Detection of Transcription Factor Binding Sites

V dnešní době je v molekulární biologii velice důležité zkoumat mechanismus regulace genové exprese. Genová exprese je mimo jiné regulována pomocí transkripčních faktorů, které se vážou do specifických sekvencí v regulačních regionech genů. Vyhledávání těchto specifických sekvencí je náročné, protože tyto sekvence mohou být vysoce degenerativní. Existuje několik způsobů jak vyhledávání vazebních míst transkripčních faktorů realizovat. První část práce obsahuje popis algoritmů pro vyhledávání vazebních míst, zatímco ve druhé je popsán návrh a implementace vlastního řešení pro vyhledávání vazebních míst transkripčního faktoru p53.Nowadays, it is very important to study gene expression mechanism in molecular biology. Gene expression is also regulated by sequence specific transcription factors which binds to regulatory regions of the genes. Searching for this specific sequences can be very problematic because transcription factor binding sites can be very degenerative. There are several possible methods that can be aplied to this problem. First part of this paper describes few algorithms for transcription binding sites search. Second part contains design and implementation of algorithm for searching binding sites of transcription factor p53.