Genetic Structure of the Germplasm of Prunus persica (L.) Batsch in Brazil

Com base no avan??o do conhecimento de gen??mica a sele????o assistida por marcadores mostra-se como uma estrat??gia bastante promissora especialmente para acelerar o desenvolvimento de novas cultivares em esp??cies perenes, como o pessegueiro. Nesse contexto, esta disserta????o aborda a situa????o atual e as perspectivas do uso de sele????o assistida por marcadores moleculares no melhoramento gen??tico de pessegueiro, assim como caracteriza a variabilidade gen??tica e a estrutura de popula????o do painel associativo de pessegueiro representativo do germoplasma dispon??vel no Brasil por meio da an??lise de 10 loci SSR (Simple Sequence Repeats). Com base na literatura, um elevado n??mero de QTLs (Quantitative Trait Loci) est?? identificado em mapas gen??ticos de pessegueiro, mas, apesar da import??ncia dos caracteres envolvidos, at?? o momento o uso de sele????o assistida por marcadores tem sido incipiente pelos programas de melhoramento. Por outro lado, com a conclus??o recente do sequenciamento do genoma do pessegueiro, a perspectiva ?? de que essa realidade mude nos pr??ximos anos. Corroborando com essa tend??ncia, o primeiro passo para a sele????o assistida por marcadores moleculares ?? conhecer a variabilidade gen??tica presente no germoplasma de pessegueiro dispon??vel no Brasil. Nesse sentido, os resultados desse trabalho mostram grande variabilidade gen??tica no germoplasma avaliado. Por??m, esse germoplasma est?? estruturado em duas subpopula????es bem definidas e agrupadas de acordo com o tipo de polpa, fundente e n??o-fundente, com alguns acessos apresentando mistura de ambos, entre os quais a maior variabilidade est?? dispon??vel dentro do subgrupo fundente. Com base nos resultados infere-se que o germoplasma avaliado ?? adequado para estudos de mapeamento associativo, dada a sua expressiva variabilidade gen??tica, mas deve ser levada em considera????o a estrutura gen??tica desse germplasma a fim de evitar a identifica????o de associa????es falso-positivas entre marcadores e fen??tipos de interesse.Based on the advanced knowledge in genomic, marker-assisted selection shows up as a promising strategy especially to accelerate the development of new cultivars in perennial species, such as peach. In this context, this dissertation addressed the current situation and the prospects of using marker-assisted selection in peach breeding programs as well as to characterize the genetic variability and population structure of an association panel representative of peach germplasm available in Brazil through SSR analysis. Based on a literature review, it was seen that a high number of QTL (Quantitative Trait Loci) is identified in genetic maps of peach, but, despite the importance of the characters studied, the use of markerassisted selection has been incipient by breeding programs. By the other side, with the recent completion of the sequencing of the peach genome, the perspective is that the low use of molecular tools by peach breeding program will change in the coming years. In this trend, the genetic variability present in the association panel representative of peach germplasm in Brazil is quite relevant. On the other hand, this germplasm is structured into two subpopulations according to the fruit flesh type, melting or non-melting, with some genotypes being a mixture of both types of fruit flesh. Greater variability is available in the melting flesh group. These results show that the association panel is suitable for association studies given its relevant genetic variability. However, it should be taken into account in the association studies the genetic structure intrinsic to this germplasm to avoid the identification of false markertrait associations