revelando a presença de enzimas envolvidas no metabolismo do bifenilo, naftaleno, dibenzofurano, 3-fenilpropanoato e benzeno. A PCR em tempo real demonstrou um maior número de cópias do gene <font face=\"Symbol\">a-ARHD e 16S rRNA nas áreas contaminadas. A análise das seqüências obtidas pelo sequenciamento do gene 16S rRNA mostrou estruturas de comunidades distintas para todas as amostras. O filo mais frequente foi Proteobacteria e o número de Unidades Taxonômicas Operacionais (OTUs) detectadas nas amostras da área preservada foi superior às daárea contaminada. A análise das seqüências obtidas para o pirosequenciamento do gene bph indicou um maior número de Famílias Proteicas Operacionais (FPOs) no ambiente com atividade antrópica. Em conclusão, os resultados permitiram acessar e identificar uma extensa diversidade de bactérias, incluindo os genes ARHD, 16S rRNA e bph. Tais dados podem oferecer novas abordagens para melhorar a recuperação de tais ambientes.Mangroves are complex ecosystems typically found at the interface between land and sea. Despite its great ecological importance, these environments are at risk due to the proximity of areas with high exposure to pollutants such as Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAHs) released by oil spill. In our work we explore the diversity and taxonomic and functional abundance of bacteria in three mangroves under different stages of preservation located in the state of São Paulo. The results showed that the total concentration of PAHs in sediments were different between all the sampling sites, with mangrove sediment having the higher concentrations. <font face=\"Symbol\">a-ARHDs genes were found in all the sampling sites, revealing the presence of enzymes involved in the metabolism of biphenyl, naphthalene, dibenzofuran, 3-phenylpropanoate and benzene. The real-time PCR demonstrated an increased number of copies of the <font face=\"Symbol\">a-ARHD and 16S rRNA genes in the contaminated areas. The analysis of the sequences obtained by pyrosequencing of 16S rRNA gene showed distinct communities structures for all samples. The phylum Proteobacteria was more frequent and the number of Operational Taxonomic Units (OTUs) detected in pristine samples area was higher than contaminated area. The analysis of the sequences obtained for pyrosequencing of bph gene indicated a greater number of Operational Protein Families (OPFs) in the environment with human activity. In conclusion, the results allow to access and identify a wide variety of bacteria, including ARHD genes, 16S rRNA and bph. Such data may provide new approaches for improving the recovery of such environments