Estudo da diversidade de Potato virus Y (PVY) em batata (Solanum tuberosum), no Brasil.

A virose causada por Potato virus Y é um dos maiores problemas da bataticultura brasileira. Este problema agravou-se com entrada de uma nova variante da estirpe necrótica PVYN, denominada PVYNTN, a qual tem causado perdas nas lavouras pela ocorrência de necrose na superfície do tubérculo, impossibilitando assim a comercialização. Devido a este problema e com o intuito de conhecer a real diversidade do PVY no Brasil, este trabalho teve como objetivos detectar a variante PVYNTN, PVYO e PVYN, bem como realizar um estudo filogenético de isolados de PVY coletados em diferentes regiões do Brasil, enfocando as regiões da P1 e capa protéica. Foram realizados testes com plantas indicadoras de sintomas, testes sorológicos do tipo DAS-ELISA e em nível de ácidos nucléicos RT-PCR em 31 isolados de PVY, oriundos de quatro estados brasileiros, Minas Gerais (MG), São Paulo (SP), Santa Catarina (SC) e Rio Grande do Sul (RS). O teste sorológico detectou a presença de PVY em todas as amostras. Para otimização do sistema, foi fundamental a escolha do método de extração de RNA total, dentre os quais foram testados três metodologias: TRIZOL (GIBCO), o método de hidrocloreto de guanidina e o método proposto por Singh (1998). O melhor método foi escolhido baseado na qualidade da amplificação produzida bem como no custo do método. Os resultados mostraram alta eficiência do sistema de extração de RNA utilizando o método de hidrocloreto de guanidina. O método molecular adaptado RT- PCR, foi realizado utilizando a combinação de 5 oligonucleotídeos para diferenciação das estirpes de PVY. Os resultados mostraram a detecção de um isolado de PVYO em SC, três no RS; um isolado de PVYN em SC, quatro no RS. Já os PVYNYN, foram detectados em MG (seis isolados), SC (três isolados) e SP (10 isolados). Os resultados do sistema 3-Primer RT-PCR foram coerentes com os sintomas induzidos por plantas indicadoras e os sintomas em tubérculos foram diagnosticados como PVYNTN. O sequenciamento foi realizado enfocando a região da proteína P1 e da capa protéica. Foram sequenciados oito isolados de PVY para a P1 e 12 isolados para a capa protéica. Os resultados mostraram para a proteína P1, a formação de dois agrupamentos de PVYN e PVYNTN oriundos da Europa e América do Norte, e um outro grupo reunindo a estirpe PVYO e demais PVY necróticos. Os isolados necróticos coletados no Brasil foram agrupados no conjunto Europeu. Para a região da capa protéica dos PVY não houve um agrupamento que unisse mesmas estirpes/variante.The virulence caused by Potato virus Y is a major problem in potato cultures in Brazil. This problem aggravated with the entry of a new necrotic strain PVYN variant, known as PVYNTN, which has caused the loss of plantations by the occurrence of necrosis at the surface of the tubers, making impossible its commercialization. Due to this problem and the aim of finding out the true diversity of PVY in Brazil, this study has as an objective detecting the variant PVYNTN, PVYO e PVYN, as well as a phylogenic study of the PVY isolates collected in several regions of Brazil, aiming at the P1 region and protein capsule. Tests were made with symptomatic plants, DAS-ELISA serologic test and RT-PCR from 31 isolates of PVY, from four different states of Brazil, Minas Gerais (MG), São Paulo (SP), Santa Catarina (SC) e Rio Grande do Sul (RS). The serologic test detected the presence of PVY in all samples. To optimize the system, the choice of the method of total RNA extraction was fundamental, where three of them were tested: TRIZOL (GIBCO), the guanidine hydrochloride method and the method proposed by Singh (1998). The method was chosen based on the quality of the amplification as well as the cost of the method. The guanidine hydrochloride showed the best result with a high efficiency of RNA extraction. RT-PCR was done with a combination of 5 primer nucleotide to differentiate the PVY strains. The results showed the detection of a PVYO isolate in SC, three in RS; one PVYN isolate in SC, four in RS. The PVYNYN, were detected in MG (six isolates), SC (three (isolates) and SP (10 isolates). The result of the 3-Primer RT-PCR system was conclusive with the induced symptoms by the indicative plants and the tubers symptoms were diagnosed as PVYNTN. The sequencing focused at P1 protein region and the protein capsule. Eight PVY isolates were sequenced for P1 and 12 isolates for the protein capsule. The results of the P1 protein showed two groups formation of PVYN e PVYNTN from Europe and North America, and another group putting together the PVYO strain with the PVY necrotic. The necrotic isolates collected in Brazil were grouped with the Europeans. For the PVY protein capsule region there wasnt any group formation that united both strains/variant