Isolamento e identificação de micobactérias não-tuberculosas em laboratório e hospital de referência do Estado de Santa Catarina

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em FarmáciaIntrodução: O gênero Mycobacterium compreende mais de 150 espécies, incluindo patogênicas, oportunistas e não patogênicas. As micobactérias pertencentes ao Complexo M. tuberculosis (CMTB) são responsáveis por causar tuberculose (TB), enquanto as Micobactérias Não-Tuberculosas (MNT) podem causar micobacterioses. Embora sejam clinicamente indistinguíveis, micobacterioses e TB diferem em relação ao tratamento. O diagnóstico convencional das micobactérias apresenta limitações quanto ao tempo de execução e à operacionalidade, visto que o resultado pode levar até 60 dias para ser liberado. Entretanto, o diagnóstico rápido e a identificação da espécie são fundamentais para a adoção da terapia adequada e consequente controle da doença. Objetivos: realizar a identificação de MNT e determinar a variabilidade das espécies isoladas no Laboratório de Referência do Estado de Santa Catarina, verificar a ocorrência de MNT em pacientes com diagnóstico de TB internados no Hospital de Referência para Tuberculose do Estado de Santa Catarina e avaliar o rendimento de técnicas moleculares para diagnóstico e identificação de micobactérias. Métodos: Oitenta e oito isolados de MNT, obtidos junto ao Laboratório de Referência do Estado de Santa Catarina, entre agosto de 2009 e agosto de 2011, foram identificados utilizando-se os métodos MMSA e PRA-hsp65. Amostras de escarro foram coletadas de 57 pacientes com diagnóstico de TB, internados no Hospital de Referência do Estado de Santa Catarina entre abril de 2010 e abril de 2011. A identificação das espécies foi realizada pelos métodos MMSA e PRA-hsp65. Estas amostras também foram utilizadas para a avaliação do rendimento das técnicas de PCR convencional, PCR em tempo real, PRA-hsp65 e MMSA, diretamente da amostra clínica. Resultados: Dentre os isolados de MNT recebidos do Laboratório de Referência, M. avium foi a espécie de maior ocorrência (39,8% dos casos), seguida de M. fortuitum (14,8%), M. abscessus (12,5%) e M. kansasii (6,8%). O pulmão foi o principal sítio de isolamento (85,3% dos casos) e 61,4% das amostras eram procedentes das regiões da Grande Florianópolis e do Vale do Itajaí. Do total de isolados de MNT, 34,2% foram associados ao desenvolvimento de doença. O Complexo M. avium foi o principal agente identificado (65,4% dos casos) e o pulmão foi o sítio de infecção mais frequente (88,6% dos casos). Houve predomínio do gênero masculino e de pacientes HIV-soronegativos e a média de idade foi de 46,1 ± 14,6 anos. Dos pacientes internados com diagnóstico de TB no Hospital de Referência, em apenas um foi identificada a presença de MNT. As técnicas de PCR e PCR em tempo real, utilizadas para detecção de micobactérias diretamente de amostras de escarro, apresentaram sensibilidade de 91,2% e 100%, respectivamente, tomando-se como padrão áureo o cultivo em meio sólido. Os métodos MMSA e PRA-hsp65 identificaram a espécie de micobactéria, diretamente de amostras de escarro, em 50,9% e 47,4% dos casos, respectivamente. Quando associados, possibilitaram a identificação em 75,4% das amostras. Conclusão: O presente estudo permitiu uma avaliação da realidade epidemiológica das MNT no Estado de Santa Catarina, que até então não havia sido estudada. Além disso, permitiu a avaliação de técnicas moleculares que podem ser utilizadas como ferramentas para a agilização do diagnóstico e da identificação de micobactérias.Background: The genus Mycobacterium comprises more than 150 species. The Mycobacterium tuberculosis Complex (MTC) causes tuberculosis (TB), while the Nontuberculous Mycobacteria (NTM) can cause mycobacteriosis. These diseases are clinically indistinguishable, but require different therapeutic regimens. The conventional diagnosis of mycobacteria is time-consuming and may take up 60 days. However, early diagnosis and identification followed by appropriate treatment are essential for an effective control of these diseases. Objectives: to identify and study the variability of NTM species isolated at the Reference Laboratory of Santa Catarina State, to find the occurrence of NTM among patients hospitalized with TB diagnosis in the Reference Hospital of Santa Catarina State and to estimate the yield of molecular techniques to early diagnosis and identification of mycobacteria. Methods: A total of 88 NTM isolates, obtained from Reference Laboratory between August 2009 and August 2011, were identified using MMSA and PRA-hsp65 methods. Sputum samples were collected from 57 patients with TB diagnosis who were hospitalized in the Reference Hospital of Santa Catarina between April 2010 and April 2011. Species identification was performed using MMSA and PRA-hsp65. These samples were also used to estimate the yield of PCR of 16S rRNA gene, real time PCR, PRA-hsp65 and MMSA, directly of the clinical samples. Results: Among the NTM isolates obtained from Reference Laboratory, M. avium was the most common specie (39,8% of cases), followed by M. fortuitum (14,8%), M. abscessus (12,5%) and M. kansasii (6,8%). Pulmonary cases were more frequent (85,3% of cases) and 61.4% of the isolates were from Grande Florianópolis and Vale do Itajaí. Twenty six cases (34.2%) were characterized as mycobacteriosis. Of these cases, 65.4% were attributed to M. avium Complex and 88.6% were characterized as pulmonary disease. The mean age of patients was 46,1 ± 14,6 years. Men and non-HIV patients were more affected by the disease. At the Reference Hospital, NTM was identified in only one patient with TB diagnosis. PCR and real time PCR showed sensitivity of 91.2% and 100%, respectively. MMSA and PRA-hsp65 identified the species, directly of the sputum, in 50.9% and 47.4% of cases, respectively. When associated, these methods identified the specie in75,4% of samples. Conclusions: This study provided the epidemiology of NTM of Santa Catarina State, that had not been studied yet. It also allowed the assessment of molecular techniques that can be used as tools for early diagnosis and identification of mycobacteria