Recherche et identification de protéines reconnaissant les structures en triple-hélice d'acides nucléiques

Les triples hélices d'ADN ont récemment fait l'objet d'importantes études de caractérisation in vitro en raison de l'outil potentiel qu'elles représentent dans le cadre de la thérapie génique. Cependant, peu de données existent sur leur devenir ou sur leur rôle in vivo. Dans le but d'identifier des protéines impliquées dans la reconnaissance d'acides nucléiques capables de former des triple hélices, nous avons mis au point une méthode de recherche systématique de protéines affines pour la structure en triple-hélice d'ADN. Les outils de la protéomique que sont l'électrophorèse bidimensionnelle et la spectrométrie de masse ont été combinées à la détection par "southwestern blot". La méthode implique une séparation électrophorétique des protéines selon leur point isoélectrique et leur masse moléculaire, suivie d'une détection sélective des protéines affines pour la triple hélice d'ADN utilisée comme sonde. Plusieurs protéines issues d'extraits nucléaires de cellule HeLa, séparées puis détectées en southwestern blot et suffisamment abondantes (colorées au bleu de Coomassie), ont été extraites et identifiées par spectrométrie de masse après digestion trypsique. Les résultats apportés par cette étude démontrent que plusieurs protéines à domaines RRM/RBD et les protéines à domaines KH, une majorité est impliquée dans la prise en charge des acides nucléiques et leur répartition (hnRNP A, K, E, L, I, hélicases DEAD/H) alors que d'autres seraient impliquées dans la réparation et la recombinaison de l'ADN (TLS, nucléase FEN-1). L'interaction de ces protéines avec la triple-hélice doit être confirmée par d'autres méthodes, et les rôles explorés à l'aide de protéines recombinantes. La technique développée ici pourrait être appliquée à la recherche de protéines spécifiques de structures particulières d'ADN ou de toute autre molécule d'intérêt.PARIS-Museum Hist.Naturelle (751052304) / SudocSudocFranceF