Identificación de especies de Colletotrichum spp. asociadas a la Antracnosis de tres núcleos productivos de caucho natural en Colombia

El Caucho Natural, producto del árbol de Caucho (Hevea brasiliensis), fue identificado a comienzos de siglo dentro de la apuesta exportadora de Colombia, por lo que las áreas cultivadas se incrementaron vertiginosamente entre el 2005 y 2015 como respuesta a una anhelada creciente demanda mundial e interna para la industria manufacturera. Producto de la combinación de diferentes factores epidemiológicos, los cultivos de caucho en las nuevas áreas vienen siendo afectados por un incremento en las afecciones ocasionadas por el organismo patógeno Colletotrichum spp., hongo Ascomyceto, agente causal de la Antracnosis y la caída secundaria de las hojas, con la consecuente pérdida de área foliar e incremento en los costos de manejo del cultivo (Tapiero, 2013). A pesar de la dispersión generalizada y en ausencia de conocimiento al respecto de la estructura poblacional específica responsable de la composición de especies que causan infección en los diferentes núcleos productivos de Colombia, se propuso caracterizar a nivel de especie 40 aislamientos de Colletotrichum spp. adquiridos de lesiones sobre clones susceptibles y de diferente procedencia (llanos orientales, piedemonte amazónico y zona marginal cafetera). En consecuencia, se determinaron las características morfológicas de la colonia del hongo, tales como color, y tasa de crecimiento; y se determinó la presencia de acérvulos, forma y tamaño de conidias y apresorios. Se realizó la caracterización molecular mediante el uso de cebadores específicos para la determinación de complejos de especies de Colletotrichum, CgInt-ITS4 para C. gloeosporioides, CaInt2-ITS4 para C. acutatum y Col1-ITS4 para C. boninense. Adicionalmente se amplificaron y secuenciaron, las regiones ITS-ADNr y los genes informativos GAPDH y TUB2 para en conjunto someter esta información a un análisis filogenético por complejo de especies. Finalmente, se realizaron pruebas de patogenicidad con los aislamientos origen de la caracterización con el objeto de confirmar la evidencia de la causalidad mediante la reproducción de los síntomas característicos de la enfermedad y los signos del patógeno. De esta manera se obtuvo que la composición poblacional del patógeno está compuesta por 10 especies con relaciones filogenéticas a nivel de 3 complejos de especies; C. siamense, C. frutícola, C. aeschynomenes, C. tropicale y C. gloeosporioides del complejo C. gloesporioides; C. laticiphilum, C. orchidophilum, C. paxtonii y C. limetticola del Complejo C. acutatum; y del complejo C. boninense la especie C. boninense.Abstract: Natural Rubber, product of the rubber tree (Hevea brasiliensis), was identified at the beginning of the century within the exporting bid of Colombia, reason why the cultivated areas increased vertiginously between 2005 and 2015 in response to a desired global demand and internal for the manufacturing industry. As a result of the combination of several epidemiological factors, different plant organs have been experiencing an increase in the symptoms of Antracnoses, descendent death and Secondary Falling Leaves (SFL), resulting in the loss of foliar area and the increment of crops management costs. Aiming to know the specific composition of the pathogen, isolates of Colletotrichum have been differentiated by origin (clone) and source (llanos orientales, piedemonte amazónico and zona marginal cafetera). These isolates were characterized morphologically by colony color, and growth rate; and the presence of acérvulos, shape and size of conidia and appressoria were determined. Molecular characterization was performed by using specific primers for the determination of complexes of Colletotrichum species, CgInt-ITS4 for C. gloeosporioides, CaInt2-ITS4 for C. acutatum and Col1-ITS4 for C. boninense. Bayesian inference phylogenetic analysis was conducted after amplifying and sequencing the ITS-ADNr regions with the primers of the informative genes GAPDH and TUB2. Finally, pathogenicity tests were carried out with the isolations originating from the characterization in order to confirm the evidence of the causality by reproducing the characteristic symptoms of the disease and the signs of the pathogen. The morphological characters were indifferent to the analyzed species, but their belonging to Colletotrichum was corroborated. The phylogenetic analysis identified 10 species, C. siamense, C. frutícola, C. aeschynomenes, C. tropicale and C. gloeosporioides for complex C. gloesporioides; C. laticiphilum, C. orchidophilum, C. paxtonii and C. limetticola for complex C. acutatum; and for the complex C. boninense, the specie C. boninense.Maestrí