Isolamento e caracterização tradicional e molecular por ARDRA e DGGE da microbiota associada ao café despolpado (Coffea arabica L.)

Bactérias, leveduras e fungos filamentosos são isolados durante praticamente todas as etapas de processamento do café. Treze amostras de Coffea arabica L. foram coletadas durante as diferentes etapas de processamento do café despolpado de uma fazenda no Sul de Minas Gerais. Os isolados bacterianos e leveduriformes foram identificados por Análise de Restrição de DNA Ribossomal Amplificado (ARDRA) e análise de sequenciamento da região 16-23S do rDNA (bactérias) e ITS1-5.8S do rDNA (leveduras). Os fungos filamentosos foram identificados através de análises das características macro e microscópicas das colônias. Eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) do produto de PCR das regiões rRNA 18S e rRNA 16S foi realizada para analisar as comunidades de leveduras e bactérias. Contagens de bactérias, leveduras e fungos filamentosos foram na ordem de 4,7 x 103 a 1 x 107 UFC/g, 2,3 x 103 a 7,5 x 106 UFC/g, 1 x 102 a 5,5 x 103 UFC/g, respectivamente. Através do ARDRA da região 16-23S do rDNA foram obtidos 16 padrões de fragmentos de restrição distintos correspondentes a 16 espécies distintas de bactérias. Bacillus subtillis, Escherichia coli, Enterobacter agglomerans, Bacillus cereus e Klebsiella pneumoniae foram as bactérias predominantes durante o processamento do café. Lactococcus lactis, Serratia sp., Acinetobacter spp e Bacillus megaterium foram isoladas em meios de cultivo, mas não detectadas por análise de DGGE das mesmas amostras. Todas as espécies detectadas por DGGE foram também isoladas por cultivo, com exceção da bactéria não cultivável. Através do ARDRA da região ITS1-5.8S do rDNA foram obtidos 15 padrões de fragmentos de restrição distintos correspondentes a 14 espécies distintas de leveduras. Pichia anomala foi presente em todas as amostras, com contagens na ordem de 103 a 106 UFC/g. Torulaspora delbrueckii e Rhodotorula mucilaginosa também foram leveduras predominantes durante o processamento do café. Algumas espécies de leveduras como Candida ernobii, C. fukuyamaensis, Pichia caribbica, C. membraniefaciens, Saccharomyces bayanus e Arxula sp. foram isoladas em meios de cultivo, mas não detectadas nas análises de DGGE das mesmas amostras. Todas as espécies de leveduras detectadas por DGGE foram também isoladas por cultivo. Dentre os fungos filamentosos identificados o gênero Aspergillus foi o de maior incidência, seguido pelos gêneros Penicillium sp., Fusarium sp.e Cladosporium. Houve boa correlação entre as espécies encontradas por isolamento em meio de cultivo e sequenciamento e os perfis de DGGE obtidos, tanto para bactérias quanto para leveduras; no entanto as técnicas moleculares precisam estar associadas às técnicas tradicionais a fim de se obter melhor caracterização da microbiota presente