Identification of Trichoderma spp. strains using RAPD markers and DNA Barcode

Controle biológico é um processo natural, que regula o número de indivíduos existentes em uma população, pela ação de outro indivíduo chamado de inimigo natural ou agente de controle biológico (parasitóides, predadores e patógenos), causando mortalidade biótica. Fungos que atuam como antagonistas de fungos fitopatogênicos têm sido usados para controlar a doença, sendo que 90% dessas aplicações tem sido feitas utilizando-se linhagens de fungos do gênero Trichoderma. O gênero Trichoderma (Ascomycetes), ordem Hypocreales, pertencente à classe dos hifomicetos e reúne espécies que se encontram entre os fungos de solo mais comumente encontrados na natureza. Vários são o problemas relacionados à nomeclatura de indivíduos desses gênero. Ferramentas moleculares, como marcadores e DNA Barcode tem sido usadas na identificação não só de Trichoderma mas também de outro fungos. Esses trabalho teve como objetivo identificar isolados de Trichoderma spp. Utilizando somente ferramentas moleculares. A análise utilizando marcadores RAPD posiibilitaram uma observação do alto grau de variabilidade genética existente entre esses indivíduos, ma se mostrou problemática quando o número amostral foi aumentado. A identificação de indivíduos utilizando DNA Barcode só foi possível para poucos indivíduos o que demonstra a necessidade de que as sequências obtidas sejam de alta qualidade. A análise filogenética se mostrou extremamente difícil, devido a demanda de tempo necessária para a realização das análises. Entretanto através da análise de Neighbor-joining foi possível observar que quando se utiliza bancos de dados como o BLAST a taxa de erro na identificação dessas espécies é grande devido ao depósito de sequências de isolados incorretamente identificados.Biological control is a natural process that regulates the number of individuals existing in a population, by the action of another individual called "natural enemies or biological control agent (parasitoids, predators and pathogens), causing biotic mortality. Fungi that act as antagonists of phytopathogenic fungi have been used to control the disease, and 90% of these applications have been made using strains of fungi of the genus Trichoderma. The genus Trichoderma (Ascomycetes) Hypocreales, belonging to the class and brings Hifomicetos species that are among the soil fungi most commonly found in nature. There are several problems related to the nomenclature of individuals of this gender. Molecular tools such as markers and DNA Barcode has been used in identification of Trichoderma but also another fungi. The objective of this work was to identify isolates of Trichoderma spp. using only molecular tools. Analysis using markers make possible the observation of the high degree of genetic variability between these individuals, but proved problematic when the sample size was increased. The identification of individuals using DNA Barcode was possible only for a few individuals who show the need for the high quality sequences obtained by sequencing. The phylogenetic analysis was extremely difficult because is time consuming and required much time to perform the analysis. However by Neighbor-joining analysis was observed that when using databases such as BLAST error rate in identifying these species is high due to deposition of sequences of isolates incorrectly identified