The genetic analysis of circulating rabies virus in Rio de Janeiro state between 1994 and 2004

Neste estudo foram utilizadas 70 amostras de tecido encefálico congelado de animais,com o diagnóstico positivo para vírus da raiva pela imunofluorescência direta (IFD) e pelo teste biológico (TB), enviados ao Banco de Germoplasma do Laboratório de Biologia Animal (LBA)da Empresa de Pesquisa Agropecuária do Estado do Rio de Janeiro (PESAGRO RIO). Estas amostras foram provenientes de diversos municípios do estado do Rio de Janeiro. Das 70 amostras analisadas 50 foram utilizadas para testar um protocolo de RT-PCR e 33 utilizadas naanálise genética do vírus da raiva circulantes no estado do Rio de Janeiro.O protocolo testado de amplificação genômica, precedida de transcrição reversa (RTPCR)para o gene da nucleoproteína de vírus da raiva e vírus relacionados ao vírus da raiva, teve como objetivo a utilização desta metodologia em laboratórios onde são realizadas investigações para a detecção de vírus da raiva. Foram utilizadas 50 amostras de tecido encefálico de animais (44 bovinos, 5 eqüinos e 1 quiróptero). Nas 50 amostras analisadas pela RT-PCR se observou os amplicons de 606 pb, correspondendo a região da nucleoproteína (N) investigada e demonstraram a especificidade do protocolo. Houve concordância nas três provas de diagnósticas utilizadas. Uma amostra negativa na prova de imunofluorescência direta, apresentou positividade tanto na prova biológica e quanto na RT-PCR. Trinta e três amostras isoladas de 27 bovinos, 05 eqüinos e 01 quiróptero, foram analisadas com base no seqüenciamento direto de amplicons de 514 pb da região codificadora danucleoproteína (N). As seqüências foram verificadas quanto ao seu parentesco genético e evolucionário. Os dados indicam que não existem diferenças genéticas significativas entre as amostras isoladas de diferentes hospedeiros e regiões geográficas do estado do Rio de Janeiro, durante os últimos seis anos. Os resultados indicam, provavelmente, que a variabilidade observada ocorre em virtude de modificações sinônimas. Apesar da estabilidade genética do gene da nucleoproteína (N) é importante um continuo esforço de monitoração da diversidade dos genes das amostras de campo de vírus da raiva, pois modificações genéticas podem acarretar eventuais falhas vacinais.In this study were used 70 samples of animal frozen encephalic tissue, with positive diagnosis for Rabies Virus by Direct Immunofluorescence (DIF) and by biological test, sent to Germoplasm Bank of Animal Biology Laboratory (ABL) belonged to the Empresa de Pesquisa Agropecuária do Estado do Rio de Janeiro (PESAGRO – RIO). These samples were provenient of many countys of Rio de Janeiro State. From 70 analyzed samples, 50 were used to test an RT-PCR protocol and 33 were used in the genetic analysis of circulating Rabies Virus in Rio de Janeiro State. The genomic amplification preceded of Reverse Transcription (RT-PCR) protocol tested for the Rabies Virus and Rabies related viruses nucleoprotein gene had as purpose the use of this methodology in laboratories where are made investigations for the detection of Rabies Virus. A total of 50 samples of animal encephalic tissue were used (44 cattle, 05 horses and 01 bat). In the 50 samples analysed by RT-PCR was observed amplicons of 606 bp, corresponding to the investigated nucleoprotein region and showing the protocol specificity. There was an agreement in the three diagnostic probes used. One sample, negative for the direct immunofluorescence, presented positivity for both biological probe and RT-PCR. A total of 33 samples isolated of 27 cattle, 05 horses and 01 bat were analyzed based on the direct sequencing of the 514 bp amplicons, provenient of the nucleoprotein (N) coding region. The sequences had their genetic and evolutionary relationship studied. Data indicate that there are no significant genetic differences among the samples isolated from different hosts and geographic regions of Rio de Janeiro State, during the last six years. The results indicate, probably, that the observed variability occur due to synonymous modifications. Although the genetic stability of the nucleoprotein (N) gene is important, a continuous effort in monitoring of the countryside Rabies Virus samples genes, because genetic modifications may cause eventual vaccine-failure